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- PDB-8bex: Structure of the Lysinibacillus sphaericus Tpp49Aa1 pesticidal pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bex
タイトルStructure of the Lysinibacillus sphaericus Tpp49Aa1 pesticidal protein at pH 3
要素Cry49Aa protein
キーワードTOXIN / Lysinibacillus sphaericus / Bacillus thuringiensis / Tpp49Aa1 / Cry48Aa1 / XFEL / SFX / mosquitoes / culex quinquefasciatus
機能・相同性Ricin B-like lectins / toxin activity / Cry49Aa protein
機能・相同性情報
生物種Lysinibacillus sphaericus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Williamson, L.J. / Rizkallah, P.J. / Berry, C. / Oberthur, D. / Galchenkova, M. / Yefanov, O. / Bean, R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M009122/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S002774/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structure of the Lysinibacillus sphaericus Tpp49Aa1 pesticidal protein elucidated from natural crystals using MHz-SFX.
著者: Williamson, L.J. / Galchenkova, M. / Best, H.L. / Bean, R.J. / Munke, A. / Awel, S. / Pena, G. / Knoska, J. / Schubert, R. / Dorner, K. / Park, H.W. / Bideshi, D.K. / Henkel, A. / Kremling, V. ...著者: Williamson, L.J. / Galchenkova, M. / Best, H.L. / Bean, R.J. / Munke, A. / Awel, S. / Pena, G. / Knoska, J. / Schubert, R. / Dorner, K. / Park, H.W. / Bideshi, D.K. / Henkel, A. / Kremling, V. / Klopprogge, B. / Lloyd-Evans, E. / Young, M.T. / Valerio, J. / Kloos, M. / Sikorski, M. / Mills, G. / Bielecki, J. / Kirkwood, H. / Kim, C. / de Wijn, R. / Lorenzen, K. / Xavier, P.L. / Rahmani Mashhour, A. / Gelisio, L. / Yefanov, O. / Mancuso, A.P. / Federici, B.A. / Chapman, H.N. / Crickmore, N. / Rizkallah, P.J. / Berry, C. / Oberthur, D.
履歴
登録2022年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cry49Aa protein
B: Cry49Aa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6232
ポリマ－95,6232
非ポリマー00
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area34560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.890, 82.840, 157.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 49 - 464 / Label seq-ID: 1 - 416

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Cry49Aa protein / Crystal toxin


分子量: 47811.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lysinibacillus sphaericus (バクテリア)
遺伝子: Cry49Aa1, cry49Aa / 発現宿主: Bacillus thuringiensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A7WK53
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: in cell / pH: 3 / 詳細: Naturally grown

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: SPB/SFX / 波長: 1.33 Å
検出器タイプ: AGIPD / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.33 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→36.01 Å / Num. obs: 100541 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 183.7 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.78→1.8 Å / Num. unique obs: 6177 / CC1/2: 0.138 / % possible all: 92.76
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.27 Å35.98 Å
Translation7.27 Å35.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELAmbigatorデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WA1, 5FOY, 5G37

3wa1

5foy

5g37


解像度: 1.78→36.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 7.896 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2129 5033 5 %RANDOM
Rwork0.1887 ---
obs0.1899 95333 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.26 Å2 / Biso mean: 32.724 Å2 / Biso min: 16.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å2-0 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→36.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6748 0 0 367 7115
Biso mean---39.39 -
残基数----832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0137046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.6489611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2851.5814914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5665866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63222.057457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.964151161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1051564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021840
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13818 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 386 -
Rwork0.44 6431 -
all-6817 -
obs--92.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1764-0.6010.09643.03821.26593.65450.14240.5279-0.5196-0.2271-0.27190.3430.1696-0.15520.12960.11840.0524-0.05310.2559-0.13360.1141-12.2708-24.5639-42.3154
20.65160.30350.47711.5131.60063.21010.0052-0.08590.05720.0056-0.0448-0.0549-0.21140.23830.03950.0893-0.0319-0.0080.15120.02280.0166-3.73081.4857-7.0371
32.8964-0.53-1.16792.6825-0.61074.4856-0.1673-0.3432-0.33880.43140.23570.42890.0191-0.3433-0.06840.220.08590.1030.26690.11970.1077-4.6167-32.31542.9058
41.87040.3099-1.54870.5888-0.41853.1105-0.04040.0290.0807-0.05160.0377-0.0397-0.22610.19350.00270.107-0.0245-0.01910.11250.0060.013621.4709-24.731-32.5325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A49 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2A215 - 463
3X-RAY DIFFRACTION3B49 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4B215 - 463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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