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- PDB-8bgm: Crystal structure of the OrfX1-OrfX3 complex from the PMP1 neurot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bgm
タイトルCrystal structure of the OrfX1-OrfX3 complex from the PMP1 neurotoxin gene cluster
要素(Toxin) x 2
キーワードTOXIN / PMP1 Clostridial neurotoxins OrfX gene cluster Botulinum TULIP
機能・相同性Clostridium P47 protein / Clostridium P-47 protein / toxin activity / Protein OrfX3 / Protein OrfX1
機能・相同性情報
生物種Paraclostridium bifermentans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kosenina, S. / Stenmark, P.
資金援助 デンマーク, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF20OC0064789 デンマーク
Swedish Research Council2018-03406 スウェーデン
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the OrfX1-OrfX3 complex from the PMP1 neurotoxin gene cluster.
著者: Kosenina, S. / Stenmark, P.
履歴
登録2022年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin
B: Toxin
C: Toxin
D: Toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1974
ポリマ－147,1974
非ポリマー00
水00
1
A: Toxin
B: Toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5992
ポリマ－73,5992
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26700 Å2
手法PISA
2
C: Toxin
D: Toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5992
ポリマ－73,5992
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area26730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.018, 126.573, 154.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Toxin / OrfX1


分子量: 18546.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OrfX1
由来: (組換発現) Paraclostridium bifermentans (バクテリア)
遺伝子: D4A35_18135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5P3XKM0
#2: タンパク質 Toxin / OrfX3


分子量: 55052.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OrfX3
由来: (組換発現) Paraclostridium bifermentans (バクテリア)
遺伝子: D4A35_18125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5P3XKL3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→77.1 Å / Num. obs: 50841 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4574 / CC1/2: 0.742 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold model

解像度: 2.7→63.367 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.261 / WRfactor Rwork: 0.219 / Average fsc free: 0.7891 / Average fsc work: 0.7991 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.622 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 2545 5.02 %
Rwork0.2224 48156 -
all0.224 --
obs-50701 99.917 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 53.008 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.337 Å2-0 Å20 Å2
2---4.639 Å20 Å2
3----7.698 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→63.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9696 0 0 0 9696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0129894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.62313380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.57651202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.00224.509499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.307151767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8411531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.23961
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.26823
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2030.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2460.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.425.0844838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9167.6216030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8785.4315056
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7738.0027350
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.8967.89114204
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.4461680.4343529X-RAY DIFFRACTION99.8649
2.928-3.0180.3691850.33245X-RAY DIFFRACTION99.9417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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