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- PDB-8bds: Ternary complex between VCB, BRD4-BD1 and PROTAC 48 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bds
タイトルTernary complex between VCB, BRD4-BD1 and PROTAC 48
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / PROTAC / degrader / complex / E3 ligase / VHL / VCB
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II C-terminal domain binding / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation by host of viral transcription / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / negative regulation of autophagy / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / transcription corepressor binding / condensed nuclear chromosome / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / lysine-acetylated histone binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / chromosome / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / regulation of inflammatory response / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Ubiquitin family / Bromodomain / Ubiquitin homologues / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QIY / Bromodomain-containing protein 4 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Mueller, J.E. / Lehmann, M. / Wegener, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: Systematic Potency and Property Assessment of VHL Ligands and Implications on PROTAC Design.
著者: Krieger, J. / Sorrell, F.J. / Wegener, A.A. / Leuthner, B. / Machrouhi-Porcher, F. / Hecht, M. / Leibrock, E.M. / Muller, J.E. / Eisert, J. / Hartung, I.V. / Schlesiger, S.
履歴
登録2022年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,31815
ポリマ－56,5254
非ポリマー1,79411
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area23650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.031, 79.031, 204.206
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-523-

HOH

21D-712-

HOH

31D-742-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885

-
非ポリマー , 4種, 407分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-QIY / (2S,4R)-N-[(1S)-1-(4-chlorophenyl)-3-[2-[2-[2-[2-[2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8$l^{5},11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]-1-[(2R)-3-methyl-2-(3-methyl-1,2-oxazol-5-yl)butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 1037.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H63Cl2N9O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.4M Ammonium Sulfate, 4% (w/v) glycerol, 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.718→68.443 Å / Num. obs: 63052 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 593475
反射 シェル解像度: 1.718→1.871 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.399 / Num. unique obs: 3152 / CC1/2: 0.621 / Rpim(I) all: 0.483 / Rrim(I) all: 1.481 / % possible all: 69.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5nw1, 3mxf

5nw1

3mxf


解像度: 1.72→68.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.377 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.1005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1973 3134 5 %RANDOM
Rwork0.1677 ---
obs0.1692 59918 79.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.25 Å2 / Biso mean: 37.641 Å2 / Biso min: 18.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→68.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3763 0 115 396 4274
Biso mean--42.96 44.28 -
残基数----469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0133992
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0173765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8241.6645423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4631.5778690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8275470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.51421.822214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12115663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4871527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02892
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.763 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 16 -
Rwork0.321 232 -
obs--4.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.3433-4.4378-5.67189.20216.961711.04760.0463-0.21710.02560.4429-0.35680.4010.2433-0.51960.31050.1325-0.04830.01670.1657-0.03030.135616.5188-25.941914.6256
24.25181.13480.51243.14031.22220.76040.0458-0.28070.20870.0562-0.0626-0.07740.1464-0.06350.01680.1026-0.0062-0.00320.15720.00120.080520.3073-28.36079.3812
35.95832.6787-0.59244.90940.24953.8396-0.0889-0.0475-0.0380.0307-0.0239-0.0151-0.2467-0.28620.11280.09920.0195-0.01220.1206-0.01650.102215.0104-31.01572.3558
42.2846-0.30680.30243.4973-0.04396.32090.10460.0597-0.166-0.09840.0492-0.15390.01080.0922-0.15380.0871-0.01230.01740.1106-0.03040.138820.0323-36.57842.0431
512.9185-2.8734.82037.93161.57139.20930.199-0.2495-0.59270.48290.081-0.26390.3980.1277-0.280.2093-0.0295-0.01790.14690.04130.159618.7849-41.390311.6729
613.4744-2.91034.73450.6644-1.110410.38050.1609-0.82550.01690.05250.09810.02180.7276-0.3606-0.2590.3469-0.16210.04730.35980.00310.142211.7674-36.717215.1997
715.850916.9396-5.902622.4048-5.38410.57210.2635-0.80940.02710.9876-0.43110.30650.2542-0.5240.16770.30150.00530.06790.3930.01420.240315.537-26.836922.2899
82.345-1.6637-1.55186.73616.54197.66670.178-0.25490.03330.1532-0.0046-0.26940.10110.0174-0.17340.1218-0.04130.00590.1566-0.01210.124522.1316-28.309214.6202
92.77872.50922.76733.99622.71864.6493-0.05120.0962-0.3049-0.16870.1415-0.48860.13240.2542-0.09030.11470.040.01310.1363-0.04080.242128.063-39.75741.2187
105.16023.94585.40049.44149.880311.3980.2102-0.5433-0.21390.70580.2616-0.72270.66760.4096-0.47180.20550.0194-0.08550.43340.02710.283841.5471-20.432123.4506
1127.4866-4.0743-1.505912.44911.58728.8138-0.02021.0417-0.0732-0.3165-0.2640.7962-0.2192-0.7330.28420.1690.0135-0.01540.2079-0.03810.124820.0146-18.0351.938
126.24130.3682-0.43741.6105-1.42193.29490.02530.155-0.2189-0.16590.0398-0.08640.1062-0.0567-0.06510.0943-0.00210.03350.1503-0.02770.146333.3245-21.12586.0624
138.3986-2.30650.935121.79413.74015.378-0.113-0.00760.0368-0.0036-0.01170.841-0.1007-0.5130.12470.0946-0.0095-0.00090.24-0.01840.12319.823-15.90725.5438
146.23313.9338-2.78864.9336-2.79295.44440.07420.21970.3763-0.11470.04980.2075-0.0119-0.2331-0.1240.10560.00930.03780.1563-0.00550.133624.6208-7.61165.4771
150.4980.9775-0.043119.4021-14.304711.6144-0.26120.7421-0.1854-1.56342.11342.02420.7611-0.5538-1.85221.0878-0.172-0.20641.4138-0.09720.527726.1975-11.9555-2.9436
162.7659-0.1555-2.21191.21961.01043.370.0883-0.15380.07730.0156-0.1023-0.1448-0.09110.04580.0140.0937-0.00920.02230.1772-0.01420.139131.9583-16.345911.9491
177.0282-0.0838-3.90823.22540.52412.57260.17970.21720.15040.1202-0.15160.4056-0.2419-0.7026-0.02810.1066-0.02920.04730.2312-0.05540.146815.944-12.743518.5835
180.00310.02170.00750.37560.19040.1160.01630.01510.0192-0.0759-0.09780.2426-0.0495-0.14660.08150.36910.05890.05060.5820.03190.425412.0218-12.350626.5509
1912.8226-1.4061-3.51011.96960.42041.11640.0048-0.5937-0.32010.4563-0.04340.10990.12580.28280.03850.2505-0.0135-0.00290.2829-0.02130.139429.6188-17.161825.9152
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2615.7557-5.3472-2.9628.5452.04632.3612-0.11870.00960.6486-0.05810.01930.21-0.4507-0.42420.09940.28280.04850.00960.35-0.0350.2767-3.7430.328739.4835
272.0395-0.9945-1.24940.50250.55431.41350.0869-0.18090.098-0.01690.0512-0.0658-0.17480.2185-0.13810.1652-0.09250.00960.2354-0.06560.12126.1801-7.805928.8074
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321.85510.2238-0.03456.21591.8442.3556-0.03170.0195-0.0003-0.10790.1135-0.6408-0.12670.1842-0.08180.1177-0.04480.03060.07720.03280.153239.087114.022263.1451
338.54141.70534.18295.53983.32394.4095-0.19160.5745-0.1617-0.41460.3242-0.4953-0.31030.2806-0.13270.2777-0.04910.0930.21280.00690.132630.19885.11449.4419
343.8201-0.463-0.55631.47290.6242.3649-0.18580.1090.1084-0.24630.12750.1847-0.1305-0.15250.05820.1972-0.0236-0.04650.10950.01660.082615.717810.116256.228
3514.34383.24521.43795.146-3.34755.0923-0.058-0.54970.4490.32560.11040.2775-0.3831-0.417-0.05240.2050.0388-0.00530.1643-0.04030.114114.87810.609468.4263
364.96831.95070.47312.85580.31291.5675-0.10820.24590.1087-0.22330.0878-0.0466-0.06410.02990.02040.1846-0.0321-0.00820.0760.01340.100531.158614.81460.6828
374.41191.67860.27181.9031-0.28810.9057-0.04780.01060.0339-0.0292-0.0318-0.1818-0.0854-0.03420.07960.1566-0.0134-0.00320.0773-0.0020.10828.49976.026965.6709
382.04123.4703-3.46268.9949-2.376715.0869-0.03110.1718-0.0136-0.0252-0.06370.71830.7478-0.9720.09480.2541-0.063-0.0440.2399-0.03370.305712.8541-3.048458.2902
3913.1115-1.59161.86311.5767-0.71941.80490.08090.2864-0.3395-0.2851-0.0862-0.18080.2316-0.02490.00530.2238-0.02330.05740.1169-0.02640.132228.5543-2.474356.9701
4025.33466.27779.5629.82298.232125.6502-0.1146-0.02130.21180.18340.1787-0.992-0.23760.8639-0.06410.18340.0040.06140.16350.08170.354846.26472.133362.5784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 23
3X-RAY DIFFRACTION3A24 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4A36 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5A47 - 53
6X-RAY DIFFRACTION6A54 - 62
7X-RAY DIFFRACTION7A63 - 68
8X-RAY DIFFRACTION8A69 - 78
9X-RAY DIFFRACTION9A79 - 91
10X-RAY DIFFRACTION10A92 - 104
11X-RAY DIFFRACTION11B16 - 20
12X-RAY DIFFRACTION12B21 - 29
13X-RAY DIFFRACTION13B30 - 34
14X-RAY DIFFRACTION14B35 - 48
15X-RAY DIFFRACTION15B49 - 60
16X-RAY DIFFRACTION16B61 - 77
17X-RAY DIFFRACTION17B78 - 85
18X-RAY DIFFRACTION18B86 - 91
19X-RAY DIFFRACTION19B92 - 98
20X-RAY DIFFRACTION20B99 - 112
21X-RAY DIFFRACTION21C61 - 73
22X-RAY DIFFRACTION22C74 - 107
23X-RAY DIFFRACTION23C108 - 113
24X-RAY DIFFRACTION24C114 - 131
25X-RAY DIFFRACTION25C132 - 138
26X-RAY DIFFRACTION26C139 - 147
27X-RAY DIFFRACTION27C148 - 172
28X-RAY DIFFRACTION28C173 - 191
29X-RAY DIFFRACTION29C192 - 201
30X-RAY DIFFRACTION30C202 - 207
31X-RAY DIFFRACTION31D42 - 48
32X-RAY DIFFRACTION32D49 - 70
33X-RAY DIFFRACTION33D71 - 78
34X-RAY DIFFRACTION34D79 - 97
35X-RAY DIFFRACTION35D98 - 103
36X-RAY DIFFRACTION36D104 - 118
37X-RAY DIFFRACTION37D119 - 139
38X-RAY DIFFRACTION38D140 - 145
39X-RAY DIFFRACTION39D146 - 162
40X-RAY DIFFRACTION40D163 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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