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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bfc | ||||||
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タイトル | Binary structure of 14-3-3s and RND3 phosphopeptide | ||||||
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![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / hub-protein / phophopeptide | ||||||
機能・相同性 | ![]() RND3 GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...RND3 GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / TP53 Regulates Metabolic Genes / actin filament organization / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cell migration / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / cell adhesion / regulation of cell cycle / cadherin binding / Golgi membrane / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Somsen, B.A. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Reversible Dual-Covalent Molecular Locking of the 14-3-3/ERR gamma Protein-Protein Interaction as a Molecular Glue Drug Discovery Approach. 著者: Somsen, B.A. / Schellekens, R.J.C. / Verhoef, C.J.A. / Arkin, M.R. / Ottmann, C. / Cossar, P.J. / Brunsveld, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8b2iC ![]() 8b2kC ![]() 8b4qC ![]() 8b5pC ![]() 8bi7C ![]() 8bjgC ![]() 8bjnC ![]() 8bm5C ![]() 6y1dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26553.875 Da / 分子数: 1 / 変異: C38N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GAMGS at the beginning (-5 to -1) are part of the expression tag 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1679.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.095 M Hepes pH 7.1, 0.19 M CaCl2, 25% PEG400, 5% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→45.59 Å / Num. obs: 57311 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 2675 / CC1/2: 0.914 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6y1d 解像度: 1.4→45.59 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.83 Å2 / Biso mean: 16.155 Å2 / Biso min: 4.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→45.59 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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