[日本語] English
万見
- PDB-8bem: STE20-like serine/threonine-protein kinase (SLK) in complex with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bem
タイトルSTE20-like serine/threonine-protein kinase (SLK) in complex with Tivozanib
要素STE20-like serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Typ II inhibitor / SLK / Tivozanib
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of focal adhesion assembly / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / cell leading edge / RHOA GTPase cycle / cytoplasmic microtubule organization / regulation of cell migration / protein autophosphorylation / regulation of apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity ...regulation of focal adhesion assembly / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / cell leading edge / RHOA GTPase cycle / cytoplasmic microtubule organization / regulation of cell migration / protein autophosphorylation / regulation of apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / UVR domain / UVR domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / UVR domain / UVR domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TIVOZANIB / STE20-like serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kraemer, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
The Structural Genomics Consortium (SGC) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: STE20-like serine/threonine-protein kinase (SLK) in complex with Tivozanib
著者: Kraemer, A. / Doelle, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: STE20-like serine/threonine-protein kinase
B: STE20-like serine/threonine-protein kinase
D: STE20-like serine/threonine-protein kinase
G: STE20-like serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,46511
ポリマ－138,3574
非ポリマー2,1087
水54030
1
A: STE20-like serine/threonine-protein kinase
G: STE20-like serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2816
ポリマ－69,1792
非ポリマー1,1024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area26220 Å2
手法PISA
2
B: STE20-like serine/threonine-protein kinase
D: STE20-like serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1855
ポリマ－69,1792
非ポリマー1,0063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area26440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.012, 107.280, 129.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
STE20-like serine/threonine-protein kinase / STE20-like kinase / hSLK / CTCL tumor antigen se20-9 / STE20-related serine/threonine-protein ...STE20-like kinase / hSLK / CTCL tumor antigen se20-9 / STE20-related serine/threonine-protein kinase / STE20-related kinase / Serine/threonine-protein kinase 2


分子量: 34589.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLK, KIAA0204, STK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H2G2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-AV9 / TIVOZANIB / 1-{2-chloro-4-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]phenyl}-3-[(3E)-5-methylisoxazol-3(2H)-ylidene]urea / KRN-951


分子量: 454.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350 0.2M Na2SO4 10% Ethylene Glycol 0.1M bis-tris propane 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000031 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000031 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.52 Å / Num. obs: 48206 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 341607 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.697.31.0253229544360.7690.4051.1032.299.6
10.4-49.5270.04455857980.9990.0180.0473199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.608
最高解像度最低解像度
Rotation48.68 Å2.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HVD

6hvd


解像度: 2.6→48.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.2449 / WRfactor Rwork: 0.213 / FOM work R set: 0.7906 / SU B: 24.644 / SU ML: 0.244 / SU R Cruickshank DPI: 0.5243 / SU Rfree: 0.2927 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2551 2391 5 %RANDOM
Rwork0.2219 ---
obs0.2236 45795 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 173.71 Å2 / Biso mean: 53.733 Å2 / Biso min: 23.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å2-0.43 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8477 0 143 30 8650
Biso mean--58.86 39.48 -
残基数----1098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0128878
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0168038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.64112112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4781.56318641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.10251103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.705525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.293101393
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021666
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 150 -
Rwork0.3 3412 -
all-3562 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7202-0.8569-0.32952.43780.74111.50240.0604-0.3546-0.19330.4521-0.05810.15350.14840.017-0.00220.2476-0.0624-0.0580.06210.02610.05725.24449.7483-15.8138
22.65030.90010.82062.49660.49391.2955-0.01940.30510.2018-0.4-0.02090.3137-0.2682-0.12340.04030.25970.0529-0.09120.08970.01860.07191.769822.067-49.3197
32.48581.30530.7942.05950.68371.436-0.06780.0464-0.1519-0.08250.0053-0.13440.21540.09530.06250.20080.0492-0.05580.0595-0.04470.1017-5.4809-15.0204-49.8509
42.3652-1.4056-0.59463.01540.8732.3643-0.0105-0.01640.1558-0.0734-0.0572-0.2269-0.30090.1150.06770.2424-0.0537-0.10530.1058-0.03270.111817.306246.5646-14.0883
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 309
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 310
3X-RAY DIFFRACTION3D17 - 310
4X-RAY DIFFRACTION4G17 - 309

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る