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万見
- PDB-8bf8: ISDra2 TnpB in complex with reRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bf8
タイトルISDra2 TnpB in complex with reRNA
要素
  • Deinococcus radiodurans R1 chromosome 1
  • RNA-guided DNA endonuclease TnpB
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Transposon (トランスポゾン) / TnpB / reRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endonuclease activity / DNA recombination / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Probable transposase, IS891/IS1136/IS1341 / Transposase, putative, helix-turn-helix domain / Probable transposase / Helix-turn-helix domain / Transposase IS605, OrfB, C-terminal / Putative transposase DNA-binding domain / ARFGAP/RecO-like zinc finger
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA-guided DNA endonuclease TnpB
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sasnauskas, G. / Tamulaitiene, G. / Carabias, A. / Siksnys, V. / Montoya, G. / Druteika, G. / Silanskas, A. / Venclovas, C. / Karvelis, T. / Kazlauskas, D.
資金援助 デンマーク, 4件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF0024386 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0030214 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0055061 デンマーク
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: TnpB structure reveals minimal functional core of Cas12 nuclease family.
著者: Giedrius Sasnauskas / Giedre Tamulaitiene / Gytis Druteika / Arturo Carabias / Arunas Silanskas / Darius Kazlauskas / Česlovas Venclovas / Guillermo Montoya / Tautvydas Karvelis / Virginijus Siksnys /
要旨: The widespread TnpB proteins of IS200/IS605 transposon family have recently emerged as the smallest RNA-guided nucleases capable of targeted genome editing in eukaryotic cells. Bioinformatic analysis ...The widespread TnpB proteins of IS200/IS605 transposon family have recently emerged as the smallest RNA-guided nucleases capable of targeted genome editing in eukaryotic cells. Bioinformatic analysis identified TnpB proteins as the likely predecessors of Cas12 nucleases, which along with Cas9 are widely used for targeted genome manipulation. Whereas Cas12 family nucleases are well characterized both biochemically and structurally, the molecular mechanism of TnpB remains unknown. Here we present the cryogenic-electron microscopy structures of the Deinococcus radiodurans TnpB-reRNA (right-end transposon element-derived RNA) complex in DNA-bound and -free forms. The structures reveal the basic architecture of TnpB nuclease and the molecular mechanism for DNA target recognition and cleavage that is supported by biochemical experiments. Collectively, these results demonstrate that TnpB represents the minimal structural and functional core of the Cas12 protein family and provide a framework for developing TnpB-based genome editing tools.
履歴
登録2022年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-guided DNA endonuclease TnpB
B: Deinococcus radiodurans R1 chromosome 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8932
ポリマ－94,8932
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALS and mass photometry experiments
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4440 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 RNA-guided DNA endonuclease TnpB


分子量: 46484.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: tnpB, orf2, tnpC, DR_0666, DR_0978, DR_1381, DR_1593, DR_1651, DR_1933, DR_2324
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI
参照: UniProt: Q7DF80, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 Deinococcus radiodurans R1 chromosome 1


分子量: 48408.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: GenBank: 11612676

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ISDra2 TnpB binary complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: ISDra2 TnpB in complex with reRNA / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.10 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1125 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
210 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
310 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6688
画像スキャン横: 4000 / 縦: 4000

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.4.0粒子像選択Blob picker
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.4.0CTF補正Patch CTF
13cryoSPARC3.4.0３次元再構成Local refinement in cryoSPARC
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 4420084
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 985959 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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