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- PDB-8bdy: Crystal structure of TRIM33 alpha PHD-Bromo domain in complex with 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bdy
タイトルCrystal structure of TRIM33 alpha PHD-Bromo domain in complex with 9
要素E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRIM33 alpha / PHD-Bromo domain / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


co-SMAD binding / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Germ layer formation at gastrulation / R-SMAD binding / negative regulation of BMP signaling pathway / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination / negative regulation of DNA-templated transcription ...co-SMAD binding / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Germ layer formation at gastrulation / R-SMAD binding / negative regulation of BMP signaling pathway / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger ...B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / 薬指 / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-dimethylbenzimidazol-2-one / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Tassone, G. / Pozzi, C. / Palomba, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Exploiting ELIOT for Scaffold-Repurposing Opportunities: TRIM33 a Possible Novel E3 Ligase to Expand the Toolbox for PROTAC Design.
著者: Palomba, T. / Tassone, G. / Vacca, C. / Bartalucci, M. / Valeri, A. / Pozzi, C. / Cross, S. / Siragusa, L. / Desantis, J.
履歴
登録2022年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4035
ポリマ－24,0701
非ポリマー3334
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.965, 79.965, 135.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1218-

HOH

21A-1219-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 / Ectodermin homolog / RET-fused gene 7 protein / Protein Rfg7 / RING-type E3 ubiquitin transferase ...Ectodermin homolog / RET-fused gene 7 protein / Protein Rfg7 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRIM33 / Transcription intermediary factor 1-gamma / TIF1-gamma / Tripartite motif-containing protein 33


分子量: 24069.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM33, KIAA1113, RFG7, TIF1G / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UPN9, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-QCU / 1,3-dimethylbenzimidazol-2-one / 1,3-ジメチル-1H-ベンゾイミダゾ-ル-2(3H)-オン


分子量: 162.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M calcium chloride and 20 % wt/vol PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→135.5 Å / Num. obs: 5355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 69 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.05→3.21 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 1.079 / Num. unique obs: 761 / CC1/2: 0.827 / R split: 2.2 / Rpim(I) all: 0.29 / Rrim(I) all: 1.118 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U5M

3u5m


解像度: 3.05→69.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 27.98 / SU ML: 0.465 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.559 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33422 256 4.8 %RANDOM
Rwork0.22865 ---
obs0.23379 5062 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.252 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.14 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.6698 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.05→69.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1425 0 15 20 1460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7711.6582042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2061.5832991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8455187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30423.38268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.32515210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.558155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.1057.834757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.1067.835756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.3911.716941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.38511.715942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7997.897734
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7957.9735
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.04511.8121102
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.90293.7781752
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.89893.7651753
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.511 23 -
Rwork0.345 363 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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