PDB-8bc7: Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bc7

タイトル

Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex an aminoglutarimide degron peptide

要素

Cereblon isoform 4
PHE-PHE-GLU-GLN-MET-GLN-QCI

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Protein Damage / Protein Ageing / Protein Chain Break / Aminoglutarimide

機能・相同性

CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / S-Thalidomide / Cereblon isoform 4

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.719 Å

データ登録者

Heim, C. / Albrecht, R. / Spring, A.K. / Hartmann, M.D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Identification and structural basis of C-terminal cyclic imides as natural degrons for cereblon.
著者: Heim, C. / Spring, A.K. / Kirchgassner, S. / Schwarzer, D. / Hartmann, M.D.

履歴

登録	2022年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bc7.cif.gz	135.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bc7.ent.gz	101.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bc7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bc7_validation.pdf.gz	722 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bc7_full_validation.pdf.gz	726.1 KB	表示
XML形式データ	8bc7_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	8bc7_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bc7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bc6C 4v2yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cereblon isoform 4

B: Cereblon isoform 4

C: Cereblon isoform 4

D: PHE-PHE-GLU-GLN-MET-GLN-QCI

ヘテロ分子

42.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cereblon isoform 4

D: PHE-PHE-GLU-GLN-MET-GLN-QCI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.606, 59.450, 89.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	B
6	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	PRO	PRO	A	A	20 - 122	20 - 122
2	1	1	SER	SER	PRO	PRO	B	B	20 - 122	20 - 122
3	2	2	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	18 - 123	18 - 123
4	2	2	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	18 - 123	18 - 123
5	3	3	SER	SER	ALA	ALA	B	B	20 - 123	20 - 123
6	3	3	SER	SER	ALA	ALA	C	C	20 - 123	20 - 123

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Cereblon isoform 4 分子量: 13632.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: タンパク質・ペプチド	PHE-PHE-GLU-GLN-MET-GLN-QCI 分子量: 1068.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The last residue is a cyclized glutamine, called aminoglutarimide 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-EF2 / S-Thalidomide / (S)-サリドマイド分子量: 258.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀N₂O₄ / コメント: 薬剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.719→49.446 Å / Num. obs: 32675 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.05 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.72→1.82 Å / 冗長度: 13.54 % / R_merge(I) obs: 1.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 5210 / CC_1/2: 0.632 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4V2Y

4v2y

解像度: 1.719→49.446 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 6.199 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2111	1633	4.998 %
R_work	0.1743	31042	-
all	0.176	-	-
obs	-	32675	99.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.172 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.695 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.396 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.701 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.719→49.446 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2426	0	41	94	2561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.76	1.625	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.458	1.578	5199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.055	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.414	19.93	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.195	15	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.528	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.102	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.387	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.789	2.466	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.785	2.467	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.623	3.676	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.623	3.676	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.784	2.859	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.782	2.858	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.34	4.168	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.339	4.167	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.249	28.598	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.24	28.474	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.125	0.05	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.141	0.05	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.143	0.05	2423

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12475	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12475	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14148	0.05007
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14148	0.05007
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14291	0.05007
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14291	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.719-1.764	0.351	119	0.369	2260	0.368	2384	0.492	0.44	99.7903	0.359
1.764-1.812	0.301	111	0.309	2216	0.309	2327	0.745	0.736	100	0.289
1.812-1.865	0.282	116	0.261	2136	0.262	2252	0.795	0.825	100	0.236
1.865-1.922	0.249	108	0.23	2079	0.231	2187	0.884	0.887	100	0.198
1.922-1.985	0.227	111	0.195	2012	0.196	2123	0.92	0.922	100	0.164
1.985-2.054	0.201	102	0.168	1978	0.17	2080	0.943	0.945	100	0.141
2.054-2.132	0.193	102	0.162	1878	0.164	1980	0.943	0.954	100	0.138
2.132-2.219	0.214	92	0.157	1818	0.16	1910	0.949	0.957	100	0.133
2.219-2.317	0.204	91	0.148	1743	0.15	1834	0.946	0.962	100	0.129
2.317-2.43	0.2	87	0.15	1683	0.153	1770	0.951	0.961	100	0.132
2.43-2.561	0.189	85	0.156	1618	0.158	1703	0.959	0.964	100	0.138
2.561-2.716	0.173	84	0.161	1504	0.161	1588	0.956	0.962	100	0.146
2.716-2.903	0.192	74	0.161	1422	0.162	1496	0.96	0.962	100	0.154
2.903-3.135	0.247	68	0.165	1358	0.169	1426	0.939	0.958	100	0.163
3.135-3.433	0.209	67	0.161	1229	0.163	1296	0.952	0.962	100	0.167
3.433-3.835	0.195	60	0.164	1126	0.165	1186	0.953	0.964	100	0.181
3.835-4.424	0.154	54	0.144	1008	0.144	1062	0.97	0.974	100	0.168
4.424-5.408	0.218	42	0.157	866	0.159	908	0.967	0.974	100	0.191
5.408-7.602	0.261	38	0.226	690	0.228	728	0.956	0.953	100	0.264
7.602-49.446	0.269	22	0.221	418	0.223	440	0.943	0.959	100	0.282

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3238	-0.0723	0.6864	2.5686	1.3918	4.5002	0.06	0.0659	-0.2782	-0.0511	-0.036	0.1656	0.224	0.0274	-0.024	0.0327	0.0224	-0.0239	0.0753	-0.0246	0.0527	19.0461	17.6601	2.6101
2	3.1129	-1.1718	0.436	3.4346	-0.6561	2.4965	0.0253	-0.037	-0.0426	-0.0228	0.0351	0.0303	0.0162	0.0631	-0.0604	0.0212	-0.0099	0.0065	0.0349	-0.0022	0.0044	32.0231	7.4183	23.9835
3	3.8352	2.2015	1.3638	4.2176	0.7303	3.6325	0.056	-0.2385	-0.1449	0.051	0.0345	0.6484	0.3089	-0.76	-0.0904	0.1794	-0.0357	0.0352	0.4149	0.0509	0.2496	28.4794	-5.8924	-6.707
4	1.1884	3.1649	0.8068	8.5148	2.1753	0.5602	0.0431	-0.0602	0.1239	0.1282	-0.0903	0.1949	0.0017	-0.0081	0.0473	0.266	-0.0126	-0.0179	0.2436	-0.0177	0.2775	27.3557	19.3146	30.7708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	16 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	201
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	20 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	2		B	201
5	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	18 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	201
7	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	2 - 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)