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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bc6 | |||||||||
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タイトル | Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex an aspartimide degron peptide | |||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Protein Damage / Protein Ageing / Protein Chain Break / Aspartimide | |||||||||
機能・相同性 | CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / PHOSPHATE ION / Cereblon isoform 4 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Heim, C. / Hartmann, M.D. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022 タイトル: Identification and structural basis of C-terminal cyclic imides as natural degrons for cereblon. 著者: Heim, C. / Spring, A.K. / Kirchgassner, S. / Schwarzer, D. / Hartmann, M.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bc6.cif.gz | 133.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bc6.ent.gz | 101.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bc6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bc6_validation.pdf.gz | 474.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bc6_full_validation.pdf.gz | 480.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8bc6_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bc6_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bc6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8bc7C 4v2yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13632.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 501.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: The last residue is a cyclized asparagine, which is called aminosuccinimide, or more commonly aspartimide 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.718→37.23 Å / Num. obs: 32513 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.73 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.82 Å / 冗長度: 12.46 % / Rmerge(I) obs: 1.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 5140 / CC1/2: 0.632 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4V2Y 解像度: 1.72→37.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.727 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.924 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.72→37.23 Å
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拘束条件 |
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