PDB-8bc6: Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bc6

タイトル

Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex an aspartimide degron peptide

要素

Cereblon isoform 4
GLN-MET-GLN-SNN

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Protein Damage / Protein Ageing / Protein Chain Break / Aspartimide

機能・相同性

CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / PHOSPHATE ION / Cereblon isoform 4

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Heim, C. / Hartmann, M.D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Identification and structural basis of C-terminal cyclic imides as natural degrons for cereblon.
著者: Heim, C. / Spring, A.K. / Kirchgassner, S. / Schwarzer, D. / Hartmann, M.D.

履歴

登録	2022年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bc6.cif.gz	131.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bc6.ent.gz	101.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bc6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bc7C 4v2yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cereblon isoform 4

B: Cereblon isoform 4

C: Cereblon isoform 4

D: GLN-MET-GLN-SNN

E: GLN-MET-GLN-SNN

ヘテロ分子

42.6 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Cereblon isoform 4

D: GLN-MET-GLN-SNN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
14.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cereblon isoform 4

E: GLN-MET-GLN-SNN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.966, 59.015, 88.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cereblon isoform 4 分子量: 13632.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: タンパク質・ペプチド	GLN-MET-GLN-SNN 分子量: 501.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: The last residue is a cyclized asparagine, which is called aminosuccinimide, or more commonly aspartimide 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.718→37.23 Å / Num. obs: 32513 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.73 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.72→1.82 Å / 冗長度: 12.46 % / R_merge(I) obs: 1.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 5140 / CC_1/2: 0.632 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4V2Y

4v2y

解像度: 1.72→37.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 5.727 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22261	1635	5 %	RANDOM
R_work	0.19459	-	-	-
obs	0.196	30878	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.93 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.72→37.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2221	0	44	116	2381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.753	1.637	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.405	1.59	4817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.351	5	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.504	20.08	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.102	15	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.929	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.663	2.257	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.662	2.256	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.485	3.362	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.484	3.363	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.439	2.613	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.438	2.613	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.74	3.822	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.625	26.891	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.623	26.675	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3078 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.72→1.763 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	131	-
R_work	0.396	2187	-
obs	-	-	98.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8381	0.2158	1.1704	2.6627	1.6392	5.3729	0.0286	0.0459	-0.3012	-0.0077	-0.0492	0.1406	0.2183	-0.0453	0.0206	0.0128	0.0059	-0.0037	0.0462	-0.0254	0.0491	19.1557	17.4465	2.6236
2	3.4727	-2.1659	-0.0581	3.9002	-0.4521	3.818	0.0711	-0.0866	-0.0354	-0.1113	-0.0414	-0.1281	-0.0518	0.1574	-0.0296	0.0371	-0.0197	0.0117	0.0239	0.0024	0.0134	32.2061	7.2222	23.6474
3	6.792	0.8633	3.7361	1.9144	1.4163	3.2864	0.1246	-0.576	-0.3072	-0.1264	-0.0246	0.3869	0.1809	-0.7234	-0.0999	0.1906	-0.0699	-0.0216	0.4358	0.0816	0.2399	30.1094	-2.3696	-8.408
4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.1416	0	0	0.1416	0	0.1416	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 153
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	19 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	18 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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