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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8be3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of KRasG12V-Nanobody84 | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Complex / Stabilizer | ||||||
機能・相同性 | small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Isoform 2B of GTPase KRas![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fischer, B. / Wohlkonig, A. / Steyaert, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Allosteric nanobodies to study the interactions between SOS1 and RAS. 著者: Fischer, B. / Uchanski, T. / Sheryazdanova, A. / Gonzalez, S. / Volkov, A.N. / Brosens, E. / Zogg, T. / Kalichuk, V. / Ballet, S. / Versees, W. / Sablina, A.A. / Pardon, E. / Wohlkonig, A. / Steyaert, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 13519.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 21675.314 Da / 分子数: 2 / Mutation: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 21%, MES 0.1 M pH 6.0, NaCl 150mM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→42.3 Å / Num. obs: 54015 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 33.43 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / Num. unique obs: 38376 / CC1/2: 0.66 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4L9S 解像度: 1.85→42.3 Å / SU ML: 0.232 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.8998 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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