[日本語] English
万見
- PDB-8bcs: X-ray crystal structure of a de novo designed helix-loop-helix ho... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bcs
タイトルX-ray crystal structure of a de novo designed helix-loop-helix homodimer in an anti arrangement, CC-HP1.0
要素CC-HP1.0
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled coil / 4-helix bundle / de novo protein design / helix-loop-helix dimer
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Edgell, C.L. / Mylemans, B. / Naudin, E.A. / Smith, A.J. / Savery, N.J. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S002820/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V006231/1 英国
Max Planck Bristol Centre for Minimal Biology - University of Bristol 英国
引用ジャーナル: Acs Synth Biol / 年: 2023
タイトル: Design and Selection of Heterodimerizing Helical Hairpins for Synthetic Biology.
著者: Smith, A.J. / Naudin, E.A. / Edgell, C.L. / Baker, E.G. / Mylemans, B. / FitzPatrick, L. / Herman, A. / Rice, H.M. / Andrews, D.M. / Tigue, N. / Woolfson, D.N. / Savery, N.J.
履歴
登録2022年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CC-HP1.0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3342
ポリマ－5,2751
非ポリマー591
水00
1
A: CC-HP1.0
ヘテロ分子

A: CC-HP1.0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6694
ポリマ－10,5512
非ポリマー1182
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area5340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.438, 36.438, 59.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 CC-HP1.0


分子量: 5275.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate, 30% w/v PEG 8000, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→31.56 Å / Num. obs: 3400 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 53.42 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.99-2.028.71.11610.61.81397.6
5.39-31.5670.920410.024

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q5S

6q5s


解像度: 2.1→31.56 Å / SU ML: 0.2354 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.8234
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 152 5.25 %
Rwork0.2375 2743 -
obs0.2396 2895 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数326 0 4 0 330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9875449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5999108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.260.3856280.3346531X-RAY DIFFRACTION99.82
2.26-2.490.4511210.3389549X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.850.4161390.3457520X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.590.3544300.2663550X-RAY DIFFRACTION100
3.59-31.560.18340.1943593X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.23793364477 Å / Origin y: -7.9972962818 Å / Origin z: 4.18976254378 Å
111213212223313233
T0.483465133024 Å2-0.0374709756727 Å20.033723910567 Å2-0.619154983932 Å20.0079117833747 Å2--0.391603565579 Å2
L7.76725937758 °2-1.61007906951 °2-2.6977934456 °2-8.10963136919 °22.20682987521 °2--5.50614022277 °2
S-0.0923535218427 Å °-1.09556059213 Å °-0.273632042493 Å °0.401727018083 Å °0.549688727755 Å °0.514127401144 Å °-0.335092846466 Å °1.17658978658 Å °-0.4838582918 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resid 1 through 49 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る