PDB-8baj: Structure of the FK1 domain of the FKBP51 G64S variant in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8baj

タイトル

Structure of the FK1 domain of the FKBP51 G64S variant in complex with (1S,5S,6R)-10-((3,5-dichlorophenyl)sulfonyl)-5-(hydroxymethyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / Isomerase Inhibitor Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Meyners, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Binding pocket stabilization by high-throughput screening of yeast display libraries.
著者: Lerma Romero, J.A. / Meyners, C. / Christmann, A. / Reinbold, L.M. / Charalampidou, A. / Hausch, F. / Kolmar, H.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8baj.cif.gz	149.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8baj.ent.gz	88.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8baj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8baj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8baj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r0lC 8ba6C 5obkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (5)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.856, 54.242, 56.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / 51 kDa FKBP / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor- ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / 51 kDa FKBP / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14034.053 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T C103A C107I G64S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-9QN / (1~{S},5~{S},6~{R})-10-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonyl-5-(hydroxymethyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one 分子量: 484.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃Cl₂N₃O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 40% PEG3350 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5 0.2M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→40.86 Å / Num. obs: 39512 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.57-40.86	6	0.126	304	0.987	0.071	0.145
1.2-1.22	6.8	1.362	1859	0.559	0.824	1.597

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OBK

5obk

解像度: 1.2→39.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.064 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2096	1941	4.918 %
R_work	0.1751	37523	-
all	0.177	-	-
obs	-	39464	98.086 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.269 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.963 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.889 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.074 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→39.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	940	0	31	156	1127

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.713	1.69	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.591	1.615	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.237	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.639	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.238	10	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.899	10	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.286	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.036	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.229	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.781	1.287	520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.782	1.287	519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.17	1.939	650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.168	1.939	651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.392	1.557	490
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.389	1.558	491
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.769	2.212	722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.768	2.213	723
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.626	27.746	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.183	21.87	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.658	3	1942

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.328	129	0.296	2687	0.297	2950	0.934	0.952	95.4576	0.295
1.231-1.265	0.308	123	0.274	2604	0.276	2837	0.938	0.957	96.1227	0.273
1.265-1.302	0.275	153	0.257	2548	0.258	2781	0.945	0.963	97.1233	0.253
1.302-1.342	0.273	139	0.244	2479	0.245	2695	0.947	0.966	97.1429	0.237
1.342-1.385	0.247	128	0.206	2438	0.208	2635	0.957	0.977	97.3814	0.197
1.385-1.434	0.22	116	0.185	2371	0.187	2531	0.976	0.981	98.2616	0.175
1.434-1.488	0.202	137	0.159	2281	0.161	2465	0.977	0.987	98.0933	0.147
1.488-1.549	0.215	112	0.158	2200	0.16	2366	0.973	0.987	97.7177	0.145
1.549-1.618	0.226	102	0.14	2128	0.143	2261	0.973	0.989	98.6289	0.13
1.618-1.696	0.184	115	0.132	2039	0.135	2184	0.98	0.991	98.6264	0.124
1.696-1.788	0.182	73	0.134	1976	0.136	2075	0.979	0.99	98.747	0.13
1.788-1.896	0.177	72	0.118	1877	0.12	1963	0.984	0.992	99.2868	0.119
1.896-2.027	0.185	112	0.125	1722	0.128	1854	0.983	0.991	98.9212	0.132
2.027-2.189	0.175	88	0.129	1652	0.131	1750	0.983	0.99	99.4286	0.138
2.189-2.397	0.16	102	0.143	1484	0.145	1593	0.983	0.987	99.5606	0.163
2.397-2.678	0.255	55	0.171	1397	0.173	1455	0.955	0.983	99.7938	0.203
2.678-3.09	0.196	70	0.179	1220	0.18	1294	0.974	0.98	99.6909	0.223
3.09-3.779	0.222	58	0.197	1068	0.198	1127	0.972	0.978	99.9113	0.249
3.779-5.32	0.191	35	0.179	842	0.179	877	0.974	0.981	100	0.231
5.32-39.28	0.245	22	0.259	510	0.259	541	0.951	0.953	98.3364	0.367

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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