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万見
- PDB-8bbm: DNA binding domain of J-DNA Binding Protein 1 (JBP1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bbm
タイトルDNA binding domain of J-DNA Binding Protein 1 (JBP1)
要素Thymine dioxygenase JBP1
キーワードOXIDOREDUCTASE / J-DNA binding protein / JBP1
機能・相同性
機能・相同性情報


thymine dioxygenase / thymine dioxygenase activity / base J metabolic process / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thymine dioxygenase JBP1, DNA-binding domain / JBP1, DNA-binding domain superfamily / Thymine dioxygenase JBP1 DNA-binding domain / 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Thymine dioxygenase JBP1
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania tarentolae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者de Vries, I. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)714.014.002 オランダ
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: Distant sequence regions of JBP1 contribute to J-DNA binding.
著者: de Vries, I. / Ammerlaan, D. / Heidebrecht, T. / Celie, P.H. / Geerke, D.P. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.
履歴
登録2022年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymine dioxygenase JBP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5371
ポリマ－20,5371
非ポリマー00
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)68.286, 68.286, 185.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Thymine dioxygenase JBP1 / J-binding protein 1 / Thymidine hydroxylase JBP1


分子量: 20537.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leishmania tarentolae (真核生物) / 遺伝子: JBP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6M1, thymine dioxygenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15-17% Peg 6000, 0.1M Sodium iodide or 15-17% Peg, 0.2M potassium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→29.6 Å / Num. obs: 19605 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.4 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 53016 / Rrim(I) all: 5.033

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB-REDO精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XSE

2xse


解像度: 1.95→29.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.198 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25194 1017 5.2 %RANDOM
Rwork0.20204 ---
obs0.20453 18522 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.275 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20.39 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----2.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1400 0 0 114 1514
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0181476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6211.8831985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1422.8163275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.095179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1123.85770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89515257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8941511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.133.765704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1193.762703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2275.62887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2275.624888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7624.102772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7594.103772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3796.0081098
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.39370.9646168
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.34570.6596091
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 72 -
Rwork0.34 1317 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.723 Å / Origin y: 21.3697 Å / Origin z: -1.5216 Å
111213212223313233
T0.1172 Å2-0.0284 Å20.0447 Å2-0.0505 Å2-0.0179 Å2--0.0234 Å2
L2.3929 °2-0.1206 °2-1.5178 °2-1.157 °20.9657 °2--4.1488 °2
S0.1769 Å °-0.0494 Å °0.0653 Å °-0.1117 Å °0.0033 Å °0.0223 Å °-0.3954 Å °0.2956 Å °-0.1801 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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