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万見
- PDB-8bfl: Jumbo Phage phi-kp24 empty capsid hexamers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bfl
タイトルJumbo Phage phi-kp24 empty capsid hexamers
要素Major head protein
キーワードVIRUS / Jumbo phage / Klebsiella pheumoniae / Capsid
機能・相同性Major head protein
機能・相同性情報
生物種Klebsiella phage vB_KpM_FBKp24 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Ouyang, R.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)84.034.014 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: High-resolution reconstruction of a Jumbo-bacteriophage infecting capsulated bacteria using hyperbranched tail fibers.
著者: Ruochen Ouyang / Ana Rita Costa / C Keith Cassidy / Aleksandra Otwinowska / Vera C J Williams / Agnieszka Latka / Phill J Stansfeld / Zuzanna Drulis-Kawa / Yves Briers / Daniël M Pelt / Stan ...著者: Ruochen Ouyang / Ana Rita Costa / C Keith Cassidy / Aleksandra Otwinowska / Vera C J Williams / Agnieszka Latka / Phill J Stansfeld / Zuzanna Drulis-Kawa / Yves Briers / Daniël M Pelt / Stan J J Brouns / Ariane Briegel /
要旨: The Klebsiella jumbo myophage ϕKp24 displays an unusually complex arrangement of tail fibers interacting with a host cell. In this study, we combine cryo-electron microscopy methods, protein ...The Klebsiella jumbo myophage ϕKp24 displays an unusually complex arrangement of tail fibers interacting with a host cell. In this study, we combine cryo-electron microscopy methods, protein structure prediction methods, molecular simulations, microbiological and machine learning approaches to explore the capsid, tail, and tail fibers of ϕKp24. We determine the structure of the capsid and tail at 4.1 Å and 3.0 Å resolution. We observe the tail fibers are branched and rearranged dramatically upon cell surface attachment. This complex configuration involves fourteen putative tail fibers with depolymerase activity that provide ϕKp24 with the ability to infect a broad panel of capsular polysaccharide (CPS) types of Klebsiella pneumoniae. Our study provides structural and functional insight into how ϕKp24 adapts to the variable surfaces of capsulated bacterial pathogens, which is useful for the development of phage therapy approaches against pan-drug resistant K. pneumoniae strains.
履歴
登録2022年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major head protein
B: Major head protein
C: Major head protein
D: Major head protein
E: Major head protein
F: Major head protein
G: Major head protein
H: Major head protein
I: Major head protein
J: Major head protein
K: Major head protein
L: Major head protein
M: Major head protein
N: Major head protein
O: Major head protein
P: Major head protein
Q: Major head protein
R: Major head protein
S: Major head protein
T: Major head protein
U: Major head protein
V: Major head protein
W: Major head protein
X: Major head protein
Y: Major head protein
Z: Major head protein
a: Major head protein
b: Major head protein
c: Major head protein
d: Major head protein
e: Major head protein
f: Major head protein
g: Major head protein
h: Major head protein
i: Major head protein
j: Major head protein
k: Major head protein
l: Major head protein
m: Major head protein
n: Major head protein
o: Major head protein
p: Major head protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,676,83042
ポリマ－2,676,83042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area394510 Å2
ΔGint-932 kcal/mol
Surface area973490 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
Major head protein


分子量: 63734.039 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Klebsiella phage vB_KpM_FBKp24 (ファージ)
参照: UniProt: A0A7U0GBA8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Jumbo Phage phi-kp24 empty capsid hexamers / タイプ: COMPLEX / 詳細: A hexamer surrounding with six hexamers / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Klebsiella phage vB_KpM_FBKp24 (ファージ)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 0.053 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7ISOLDEモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19193 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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