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- PDB-8bdx: Ternary complex between VCB, BRD4-BD2 and PROTAC 48 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bdx
タイトルTernary complex between VCB, BRD4-BD2 and PROTAC 48
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / PROTAC / degrader / complex / E3 ligase / VHL / VCB
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / histone H4 reader activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / condensed nuclear chromosome / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / transcription coregulator activity / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / p53 binding / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / regulation of gene expression / chromosome / microtubule cytoskeleton / Replication of the SARS-CoV-2 genome / regulation of inflammatory response / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / histone binding / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / protein stabilization / cilium / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Ubiquitin-like (UB roll) / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QIY / Bromodomain-containing protein 4 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Mueller, J.E. / Lehmann, M. / Wegener, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: Systematic Potency and Property Assessment of VHL Ligands and Implications on PROTAC Design.
著者: Krieger, J. / Sorrell, F.J. / Wegener, A.A. / Leuthner, B. / Machrouhi-Porcher, F. / Hecht, M. / Leibrock, E.M. / Muller, J.E. / Eisert, J. / Hartung, I.V. / Schlesiger, S.
履歴
登録2022年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
E: Bromodomain-containing protein 4
F: Elongin-B
G: Elongin-C
H: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,72310
ポリマ－112,6498
非ポリマー2,0742
水362
1
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3615
ポリマ－56,3244
非ポリマー1,0371
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Bromodomain-containing protein 4
F: Elongin-B
G: Elongin-C
H: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3615
ポリマ－56,3244
非ポリマー1,0371
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.341, 82.341, 168.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 14899.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-QIY / (2S,4R)-N-[(1S)-1-(4-chlorophenyl)-3-[2-[2-[2-[2-[2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8$l^{5},11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]-1-[(2R)-3-methyl-2-(3-methyl-1,2-oxazol-5-yl)butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 1037.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H63Cl2N9O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.02M sodium/potassium phosphate, 0.1M bis-Tris propane pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.928→71.31 Å / Num. obs: 25269 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.928-3.0651.386637312640.4550.6891.5491.243.9
8.17-71.3095.10.025647212630.9990.0120.02844.9100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5t35

5t35


解像度: 2.93→71.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.2703 / WRfactor Rwork: 0.1827 / FOM work R set: 0.7898 / SU B: 47.083 / SU ML: 0.371 / SU R Cruickshank DPI: 0.3325 / SU Rfree: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.433 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2578 1342 5.3 %RANDOM
Rwork0.1848 ---
obs0.1891 23927 91.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 264.67 Å2 / Biso mean: 107.874 Å2 / Biso min: 68.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å2-0.56 Å20 Å2
2---1.11 Å2-0 Å2
3---3.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.93→71.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7001 0 142 2 7145
Biso mean--112.13 85.34 -
残基数----907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0127336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.65810006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4391.55815088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5155900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.36.29654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.963101102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021418
LS精密化 シェル解像度: 2.93→3.003 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 19 -
Rwork0.341 354 -
obs--18.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.77830.17421.16340.53620.10460.36610.16110.2020.2049-0.045-0.22640.08620.06180.0650.06530.29570.0997-0.07040.3695-0.02530.108542.55044.213617.9554
20.5729-0.25580.71061.9551-1.37671.6151-0.24190.10960.144-0.00690.1979-0.0216-0.0702-0.14370.04390.4572-0.0897-0.16220.38410.16120.1354-16.22266.0354-16.6551
30.61180.7974-0.13751.7448-0.63711.124-0.08120.05040.031-0.08590.2533-0.08390.2644-0.2234-0.1720.4731-0.1282-0.10180.28280.01720.1011-12.5365-10.404-9.4483
41.33070.1017-0.07750.17050.09510.07530.0582-0.193-0.01580.11930.0137-0.11220.12540.0134-0.07190.5516-0.0064-0.16860.2315-0.04030.18839.3294-9.90859.1017
50.6702-0.2386-0.00133.1760.35260.0806-0.182-0.10320.02820.09790.0860.14290.07840.03020.09610.4355-0.01690.12730.2725-0.02860.182314.2683-25.5123-20.474
61.2494-0.152-1.05170.72810.46971.05450.120.11860.33710.15430.05430.15550.0247-0.0814-0.17430.57770.07280.06580.14650.00990.30296.229832.788612.1669
70.51150.85260.52753.6623-0.27991.24080.0445-0.0241-0.05010.27580.0578-0.2873-0.0974-0.0856-0.10230.4287-0.0108-0.08730.0823-0.07270.419221.732830.84824.72
80.56740.1085-0.66121.11630.04410.8084-0.0163-0.20410.0668-0.03730.1766-0.3283-0.02830.3108-0.16030.4124-0.0639-0.02920.3146-0.11320.387225.41468.0643-12.2748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A351 - 459
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3C16 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4D61 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5E351 - 459
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 104
7X-RAY DIFFRACTION7G17 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8H61 - 301

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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