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- PDB-8bm5: Ternary structure of 14-3-3s, ERRg phosphopeptide and dual-reacti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bm5
タイトルTernary structure of 14-3-3s, ERRg phosphopeptide and dual-reactive compound 7
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Estrogen-related receptor gamma
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / hub-protein / dual-reactive compound
機能・相同性
機能・相同性情報


AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors ...AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / estrogen response element binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / retinoic acid receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / steroid binding / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell growth / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / cadherin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein ...Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QQ0 / 14-3-3 protein sigma / Estrogen-related receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Somsen, B.A. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)711.017.014 オランダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Reversible Dual-Covalent Molecular Locking of the 14-3-3/ERR gamma Protein-Protein Interaction as a Molecular Glue Drug Discovery Approach.
著者: Somsen, B.A. / Schellekens, R.J.C. / Verhoef, C.J.A. / Arkin, M.R. / Ottmann, C. / Cossar, P.J. / Brunsveld, L.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1377
ポリマ－27,7692
非ポリマー3685
水5,819323
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,27414
ポリマ－55,5384
非ポリマー73510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.636, 111.994, 62.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

MG

21A-417-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26553.875 Da / 分子数: 1 / 変異: C38N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GAMGS at the beginning (-5 to -1) are part of the expression tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Estrogen-related receptor gamma / ERR gamma-2 / Estrogen receptor-related protein 3 / Nuclear receptor subfamily 3 group B member 3


分子量: 1215.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62508

-
非ポリマー , 4種, 328分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-QQ0 / 4-methanoyl-~{N}-methyl-~{N}-(2-sulfanylethyl)benzenesulfonamide


分子量: 259.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13NO3S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M Hepes pH 7.1, 0.19 M CaCl2, 25% PEG400, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.59 Å / Num. obs: 57237 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 36.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique obs: 2766 / CC1/2: 0.989

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6y1d

6y1d


解像度: 1.4→45.59 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1861 5410 4.91 %
Rwork0.1655 --
obs0.1665 57217 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1899 0 19 323 2241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9182770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.789305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009369
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.2411800.19453436X-RAY DIFFRACTION98
1.42-1.430.1891590.18713441X-RAY DIFFRACTION99
1.43-1.450.16972120.17533456X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.470.18121720.16783471X-RAY DIFFRACTION99
1.47-1.490.181560.16063492X-RAY DIFFRACTION99
1.49-1.510.17382310.16213463X-RAY DIFFRACTION99
1.51-1.530.20961670.16243540X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.550.18961680.16083449X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.580.17852270.16163492X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.60.18831850.1623488X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.630.19831610.16423478X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.660.2011890.16313509X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.690.18172030.17313484X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.730.17661730.17083526X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.760.17891600.1723481X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.810.19931730.17983503X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.850.18491720.16993530X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.90.21111850.16823496X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.960.18891890.16673496X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.020.19051890.16963475X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.090.18111880.15983503X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.180.16991510.16283568X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.270.17111800.15523457X-RAY DIFFRACTION99
2.27-2.390.20371660.15713514X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.540.14871650.16863516X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.740.15961780.17233503X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.020.2071650.17573497X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.450.19922020.16653476X-RAY DIFFRACTION100
3.45-4.350.18691900.14883486X-RAY DIFFRACTION99
4.35-45.590.191740.16983504X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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