PDB-8bfe: A dimeric de novo coiled-coil assembly: PK-2 (CC-TypeN-LaUbUcLd)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bfe

タイトル

A dimeric de novo coiled-coil assembly: PK-2 (CC-TypeN-LaUbUcLd)

要素

CC-TypeN-LaUbUcLd

キーワード

DE NOVO PROTEIN / alpha-helical / LL core / Aib

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kumar, P. / Paterson, N.G. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: De novo design of discrete, stable 3 10 -helix peptide assemblies.
著者: Kumar, P. / Paterson, N.G. / Clayden, J. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2022年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bfe.cif.gz	196.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bfe.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bfe_validation.pdf.gz	601.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bfe_full_validation.pdf.gz	606.4 KB	表示
XML形式データ	8bfe_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	8bfe_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/8bfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/8bfe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qdiC 7qdjC 7qdkC 8bfdC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-TypeN-LaUbUcLd

B: CC-TypeN-LaUbUcLd

C: CC-TypeN-LaUbUcLd

D: CC-TypeN-LaUbUcLd

E: CC-TypeN-LaUbUcLd

F: CC-TypeN-LaUbUcLd

G: CC-TypeN-LaUbUcLd

H: CC-TypeN-LaUbUcLd

I: CC-TypeN-LaUbUcLd

J: CC-TypeN-LaUbUcLd

K: CC-TypeN-LaUbUcLd

L: CC-TypeN-LaUbUcLd

M: CC-TypeN-LaUbUcLd

N: CC-TypeN-LaUbUcLd

O: CC-TypeN-LaUbUcLd

P: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

55.5 kDa, 16 ポリマー
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1

A: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

K: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
6.97 kDa, 2 ポリマー
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2

B: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

B: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.98 kDa, 2 ポリマー
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3

C: CC-TypeN-LaUbUcLd

D: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.04 kDa, 2 ポリマー
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4

E: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

F: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.94 kDa, 2 ポリマー
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5

G: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

N: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.97 kDa, 2 ポリマー
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6

H: CC-TypeN-LaUbUcLd

L: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.83 kDa, 2 ポリマー
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7

I: CC-TypeN-LaUbUcLd

P: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7 kDa, 2 ポリマー
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8

J: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

J: CC-TypeN-LaUbUcLd

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.98 kDa, 2 ポリマー
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9

M: CC-TypeN-LaUbUcLd

O: CC-TypeN-LaUbUcLd

登録者が定義した集合体
6.76 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.891, 133.886, 72.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.470, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-205- HOH
2	1	B-204- HOH
3	1	B-205- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	1 - 30
2	1	B	1 - 30
1	2	A	1 - 30
2	2	C	1 - 30
1	3	A	1 - 30
2	3	D	1 - 30
1	4	A	1 - 30
2	4	E	1 - 30
1	5	A	1 - 30
2	5	F	1 - 30
1	6	A	1 - 30
2	6	G	1 - 30
1	7	A	1 - 26
2	7	H	1 - 26
1	8	A	1 - 30
2	8	I	1 - 30
1	9	A	1 - 30
2	9	J	1 - 30
1	10	A	1 - 30
2	10	K	1 - 30
1	11	A	1 - 28
2	11	L	1 - 28
1	12	A	2 - 19
2	12	M	2 - 19
1	13	A	1 - 30
2	13	N	1 - 30
1	14	A	3 - 20
2	14	O	3 - 20
1	15	A	1 - 30
2	15	P	1 - 30
1	16	B	1 - 30
2	16	C	1 - 30
1	17	B	1 - 30
2	17	D	1 - 30
1	18	B	1 - 30
2	18	E	1 - 30
1	19	B	1 - 30
2	19	F	1 - 30
1	20	B	1 - 30
2	20	G	1 - 30
1	21	B	1 - 26
2	21	H	1 - 26
1	22	B	1 - 30
2	22	I	1 - 30
1	23	B	1 - 30
2	23	J	1 - 30
1	24	B	1 - 30
2	24	K	1 - 30
1	25	B	1 - 28
2	25	L	1 - 28
1	26	B	2 - 19
2	26	M	2 - 19
1	27	B	1 - 30
2	27	N	1 - 30
1	28	B	3 - 20
2	28	O	3 - 20
1	29	B	1 - 30
2	29	P	1 - 30
1	30	C	1 - 30
2	30	D	1 - 30
1	31	C	1 - 30
2	31	E	1 - 30
1	32	C	1 - 30
2	32	F	1 - 30
1	33	C	1 - 30
2	33	G	1 - 30
1	34	C	1 - 26
2	34	H	1 - 26
1	35	C	1 - 30
2	35	I	1 - 30
1	36	C	1 - 30
2	36	J	1 - 30
1	37	C	1 - 30
2	37	K	1 - 30
1	38	C	1 - 28
2	38	L	1 - 28
1	39	C	2 - 19
2	39	M	2 - 19
1	40	C	1 - 30
2	40	N	1 - 30
1	41	C	3 - 20
2	41	O	3 - 20
1	42	C	1 - 30
2	42	P	1 - 30
1	43	D	1 - 30
2	43	E	1 - 30
1	44	D	1 - 30
2	44	F	1 - 30
1	45	D	1 - 30
2	45	G	1 - 30
1	46	D	1 - 26
2	46	H	1 - 26
1	47	D	1 - 30
2	47	I	1 - 30
1	48	D	1 - 30
2	48	J	1 - 30
1	49	D	1 - 30
2	49	K	1 - 30
1	50	D	1 - 28
2	50	L	1 - 28
1	51	D	2 - 19
2	51	M	2 - 19
1	52	D	1 - 30
2	52	N	1 - 30
1	53	D	3 - 20
2	53	O	3 - 20
1	54	D	1 - 30
2	54	P	1 - 30
1	55	E	1 - 30
2	55	F	1 - 30
1	56	E	1 - 30
2	56	G	1 - 30
1	57	E	1 - 26
2	57	H	1 - 26
1	58	E	1 - 30
2	58	I	1 - 30
1	59	E	1 - 30
2	59	J	1 - 30
1	60	E	1 - 30
2	60	K	1 - 30
1	61	E	1 - 28
2	61	L	1 - 28
1	62	E	2 - 19
2	62	M	2 - 19
1	63	E	1 - 30
2	63	N	1 - 30
1	64	E	3 - 20
2	64	O	3 - 20
1	65	E	1 - 30
2	65	P	1 - 30
1	66	F	1 - 30
2	66	G	1 - 30
1	67	F	1 - 26
2	67	H	1 - 26
1	68	F	1 - 30
2	68	I	1 - 30
1	69	F	1 - 30
2	69	J	1 - 30
1	70	F	1 - 30
2	70	K	1 - 30
1	71	F	1 - 28
2	71	L	1 - 28
1	72	F	2 - 19
2	72	M	2 - 19
1	73	F	1 - 30
2	73	N	1 - 30
1	74	F	3 - 20
2	74	O	3 - 20
1	75	F	1 - 30
2	75	P	1 - 30
1	76	G	1 - 26
2	76	H	1 - 26
1	77	G	1 - 30
2	77	I	1 - 30
1	78	G	1 - 30
2	78	J	1 - 30
1	79	G	1 - 30
2	79	K	1 - 30
1	80	G	1 - 28
2	80	L	1 - 28
1	81	G	2 - 19
2	81	M	2 - 19
1	82	G	1 - 30
2	82	N	1 - 30
1	83	G	3 - 20
2	83	O	3 - 20
1	84	G	1 - 30
2	84	P	1 - 30
1	85	H	1 - 26
2	85	I	1 - 26
1	86	H	1 - 26
2	86	J	1 - 26
1	87	H	1 - 26
2	87	K	1 - 26
1	88	H	1 - 26
2	88	L	1 - 26
1	89	H	2 - 19
2	89	M	2 - 19
1	90	H	1 - 26
2	90	N	1 - 26
1	91	H	3 - 20
2	91	O	3 - 20
1	92	H	1 - 26
2	92	P	1 - 26
1	93	I	1 - 30
2	93	J	1 - 30
1	94	I	1 - 30
2	94	K	1 - 30
1	95	I	1 - 28
2	95	L	1 - 28
1	96	I	2 - 19
2	96	M	2 - 19
1	97	I	1 - 30
2	97	N	1 - 30
1	98	I	3 - 20
2	98	O	3 - 20
1	99	I	1 - 30
2	99	P	1 - 30
1	100	J	1 - 30
2	100	K	1 - 30
1	101	J	1 - 28
2	101	L	1 - 28
1	102	J	2 - 19
2	102	M	2 - 19
1	103	J	1 - 30
2	103	N	1 - 30
1	104	J	3 - 20
2	104	O	3 - 20
1	105	J	1 - 30
2	105	P	1 - 30
1	106	K	1 - 28
2	106	L	1 - 28
1	107	K	2 - 19
2	107	M	2 - 19
1	108	K	1 - 30
2	108	N	1 - 30
1	109	K	3 - 20
2	109	O	3 - 20
1	110	K	1 - 30
2	110	P	1 - 30
1	111	L	2 - 19
2	111	M	2 - 19
1	112	L	1 - 28
2	112	N	1 - 28
1	113	L	3 - 20
2	113	O	3 - 20
1	114	L	1 - 28
2	114	P	1 - 28
1	115	M	2 - 19
2	115	N	2 - 19
1	116	M	3 - 19
2	116	O	3 - 19
1	117	M	2 - 19
2	117	P	2 - 19
1	118	N	3 - 20
2	118	O	3 - 20
1	119	N	1 - 30
2	119	P	1 - 30
1	120	O	3 - 20
2	120	P	3 - 20

NCSアンサンブル:

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質・ペプチド	CC-TypeN-LaUbUcLd 分子量: 3382.066 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 114分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium HEPES 7.5, 70% v/v MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.54 Å / Num. obs: 32270 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 10.15
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / R_merge(I) obs: 0.4148 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 3196 / CC_1/2: 0.971 / CC star: 0.993

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.1→48.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 17.654 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2607	3227	10 %	RANDOM
R_work	0.2215	-	-	-
obs	0.2254	29055	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.92 Å² / B_iso mean: 50.857 Å² / B_iso min: 25.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.98 Å²	-0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	-6.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→48.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3562	0	89	86	3737
B_iso mean	-	-	75.97	69.57	-
残基数	-	-	-	-	467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	3677
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.52	1.66	5112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.149	1.572	9100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.186	5	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.635	25.669	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.39	15	690
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	622

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	823	0.15
1	2	B	823	0.15
2	1	A	828	0.14
2	2	C	828	0.14
3	1	A	811	0.16
3	2	D	811	0.16
4	1	A	827	0.15
4	2	E	827	0.15
5	1	A	843	0.13
5	2	F	843	0.13
6	1	A	814	0.16
6	2	G	814	0.16
7	1	A	717	0.12
7	2	H	717	0.12
8	1	A	820	0.13
8	2	I	820	0.13
9	1	A	827	0.14
9	2	J	827	0.14
10	1	A	811	0.15
10	2	K	811	0.15
11	1	A	759	0.17
11	2	L	759	0.17
12	1	A	458	0.13
12	2	M	458	0.13
13	1	A	815	0.15
13	2	N	815	0.15
14	1	A	459	0.09
14	2	O	459	0.09
15	1	A	820	0.15
15	2	P	820	0.15
16	1	B	847	0.13
16	2	C	847	0.13
17	1	B	827	0.12
17	2	D	827	0.12
18	1	B	839	0.13
18	2	E	839	0.13
19	1	B	840	0.11
19	2	F	840	0.11
20	1	B	836	0.13
20	2	G	836	0.13
21	1	B	732	0.11
21	2	H	732	0.11
22	1	B	820	0.13
22	2	I	820	0.13
23	1	B	830	0.12
23	2	J	830	0.12
24	1	B	827	0.11
24	2	K	827	0.11
25	1	B	768	0.14
25	2	L	768	0.14
26	1	B	472	0.06
26	2	M	472	0.06
27	1	B	837	0.15
27	2	N	837	0.15
28	1	B	462	0.1
28	2	O	462	0.1
29	1	B	824	0.12
29	2	P	824	0.12
30	1	C	830	0.15
30	2	D	830	0.15
31	1	C	836	0.12
31	2	E	836	0.12
32	1	C	847	0.15
32	2	F	847	0.15
33	1	C	834	0.13
33	2	G	834	0.13
34	1	C	734	0.12
34	2	H	734	0.12
35	1	C	827	0.11
35	2	I	827	0.11
36	1	C	829	0.14
36	2	J	829	0.14
37	1	C	826	0.11
37	2	K	826	0.11
38	1	C	766	0.15
38	2	L	766	0.15
39	1	C	473	0.09
39	2	M	473	0.09
40	1	C	843	0.13
40	2	N	843	0.13
41	1	C	461	0.11
41	2	O	461	0.11
42	1	C	829	0.11
42	2	P	829	0.11
43	1	D	836	0.14
43	2	E	836	0.14
44	1	D	819	0.16
44	2	F	819	0.16
45	1	D	848	0.1
45	2	G	848	0.1
46	1	D	724	0.1
46	2	H	724	0.1
47	1	D	808	0.15
47	2	I	808	0.15
48	1	D	825	0.13
48	2	J	825	0.13
49	1	D	823	0.13
49	2	K	823	0.13
50	1	D	771	0.14
50	2	L	771	0.14
51	1	D	464	0.11
51	2	M	464	0.11
52	1	D	813	0.17
52	2	N	813	0.17
53	1	D	455	0.14
53	2	O	455	0.14
54	1	D	828	0.12
54	2	P	828	0.12
55	1	E	842	0.15
55	2	F	842	0.15
56	1	E	851	0.1
56	2	G	851	0.1
57	1	E	720	0.13
57	2	H	720	0.13
58	1	E	828	0.12
58	2	I	828	0.12
59	1	E	851	0.12
59	2	J	851	0.12
60	1	E	845	0.07
60	2	K	845	0.07
61	1	E	783	0.13
61	2	L	783	0.13
62	1	E	472	0.06
62	2	M	472	0.06
63	1	E	824	0.16
63	2	N	824	0.16
64	1	E	459	0.12
64	2	O	459	0.12
65	1	E	853	0.07
65	2	P	853	0.07
66	1	F	828	0.15
66	2	G	828	0.15
67	1	F	722	0.14
67	2	H	722	0.14
68	1	F	838	0.11
68	2	I	838	0.11
69	1	F	844	0.13
69	2	J	844	0.13
70	1	F	831	0.13
70	2	K	831	0.13
71	1	F	768	0.16
71	2	L	768	0.16
72	1	F	470	0.11
72	2	M	470	0.11
73	1	F	838	0.14
73	2	N	838	0.14
74	1	F	463	0.11
74	2	O	463	0.11
75	1	F	837	0.13
75	2	P	837	0.13
76	1	G	732	0.12
76	2	H	732	0.12
77	1	G	832	0.12
77	2	I	832	0.12
78	1	G	847	0.12
78	2	J	847	0.12
79	1	G	850	0.08
79	2	K	850	0.08
80	1	G	792	0.13
80	2	L	792	0.13
81	1	G	475	0.08
81	2	M	475	0.08
82	1	G	829	0.16
82	2	N	829	0.16
83	1	G	468	0.14
83	2	O	468	0.14
84	1	G	852	0.08
84	2	P	852	0.08
85	1	H	727	0.14
85	2	I	727	0.14
86	1	H	737	0.1
86	2	J	737	0.1
87	1	H	737	0.12
87	2	K	737	0.12
88	1	H	733	0.13
88	2	L	733	0.13
89	1	H	483	0.1
89	2	M	483	0.1
90	1	H	728	0.16
90	2	N	728	0.16
91	1	H	474	0.09
91	2	O	474	0.09
92	1	H	722	0.11
92	2	P	722	0.11
93	1	I	837	0.12
93	2	J	837	0.12
94	1	I	847	0.11
94	2	K	847	0.11
95	1	I	785	0.15
95	2	L	785	0.15
96	1	I	477	0.11
96	2	M	477	0.11
97	1	I	831	0.13
97	2	N	831	0.13
98	1	I	477	0.09
98	2	O	477	0.09
99	1	I	832	0.12
99	2	P	832	0.12
100	1	J	844	0.11
100	2	K	844	0.11
101	1	J	787	0.12
101	2	L	787	0.12
102	1	J	482	0.08
102	2	M	482	0.08
103	1	J	834	0.15
103	2	N	834	0.15
104	1	J	474	0.08
104	2	O	474	0.08
105	1	J	856	0.1
105	2	P	856	0.1
106	1	K	788	0.12
106	2	L	788	0.12
107	1	K	473	0.06
107	2	M	473	0.06
108	1	K	810	0.14
108	2	N	810	0.14
109	1	K	460	0.11
109	2	O	460	0.11
110	1	K	837	0.06
110	2	P	837	0.06
111	1	L	472	0.06
111	2	M	472	0.06
112	1	L	757	0.18
112	2	N	757	0.18
113	1	L	457	0.11
113	2	O	457	0.11
114	1	L	776	0.12
114	2	P	776	0.12
115	1	M	458	0.15
115	2	N	458	0.15
116	1	M	408	0.09
116	2	O	408	0.09
117	1	M	466	0.06
117	2	P	466	0.06
118	1	N	470	0.16
118	2	O	470	0.16
119	1	N	844	0.15
119	2	P	844	0.15
120	1	O	455	0.11
120	2	P	455	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	243	-
R_work	0.382	2143	-
obs	-	-	99.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.6479	-9.2684	-3.5396	11.022	3.1955	2.3087	0.3002	0.2252	0.0947	-0.5188	-0.1784	-0.4915	-0.2291	-0.0042	-0.1218	0.0567	-0.0197	0.0561	0.1243	0.0416	0.1274	38.0467	154.9203	46.4639
2	1.2945	0.622	-0.6347	8.8146	2.3101	1.6776	-0.0058	0.0286	-0.0388	-0.0944	-0.0224	0.1236	-0.037	0.0413	0.0282	0.118	0.0049	-0.0369	0.1356	0.0198	0.066	33.4967	114.168	-1.6109
3	1.7004	2.1145	-1.091	8.7149	-3.0789	2.0352	-0.0387	-0.0246	-0.0286	-0.0104	0.0755	0.3878	0.0859	-0.097	-0.0368	0.1044	-0.0325	-0.0128	0.168	-0.0451	0.1032	39.5247	110.1432	31.3092
4	4.1394	4.216	-0.7178	6.182	-1.7065	1.0311	0.0257	0.0006	-0.0076	0.0753	-0.0183	0.1062	0.0131	0.0053	-0.0073	0.1423	-0.0021	0.0333	0.1349	-0.0572	0.1237	40.7927	105.9211	24.8252
5	11.1227	-8.9502	5.5985	14.3132	-5.6421	3.791	0.0878	-0.0026	0.0252	-0.1125	0.0563	0.2605	0.2817	-0.0238	-0.1441	0.2979	0.0889	0.032	0.1722	-0.0256	0.0692	17.2339	135.5303	9.1698
6	1.824	-2.2384	1.293	8.622	-2.6949	1.3074	0.0039	0.0562	-0.0462	0.0691	0.1531	0.3064	-0.0796	-0.0871	-0.1569	0.1878	0.0687	0.0538	0.2093	-0.0032	0.0988	47.663	64.928	2.5002
7	1.6448	1.2291	0.6269	10.6376	2.9501	1.6144	-0.0233	-0.0401	0.017	-0.2763	0.1527	-0.1646	-0.2046	0.1379	-0.1294	0.0778	-0.0055	0.0354	0.1706	0.021	0.0669	33.2579	68.9344	34.6514
8	6.8671	6.7826	1.913	13.3098	2.6949	4.0108	-0.0468	-0.1362	0.3943	0.2785	-0.1618	0.7615	0.3453	-0.2823	0.2087	0.1064	-0.0179	0.0605	0.1182	0.0019	0.0723	15.2703	80.7442	-12.0759
9	4.5551	-4.6897	-2.0478	7.7777	2.7205	1.8565	0.0221	-0.0091	0.0114	-0.1065	-0.0319	-0.1318	-0.1137	0.008	0.0099	0.129	-0.0076	-0.0198	0.1696	0.018	0.0734	42.8101	103.6933	9.0173
10	1.331	0.3747	-0.3662	10.5624	2.0684	1.3959	-0.0794	-0.0197	-0.0692	0.0555	0.0703	0.132	0.1159	0.013	0.0091	0.0744	0.0181	-0.0068	0.138	0.0271	0.0685	54.7147	118.1052	35.5961
11	9.1056	6.9778	3.258	8.3076	2.1573	4.3907	-0.1029	-0.1865	0.208	-0.1317	-0.0938	0.2399	-0.1275	0.095	0.1968	0.0584	0.0289	0.033	0.0748	0.0239	0.0442	37.8771	81.1756	24.3213
12	12.8175	-9.569	-4.2406	11.8429	4.2439	5.1604	-0.2919	0.0235	-0.4465	0.1139	-0.0123	-0.3364	0.3901	0.2498	0.3042	0.1137	0.0144	0.057	0.0863	0.0414	0.1451	19.5204	152.9048	9.7268
13	6.2513	2.5569	4.3717	2.479	3.9908	7.6514	0.0634	0.0728	-0.2562	-0.1865	0.0719	0.0217	-0.0821	-0.1218	-0.1353	0.1966	0.007	0.0044	0.2715	-0.0026	0.207	65.768	128.84	15.6512
14	9.0344	6.412	3.9831	11.3787	3.8562	4.8831	0.2028	-0.2975	-0.0187	0.1478	-0.1628	-0.2869	0.0437	0.1626	-0.04	0.0148	0.0012	0.0121	0.1334	0.0294	0.0305	66.8441	137.75	28.284
15	0.8484	1.0425	1.2376	1.7306	1.5144	6.6048	-0.0491	0.1527	-0.1148	0.0047	0.0846	0.0751	-0.0486	0.2078	-0.0355	0.23	0.0124	0.0003	0.3303	-0.0352	0.2621	69.4625	120.6808	14.9733
16	1.5932	-0.8397	-0.3741	7.3003	3.0285	2.1144	-0.0538	0.0024	0.0074	-0.022	0.0561	-0.2025	0.0625	0.126	-0.0023	0.1477	0.0163	-0.0186	0.1641	0.0122	0.0842	41.4362	105.9253	1.7641

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	0 - 30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	0 - 27
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	0 - 30
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	0 - 30
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	0 - 30
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	0 - 29
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	2 - 20
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	0 - 30
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	3 - 21
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	0 - 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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