PDB-8bbz: Crystal Structure of SilF (apo form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bbz

タイトル

Crystal Structure of SilF (apo form)

要素

SilF

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Silver / Copper / Metallochaperone / chaperone.

機能・相同性

Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF superfamily / metal ion binding / SilF

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lithgo, R.M. / Carr, S.B. / Quigley, A.M. / Scott, D.J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: The adaptability of the ion-binding site by the Ag(I)/Cu(I) periplasmic chaperone SilF.
著者: Lithgo, R.M. / Hanzevacki, M. / Harris, G. / Kamps, J.J.A.G. / Holden, E. / Gianga, T.M. / Benesch, J.L.P. / Jager, C.M. / Croft, A.K. / Hussain, R. / Hobman, J.L. / Orville, A.M. / Quigley, ...

履歴

登録	2022年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bbz.cif.gz	61.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bbz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bbz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/8bbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/8bbz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vb2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: SilF

CCC: SilF

BBB: SilF

ヘテロ分子

38.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: SilF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: SilF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

BBB: SilF

登録者が定義した集合体
12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.470, 109.470, 84.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	SilF / CusF family cation efflux system protein 分子量: 12743.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A482M8M0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.01 M Zinc sulphate heptahydrate, 0.1 M MES pH 6.5, 25% v/v PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→47.402 Å / Num. obs: 15531 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 36.9 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 1502 / CC_1/2: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VB2

2vb2

解像度: 2.2→47.402 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.269 / WR_factor R_work: 0.223 / Average fsc free: 0.8993 / Average fsc work: 0.9143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.204 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2596	802	5.164 %
R_work	0.2147	14729	-
all	0.217	-	-
obs	-	15531	98.898 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.013 Å²	-0.007 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.013 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.043 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.402 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1782	0	2	10	1794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.558	1.619	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.336	1.585	4110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.785	5	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.225	24.25	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.123	15	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.994	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.151	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	839
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.418	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.27	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.088	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.26	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.314	4.934	942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.313	4.929	941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.079	7.381	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.077	7.388	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.01	5.541	879
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.007	5.547	880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.083	8.057	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.079	8.064	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.552	57.888	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.553	57.882	1805

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.341	55	0.286	1053	0.289	1128	0.84	0.854	98.227	0.255
2.257-2.319	0.241	65	0.266	1016	0.264	1099	0.865	0.883	98.3621	0.235
2.319-2.386	0.289	55	0.262	1008	0.264	1081	0.875	0.892	98.3349	0.226
2.386-2.459	0.269	59	0.242	962	0.244	1037	0.878	0.906	98.4571	0.207
2.459-2.539	0.288	43	0.259	957	0.26	1016	0.893	0.894	98.4252	0.22
2.539-2.628	0.384	51	0.269	915	0.275	980	0.835	0.877	98.5714	0.231
2.628-2.727	0.277	45	0.248	906	0.25	966	0.9	0.905	98.4472	0.221
2.727-2.838	0.27	38	0.234	861	0.236	909	0.906	0.926	98.8999	0.209
2.838-2.964	0.232	48	0.219	833	0.22	888	0.932	0.931	99.2117	0.2
2.964-3.108	0.259	54	0.224	784	0.226	844	0.917	0.928	99.2891	0.21
3.108-3.275	0.226	39	0.223	751	0.223	799	0.929	0.929	98.8736	0.217
3.275-3.473	0.248	44	0.227	721	0.228	769	0.928	0.931	99.4798	0.226
3.473-3.711	0.269	35	0.201	684	0.205	726	0.929	0.945	99.0358	0.207
3.711-4.006	0.264	34	0.184	648	0.188	684	0.927	0.949	99.7076	0.197
4.006-4.386	0.206	39	0.171	595	0.173	637	0.962	0.963	99.529	0.197
4.386-4.898	0.213	27	0.17	540	0.172	570	0.954	0.955	99.4737	0.205
4.898-5.646	0.296	20	0.206	503	0.209	523	0.917	0.941	100	0.247
5.646-6.89	0.29	21	0.258	426	0.26	447	0.905	0.912	100	0.303
6.89-9.643	0.186	21	0.178	339	0.179	361	0.956	0.958	99.723	0.225
9.643-47.402	0.56	9	0.248	227	0.257	237	0.769	0.944	99.5781	0.333

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)