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- PDB-8bct: X-ray crystal structure of a de novo selected helix-loop-helix he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bct
タイトルX-ray crystal structure of a de novo selected helix-loop-helix heterodimer in a syn arrangement, 26alpha/26beta
要素
  • 26alpha
  • 26beta
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled coil / 4-helix bundle / in-cell library screening / protein-protein interactions
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Naudin, E.A. / Mylemans, B. / Smith, A.J. / Savery, N.J. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S002820/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V006231/1 英国
Max Planck Bristol Centre for Minimal Biology - University of Bristol 英国
引用ジャーナル: Acs Synth Biol / 年: 2023
タイトル: Design and Selection of Heterodimerizing Helical Hairpins for Synthetic Biology.
著者: Smith, A.J. / Naudin, E.A. / Edgell, C.L. / Baker, E.G. / Mylemans, B. / FitzPatrick, L. / Herman, A. / Rice, H.M. / Andrews, D.M. / Tigue, N. / Woolfson, D.N. / Savery, N.J.
履歴
登録2022年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 26alpha
G: 26beta
B: 26alpha
E: 26beta
H: 26alpha
A: 26beta
C: 26beta
F: 26alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,53522
ポリマ－42,3548
非ポリマー1,18114
水3,945219
1
D: 26alpha
C: 26beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9656
ポリマ－10,5882
非ポリマー3764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
2
G: 26beta
H: 26alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7444
ポリマ－10,5882
非ポリマー1552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area6040 Å2
手法PISA
3
B: 26alpha
A: 26beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8365
ポリマ－10,5882
非ポリマー2473
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area6070 Å2
手法PISA
4
E: 26beta
F: 26alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9917
ポリマ－10,5882
非ポリマー4025
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area5980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.893, 78.322, 81.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 DBHFGEAC

#1: タンパク質
26alpha


分子量: 5255.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
26beta


分子量: 5333.245 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 233分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→39.16 Å / Num. obs: 72542 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.7-1.7371.071.730220.790.4352.793100
9-39.166.60.02175.241110.0080.02398.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CC-HP1.0

解像度: 1.7→39.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 4.596 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2122 2926 5.1 %RANDOM
Rwork0.1927 ---
obs0.1937 57178 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.11 Å2 / Biso mean: 33.738 Å2 / Biso min: 19.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å2-0 Å21.15 Å2
2---0.79 Å2-0 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→39.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 0 70 219 3181
Biso mean--60.08 44.3 -
残基数----397
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0123065
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.6294123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5441.5647231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.625421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.95510615
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02485
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 225 -
Rwork0.291 3958 -
all-4183 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57560.3554-0.5831.1338-0.70990.87890.03350.22230.0396-0.09450.01760.03480.1084-0.1664-0.05110.08920.0175-0.00060.12260.00530.0117.1322-25.277522.3976
20.22180.3021-0.13090.8113-0.50840.51840.0532-0.01770.05630.052-0.06350.06930.03630.09070.01040.0495-0.00610.00630.06030.00090.057741.9802-14.683937.0701
30.3616-0.6358-0.061.52090.68371.0849-0.0275-0.0521-0.03170.09870.0912-0.0436-0.0826-0.0185-0.06380.11740.0425-0.03480.0420.01690.054214.428911.025615.9727
40.1384-0.3483-0.25471.26050.84730.77750.0218-0.01030.0337-0.1344-0.1137-0.05480.0367-0.0330.09190.09460.04540.07350.06590.00870.103732.1447-17.44141.9596
50.013-0.02830.03320.5961-0.40330.29160.00110.02620.0305-0.0894-0.0635-0.01910.05170.06730.06240.0292-0.0222-0.01070.08350.03220.101645.2976-14.251929.0037
60.2601-0.36810.46430.5322-0.67350.85310.03120.0221-0.0227-0.0213-0.01690.01720.02490.0267-0.01430.04940.0433-0.01070.05470.00370.04112.381610.5717.7188
70.110.0061-0.06860.07990.21320.66160.0137-0.00420.01640.0285-0.032-0.00120.0722-0.10150.01830.0538-0.0403-0.00930.0523-0.00420.048918.622-25.765530.6542
80.14250.0291-0.23770.68440.25120.5659-0.0053-0.1099-0.0298-0.0373-0.18250.18160.04760.11510.18780.03240.02960.03170.1305-0.01550.106829.2022-16.890210.3175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D0 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2G1 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 50
4X-RAY DIFFRACTION4E0 - 48
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6A0 - 49
7X-RAY DIFFRACTION7C0 - 50
8X-RAY DIFFRACTION8F0 - 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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