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- PDB-8bgv: Tau Paired Helical Filament from Cellular Fraction of Alzheimer's... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bgv
タイトルTau Paired Helical Filament from Cellular Fraction of Alzheimer's disease brain
要素Microtubule-associated protein tau
キーワードPROTEIN FIBRIL / AMYLOID
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / positive regulation of protein localization to synapse / main axon / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of long-term synaptic depression ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / positive regulation of protein localization to synapse / main axon / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of long-term synaptic depression / tubulin complex / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of chromosome organization / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / regulation of microtubule polymerization / microtubule polymerization / lipoprotein particle binding / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / dynactin binding / negative regulation of mitochondrial membrane potential / apolipoprotein binding / glial cell projection / axolemma / protein polymerization / negative regulation of mitochondrial fission / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of axon extension / neurofibrillary tangle assembly / Activation of AMPK downstream of NMDARs / synapse assembly / regulation of cellular response to heat / supramolecular fiber organization / positive regulation of protein localization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / cytoplasmic microtubule organization / axon cytoplasm / positive regulation of microtubule polymerization / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / regulation of microtubule cytoskeleton organization / nuclear periphery / protein phosphatase 2A binding / positive regulation of superoxide anion generation / cellular response to reactive oxygen species / astrocyte activation / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to lead ion / synapse organization / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / memory / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / actin binding / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / cell body / growth cone / double-stranded DNA binding / microtubule binding / protein-macromolecule adaptor activity / dendritic spine / sequence-specific DNA binding / microtubule / amyloid fibril formation / learning or memory / neuron projection / regulation of autophagy / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Behr, T.S. / Ryskeldi-Falcon, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/25 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Tau filaments are tethered within brain extracellular vesicles in Alzheimer's disease.
著者: S L Fowler / T S Behr / E Turkes / P Maglio Cauhy / M S Foiani / A Schaler / G Crowley / S Bez / E Ficulle / E Tsefou / D P O'Brien / R Fischer / B Geary / P Gaur / C Miller / P D'Acunzo / E ...著者: S L Fowler / T S Behr / E Turkes / P Maglio Cauhy / M S Foiani / A Schaler / G Crowley / S Bez / E Ficulle / E Tsefou / D P O'Brien / R Fischer / B Geary / P Gaur / C Miller / P D'Acunzo / E Levy / K E Duff / B Ryskeldi-Falcon
要旨: The abnormal assembly of tau protein in neurons is the pathological hallmark of multiple neurodegenerative diseases, including Alzheimer's disease (AD). In addition, assembled tau associates with ...The abnormal assembly of tau protein in neurons is the pathological hallmark of multiple neurodegenerative diseases, including Alzheimer's disease (AD). In addition, assembled tau associates with extracellular vesicles (EVs) in the central nervous system of patients with AD, which is linked to its clearance and prion-like propagation between neurons. However, the identities of the assembled tau species and the EVs, as well as how they associate, are not known. Here, we combined quantitative mass spectrometry, cryo-electron tomography and single-particle cryo-electron microscopy to study brain EVs from AD patients. We found filaments of truncated tau enclosed within EVs enriched in endo-lysosomal proteins. We observed multiple filament interactions, including with molecules that tethered filaments to the EV limiting membrane, suggesting selective packaging. Our findings will guide studies into the molecular mechanisms of EV-mediated secretion of assembled tau and inform the targeting of EV-associated tau as potential therapeutic and biomarker strategies for AD.
履歴
登録2022年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
n: Microtubule-associated protein tau
A: Microtubule-associated protein tau
B: Microtubule-associated protein tau
C: Microtubule-associated protein tau
D: Microtubule-associated protein tau
E: Microtubule-associated protein tau
F: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,4397
ポリマ－321,4397
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999271, -0.038179), (0.038179, 0.999271), (1)5.02958, -4.84109, -9.652
3given(0.999818, -0.019093), (0.019093, 0.999818), (1)2.49168, -2.44456, -4.826
4given(-0.999954, 0.009547), (-0.009547, -0.999954), (1)257.30002, 259.76825, -2.413
5given(-0.999954, -0.009547), (0.009547, -0.999954), (1)259.76825, 257.30002, 2.413
6given(0.999818, 0.019093), (-0.019093, 0.999818), (1)-2.44456, 2.49168, 4.826
7given(-0.99959, -0.028637), (0.028637, -0.99959), (1)262.1889, 254.7851, 7.239

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要素

#1: タンパク質
Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 45919.871 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Brain / 参照: UniProt: P10636

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tau Paired Helical Filament / タイプ: TISSUE
詳細: Tau Paired Helical Filament extracted from the cellular fraction of the brain of an individual who had Alzheimer's disease.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: Cytoplasm / 器官: Brain / Organelle: Cytoplasm / 組織: Brain
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0387 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 174.454 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.413 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9347 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化解像度: 3.27→155.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.779 / SU B: 27.188 / SU ML: 0.42 / ESU R: 0.173
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.47739 --
obs0.47739 50303 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 66.433 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.012596
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.016592
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.5381.657797
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.61.6021378
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg11.099576
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg4.27552
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg10.62310118
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.070.289
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.02671
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.02117
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it7.4225.457307
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other7.4185.457307
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it12.058.149382
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other12.0358.207383
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it10.2027.42289
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other10.1837.35288
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other17.61710.326416
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined22.87164.13571
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other22.99365.12572
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.273→3.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.751 3745 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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