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- PDB-8bct: X-ray crystal structure of a de novo selected helix-loop-helix he... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bct | ||||||||||||
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Title | X-ray crystal structure of a de novo selected helix-loop-helix heterodimer in a syn arrangement, 26alpha/26beta | ||||||||||||
![]() |
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![]() | DE NOVO PROTEIN / coiled coil / 4-helix bundle / in-cell library screening / protein-protein interactions | ||||||||||||
Function / homology | ACETATE ION![]() | ||||||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Naudin, E.A. / Mylemans, B. / Smith, A.J. / Savery, N.J. / Woolfson, D.N. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Design and Selection of Heterodimerizing Helical Hairpins for Synthetic Biology. Authors: Smith, A.J. / Naudin, E.A. / Edgell, C.L. / Baker, E.G. / Mylemans, B. / FitzPatrick, L. / Herman, A. / Rice, H.M. / Andrews, D.M. / Tigue, N. / Woolfson, D.N. / Savery, N.J. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 160.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 130.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 504.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 508.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8bcsC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 8 molecules DBHFGEAC
#1: Protein | Mass: 5255.154 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Protein | Mass: 5333.245 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 4 types, 233 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 5, 2022 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→39.16 Å / Num. obs: 72542 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 15.3 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: CC-HP1.0 Resolution: 1.7→39.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 4.596 / SU ML: 0.072 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.09 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.11 Å2 / Biso mean: 33.738 Å2 / Biso min: 19.34 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→39.16 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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