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万見
- PDB-8bgl: Structure of the dimeric rsCherryRev1.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bgl
タイトルStructure of the dimeric rsCherryRev1.4
要素PAmCherry1 protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / dimerization / reversibly switchable / red fluorescent proteins / disulfide bond
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PAmCherry1 protein
機能・相同性情報
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bui, T.Y.H. / Van Meervelt, L.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Other government911 project
KU Leuven ベルギー
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: An unusual disulfide-linked dimerization in the fluorescent protein rsCherryRev1.4.
著者: Bui, T.Y.H. / Dedecker, P. / Van Meervelt, L.
履歴
登録2022年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.mon_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.02024年7月24日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_asym / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAmCherry1 protein
B: PAmCherry1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5956
ポリマ－60,9512
非ポリマー6454
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.104, 48.822, 99.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-425-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 31 or resid 33...
21(chain B and (resid 5 through 31 or resid 33...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLYGLY(chain A and (resid 5 through 31 or resid 33...AA5 - 3143 - 69
12GLYGLYLEULEU(chain A and (resid 5 through 31 or resid 33...AA33 - 4671 - 84
13VALVALPHEPHE(chain A and (resid 5 through 31 or resid 33...AA48 - 6586 - 103
14LYSLYSPROPRO(chain A and (resid 5 through 31 or resid 33...AA70 - 88106 - 124
15GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 5 through 31 or resid 33...AA90 - 91126 - 127
16TRPTRPGLUGLU(chain A and (resid 5 through 31 or resid 33...AA93 - 148129 - 184
17METMETTYRTYR(chain A and (resid 5 through 31 or resid 33...AA150 - 214186 - 250
18ARGARGGLYGLY(chain A and (resid 5 through 31 or resid 33...AA216 - 219252 - 255
19ARGARGHISHIS(chain A and (resid 5 through 31 or resid 33...AA220 - 221256 - 257
21METMETGLYGLY(chain B and (resid 5 through 31 or resid 33...BB5 - 3143 - 69
22GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 5 through 31 or resid 33...BB33 - 4671 - 84
23VALVALPHEPHE(chain B and (resid 5 through 31 or resid 33...BB48 - 6586 - 103
24LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 5 through 31 or resid 33...BB70 - 91106 - 127
25TRPTRPGLUGLU(chain B and (resid 5 through 31 or resid 33...BB93 - 148129 - 184
26METMETTYRTYR(chain B and (resid 5 through 31 or resid 33...BB150 - 181186 - 217
27ALAALATYRTYR(chain B and (resid 5 through 31 or resid 33...BB183 - 214219 - 250
28ARGARGHISHIS(chain B and (resid 5 through 31 or resid 33...BB216 - 221252 - 257

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要素

#1: タンパク質 PAmCherry1 protein


分子量: 30475.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chromophore structures : QYX, Q2K
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
遺伝子: PAmCherry, PAmCherry1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1MPT3
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 12% w/v PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→76.17 Å / Num. obs: 31401 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.74 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 212739
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.056.60.6131509123000.8940.2580.6672.899.9
8.94-76.1760.03623123870.9990.0160.0436.999.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H5Q

2h5q


解像度: 2→62.62 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 1540 4.91 %
Rwork0.1882 29846 -
obs0.1903 31386 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.45 Å2 / Biso mean: 36.1371 Å2 / Biso min: 18.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→62.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3470 0 55 261 3786
Biso mean--42.06 41.32 -
残基数----434
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1946X-RAY DIFFRACTION3.789TORSIONAL
12B1946X-RAY DIFFRACTION3.789TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.060.32371260.248426782804
2.06-2.140.27591280.233126992827
2.14-2.220.30081500.212426982848
2.22-2.330.24321450.201827092854
2.33-2.450.2811500.197526692819
2.45-2.60.27661150.205127242839
2.6-2.80.28681220.198327302852
2.8-3.080.24951720.203226842856
3.08-3.530.19971310.178427412872
3.53-4.450.19311740.161726992873
4.45-62.620.20941270.178428152942

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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