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- PDB-8bet: Structure of D188A-fructofuranosidase from Rhodotorula dairenesis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bet
タイトルStructure of D188A-fructofuranosidase from Rhodotorula dairenesis in complex with sucrose
要素Beta-fructofuranosidase
キーワードHYDROLASE / FRUCTOFURANOSIDASE / INVERTASE / HYDROLYTIC ENZYME / GLYCOSIL HYDROLASE / PREBIOTIC / OLIGOSACCHARIDE / FRUCTOOLIGOSACCHARIDE / FOS / RHODOTORULA DAIRENENSIS / COMPLEXES
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / alpha-D-mannopyranose / Beta-fructofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodotorula dairenensis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Jimenez-Ortega, E. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness スペイン
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Insights into the Structure of the Highly Glycosylated Ffase from Rhodotorula dairenensis Enhance Its Biotechnological Potential.
著者: Jimenez-Ortega, E. / Narmontaite, E. / Gonzalez-Perez, B. / Plou, F.J. / Fernandez-Lobato, M. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-fructofuranosidase
B: Beta-fructofuranosidase
C: Beta-fructofuranosidase
D: Beta-fructofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,43455
ポリマ－282,6854
非ポリマー13,74951
水12,502694
1
A: Beta-fructofuranosidase
B: Beta-fructofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,39627
ポリマ－141,3432
非ポリマー6,05425
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12400 Å2
ΔGint84 kcal/mol
Surface area37070 Å2
2
C: Beta-fructofuranosidase
D: Beta-fructofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,03828
ポリマ－141,3432
非ポリマー7,69526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14560 Å2
ΔGint110 kcal/mol
Surface area37940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.343, 112.813, 139.083
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTRPTRPAA142 - 672142 - 672
21SERSERTRPTRPBB142 - 672142 - 672
12SERSERTRPTRPAA142 - 672142 - 672
22SERSERTRPTRPCC142 - 672142 - 672
13CYSCYSTHRTHRAA143 - 671143 - 671
23CYSCYSTHRTHRDD143 - 671143 - 671
14SERSERTRPTRPBB142 - 672142 - 672
24SERSERTRPTRPCC142 - 672142 - 672
15CYSCYSTRPTRPBB143 - 672143 - 672
25CYSCYSTRPTRPDD143 - 672143 - 672
16CYSCYSTRPTRPCC143 - 672143 - 672
26CYSCYSTRPTRPDD143 - 672143 - 672

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 698分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-fructofuranosidase


分子量: 70671.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodotorula dairenensis (菌類) / 遺伝子: INV / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: A0A856TAI5, beta-fructofuranosidase
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 6種, 51分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 % / 解説: Bladed crystal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 at 5.1 mg mL-1 concentration, 1:1 rate. Soaking: Mother liquor solution supplemented with 30 mM sucrose. 1h 15 min. Cryocooling: Mother liquor ...詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 at 5.1 mg mL-1 concentration, 1:1 rate. Soaking: Mother liquor solution supplemented with 30 mM sucrose. 1h 15 min. Cryocooling: Mother liquor solution supplemented with 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979264 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocoole / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979264 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→45.69 Å / Num. obs: 96053 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4777 / CC1/2: 0.876 / Rpim(I) all: 0.272 / Rrim(I) all: 0.731

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSVersion February 5, 2021データ削減
XDSVersion February 5, 2021データスケーリング
REFMAC5.8.0267位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 8BEQ

8beq


解像度: 2.38→45.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 7.684 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2222 4728 4.9 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
obs0.1861 91288 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 129.59 Å2 / Biso mean: 37.081 Å2 / Biso min: 17.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0 Å2-0.79 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→45.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16146 0 883 694 17723
Biso mean--64.57 36.83 -
残基数----2103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01317610
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.01715111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.71724262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3881.63135016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.56152095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.17423.869796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.531152195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2971544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.22495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023997
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A170690.07
12B170690.07
21A171580.06
22C171580.06
31A170590.06
32D170590.06
41B171100.07
42C171100.07
51B170560.07
52D170560.07
61C171460.06
62D171460.06
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.442 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 352 -
Rwork0.24 6743 -
all-7095 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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