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- PDB-8bfw: The structures of Ace2 in complex with bicyclic peptide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bfw
タイトルThe structures of Ace2 in complex with bicyclic peptide inhibitor
要素
  • ALA-CYS-VAL-ARG-SER-HIS-CYS-SER-SER-LEU-LEU-PRO-ARG-ILE-HIS-CYS-ALA-NH2
  • Processed angiotensin-converting enzyme 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cov-2-sars bind proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of signaling receptor activity / carboxypeptidase activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / viral life cycle / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / cilium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LFI / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Brear, P. / Lulla, A. / Harman, M. / Dods, R. / Chen, L. / Bezerra, G. / Demydchuk, Y. / Stanway, S. / Hyvonen, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Guided Chemical Optimization of Bicyclic Peptide ( Bicycle ) Inhibitors of Angiotensin-Converting Enzyme 2.
著者: Harman, M.A.J. / Stanway, S.J. / Scott, H. / Demydchuk, Y. / Bezerra, G.A. / Pellegrino, S. / Chen, L. / Brear, P. / Lulla, A. / Hyvonen, M. / Beswick, P.J. / Skynner, M.J.
履歴
登録2022年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
B: ALA-CYS-VAL-ARG-SER-HIS-CYS-SER-SER-LEU-LEU-PRO-ARG-ILE-HIS-CYS-ALA-NH2
C: Processed angiotensin-converting enzyme 2
D: ALA-CYS-VAL-ARG-SER-HIS-CYS-SER-SER-LEU-LEU-PRO-ARG-ILE-HIS-CYS-ALA-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,8696
ポリマ－144,8854
非ポリマー9842
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.937, 76.966, 124.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Processed angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 70587.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYF1
#2: タンパク質・ペプチド ALA-CYS-VAL-ARG-SER-HIS-CYS-SER-SER-LEU-LEU-PRO-ARG-ILE-HIS-CYS-ALA-NH2


分子量: 1855.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-LFI / 1-[3,5-bis(3-bromanylpropanoyl)-1,3,5-triazinan-1-yl]-3-bromanyl-propan-1-one / Chemical crosslinker


分子量: 492.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18Br3N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.02 M CaCl2, 0.1 M Na Acet, 30 %v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→58.75 Å / Num. obs: 61909 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.281 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.295 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 679243
反射 シェル解像度: 2.33→2.37 Å / 冗長度: 10.6 % / Num. unique obs: 2911 / CC1/2: 0.2 / Rpim(I) all: 3.706 / Rrim(I) all: 12.152

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia23.3.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R42

1r42


解像度: 2.33→58.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 36.172 / SU ML: 0.674 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.806 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.323 2354 4.8 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.253 46649 79.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å2-4.24 Å2
2---2.03 Å20 Å2
3---3.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→58.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9975 0 0 21 9996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01310356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0169375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.6414077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.171.57721623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.19651232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5623.722575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.698151723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0551540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.704 7 -
Rwork0.634 138 -
obs--3.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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