PDB-8bdw: Crystal structure of CnaB2 domain from Lactobacillus plantarum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bdw

タイトル

Crystal structure of CnaB2 domain from Lactobacillus plantarum

要素

Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / CnaB domain / isopeptide bond / Catcher/Tag pair / protein ligation

機能・相同性

機能・相同性情報

cell adhesion / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Taberman, H. / Hakanpaa, J. / Linder, M.B. / Aranko, A.S.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Biomolecular Click Reactions Using a Minimal pH-Activated Catcher/Tag Pair for Producing Native-Sized Spider-Silk Proteins.
著者: Fan, R. / Hakanpaa, J. / Elfving, K. / Taberman, H. / Linder, M.B. / Aranko, A.S.

履歴

登録	2022年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Advisory / Derived calculations カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bdw.cif.gz	456.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bdw.ent.gz	384.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bdw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bdw_validation.pdf.gz	540.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bdw_full_validation.pdf.gz	555.5 KB	表示
XML形式データ	8bdw_validation.xml.gz	60.1 KB	表示
CIF形式データ	8bdw_validation.cif.gz	84.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3phsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

B: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

C: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

D: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

E: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

F: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

G: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

H: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

I: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

J: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

K: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

L: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

ヘテロ分子

123 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

C: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

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F: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

I: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

J: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

K: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

ヘテロ分子

A: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

C: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

E: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

F: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

I: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

J: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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L: Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
247 kDa, 24 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	120.060, 120.060, 230.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Cell surface adherence protein,collagen-binding domain, LPXTG-motif cell wall anchor / CnaB2 分子量: 9999.095 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: lp_2578 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F9UR90
#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.28 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5 M ammoniumsulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 / Temp details: RT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9802 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9802 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.863→104 Å / Num. obs: 158616 / % possible obs: 98.46 % / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.34 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 17.85
反射シェル	解像度: 1.863→1.93 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.848 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 13576 / CC_1/2: 0.73 / CC star: 0.919 / R_pim(I) all: 0.405 / R_rim(I) all: 0.947 / % possible all: 85.01

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	V1.18RC4-3812-000	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot	v0.9.8.3	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model built with SwissModel using 3PHS as starting model

3phs

解像度: 1.86→104 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
詳細: Isotropic individual temperature factors were refined, with the TLS parameters (67 groups) added in the final stages of refinement.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.187	-	-
R_work	0.154	-	-
obs	-	158501	99.9 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→104 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8176	0	214	1266	9656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	8844
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.458	12120
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.416	3113
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	1561
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1527

LS精密化シェル

解像度: 1.863→1.93 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3068	-	-
R_work	0.3001	-	-
obs	-	13576	85.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3976	0.0633	0.1173	0.3048	0.5442	0.7668	0.081	-0.0436	-0.0306	-0.1308	-0.0953	0.0374	0.0316	0.0787	0	0.3235	-0.0012	0.0152	0.299	-0.0261	0.3461	7.5467	15.8551	-27.7786
2	0.6712	0.6776	-0.566	0.7387	-0.5925	0.4968	-0.1164	0.1383	-0.468	-0.5303	-0.0137	-0.246	-0.2804	-0.1801	-0.1648	0.515	0.0718	-0.0074	0.3426	-0.1227	0.3186	17.6436	13.8787	-42.0057
3	0.1036	0.1096	0.0239	0.0817	0.021	-0.0023	0.0586	-0.2156	-0.1008	0.015	-0.1041	-0.0114	0.1491	0.0416	-0.0002	0.3501	0.0033	0.0031	0.3194	-0.029	0.325	14.4946	15.4814	-25.3067
4	0.0389	-0.0373	-0.0108	0.0638	-0.0032	0.0284	0.1924	-0.1738	0.1517	0.1771	-0.0515	0.1765	0.0421	0.207	0.0004	0.3627	-0.0001	0.0175	0.3422	-0.0341	0.3499	13.9625	23.7771	-29.6063
5	0.9251	-0.2657	0.1862	0.1474	0.0489	0.0764	0.0321	0.1235	-0.1827	-0.0244	-0.1198	0.063	0.0603	-0.1922	-0	0.3617	-0.0209	-0.0141	0.2996	-0.0498	0.3055	8.7552	12.0395	-32.865
6	0.6737	0.1555	0.0462	0.0256	0.0023	0.1918	0.5183	-0.0215	0.8535	-0.3676	-0.4498	-0.5351	-0.2045	0.0159	-0.0221	0.4758	0.0418	0.1179	0.3084	0.0896	0.5652	9.4672	32.7495	-36.3816
7	-0.013	0.0347	-0.1282	0.0125	-0.0385	0.1361	0.1023	0.3337	-0.0058	-0.3619	0.0086	0.1787	0.1392	-0.1603	0.001	0.3751	-0.0788	-0.0199	0.333	-0.0344	0.3971	1.6582	10.57	-27.8222
8	0.2071	-0.2033	-0.2756	0.2703	0.372	0.4097	0.1251	-0.0158	-0.1048	0.0008	0.2433	0.4446	0.0953	-0.2905	-0.0003	0.4263	-0.0625	-0.026	0.2649	0.0356	0.3347	79.9841	32.4847	-58.8623
9	0.2978	-0.0208	-0.1228	0.273	0.0753	0.0428	0.1642	0.0323	0.1157	0.0179	-0.1168	-0.0474	-0.1023	0.1329	0	0.3962	-0.0822	-0.0158	0.2789	-0.0161	0.3383	86.4402	36.659	-62.0263
10	0.1215	0.0849	-0.1247	0.0396	-0.0709	0.0951	-0.0742	-0.1484	-0.0201	-0.1779	0.0256	0.0057	0.5213	-0.3334	0.0001	0.4404	-0.0199	-0.0363	0.2955	0.0031	0.3198	83.9764	27.613	-57.3114
11	0.5596	-0.3634	-0.1949	0.2131	0.0557	0.0576	0.0914	-0.0508	0.2369	0.0088	-0.0716	-0.0362	-0.1519	0.2773	0	0.5056	-0.0889	-0.0403	0.2815	-0.0089	0.347	86.8112	41.9186	-61.5108
12	0.3813	-0.0755	0.0009	0.0651	0.0234	0.1205	0.0179	-0.4598	-0.2237	0.071	0.0135	0.0308	-0.2282	-0.2315	-0.0033	0.4978	-0.0817	-0.0289	0.3769	0.0543	0.3288	80.483	29.6038	-48.4307
13	1.2716	-0.082	0.0376	0.0815	0.0174	0.0251	0.1259	-0.1767	0.226	-0.0245	0.0574	0.2313	-0.3054	0.123	0.0086	0.4927	-0.0021	0.0039	0.1869	-0.0199	0.3417	79.2066	43.9084	-63.6221
14	0.0935	0.202	-0.1213	0.2708	-0.1699	0.2403	-0.0718	0.0061	0.0012	0.1344	0.0863	0.0773	0.031	-0.0431	0.0024	0.2676	0.0999	0.0107	0.2336	-0.0103	0.2543	42.8158	35.2526	-33.7793
15	0.6964	-0.4807	-0.4502	0.3128	0.3603	0.3468	0.0541	0.1	0.0954	0.1036	0.0244	-0.0409	-0.198	0.0409	0.0001	0.3218	0.0632	-0.0001	0.2412	0.0056	0.271	45.5775	46.9864	-35.2038
16	0.2517	0.0042	0.0233	0.0257	0.0375	0.021	-0.1274	-0.2327	-0.2506	-0.0183	0.3639	0.4744	0.0804	-0.2345	0.0015	0.3225	0.1107	0.0079	0.2467	0.0126	0.3129	36.4285	45.534	-32.6437
17	0.302	0.1927	0.1416	0.4803	0.4959	0.3278	0.0741	0.198	-0.0049	-0.1198	-0.0402	-0.1603	0.0446	0.2114	-0	0.3035	0.1069	0.0072	0.2597	0.0028	0.2455	50.1479	40.7716	-38.5943
18	0.3016	0.035	0.3613	0.3516	-0.3151	0.6749	-0.0628	0.2282	-0.1017	-0.2188	-0.0023	0.5106	0.0024	-0.1501	-0.0798	0.3359	0.1298	-0.0287	0.2671	0.0082	0.3702	31.6979	44.4244	-41.0385
19	0.1597	0.2588	-0.207	0.3805	-0.231	0.5727	0.1846	-0.0837	-0.3615	-0.2441	-0.087	0.0399	-0.1157	0.0646	0.0403	0.3251	0.099	0.0074	0.2196	-0.0337	0.3037	47.2768	33.4956	-38.1545
20	0.4756	0.1939	-0.1871	0.5635	-0.0736	0.066	-0.0431	0.2164	0.1596	-0.2054	-0.1317	-0.1039	-0.0357	0.599	-0.0041	0.4324	0.027	0.0256	0.333	-0.035	0.305	66.8614	34.5598	-63.5508
21	0.3239	-0.194	-0.0296	0.1082	-0.0202	0.4938	0.1028	-0.1073	-0.0493	-0.0222	-0.0269	0.0111	-0.0979	-0.0816	0.0002	0.4056	0.0312	0.0214	0.2138	-0.0242	0.3083	60.3882	34.622	-58.3403
22	0.7746	0.1166	-0.1407	0.1516	-0.3089	0.2451	-0.105	-0.1018	0.1637	0.0219	0.0553	0.0122	-0.1615	-0.018	0	0.4476	0.0383	-0.0065	0.2215	-0.024	0.3011	61.6379	37.2352	-60.1187
23	1.3347	1.2317	0.9952	1.3879	0.932	0.7257	0.1567	1.2965	0.0235	-0.071	-0.0276	-0.5306	0.1269	0.0961	0.2611	0.4629	0.0232	0.0599	0.5632	0.1164	0.3085	68.4141	39.6034	-76.6983
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65	0.0099	0.0134	0.2912	0.1547	-0.337	0.5545	0.0107	-0.2187	0.1321	0.0528	-0.1174	0.1148	-0.225	-0.1124	-0.0022	0.3772	0.0608	0.0258	0.2397	-0.0073	0.3293	42.6534	34.4141	-75.7269
66	2.3941	0.535	-0.2613	1.6304	-2.0803	2.6997	-0.3001	0.1434	-0.7316	0.1579	-0.5072	-0.0852	1.114	-0.1965	-0.2794	0.5491	-0.1445	0.1443	0.2505	-0.0385	0.3861	35.8726	14.5822	-77.0367
67	0.1689	-0.1548	-0.0188	0.1383	0.0992	0.2334	-0.1335	-0.0767	0.1939	-0.0903	-0.0074	0.3299	-0.1736	-0.2809	-0.0232	0.4722	0.0329	-0.0248	0.2507	0.0269	0.3221	45.242	35.5964	-83.5991

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 42 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 43 through 52 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 53 through 77 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 78 through 84 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 85 through 95 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 11 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 12 through 42 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 43 through 52 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 53 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 73 through 84 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 85 through 95 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1 through 21 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 22 through 42 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 43 through 52 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 53 through 72 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 73 through 84 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 85 through 95 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 1 through 11 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 12 through 42 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 43 through 77 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 78 through 84 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 85 through 95 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 1 through 11 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 12 through 42 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 43 through 52 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 53 through 77 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 78 through 84 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 85 through 95 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 1 through 11 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 12 through 42 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 43 through 72 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 73 through 84 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 85 through 95 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 1 through 11 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 12 through 42 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 43 through 72 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 73 through 84 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 85 through 95 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 1 through 42 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 43 through 72 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 73 through 84 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 85 through 91 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 92 through 97 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 1 through 42 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 43 through 77 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 78 through 84 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 85 through 95 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 1 through 32 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 33 through 72 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 73 through 77 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 78 through 84 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 85 through 95 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'K' and (resid 1 through 11 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'K' and (resid 12 through 42 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'K' and (resid 43 through 52 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'K' and (resid 53 through 77 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'K' and (resid 78 through 84 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'K' and (resid 85 through 95 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'L' and (resid 1 through 11 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'L' and (resid 12 through 21 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'L' and (resid 22 through 42 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'L' and (resid 43 through 52 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'L' and (resid 53 through 77 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'L' and (resid 78 through 84 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'L' and (resid 85 through 95 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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