PDB-7r0l: Structure of the FK1 domain of the FKBP51 G64S variant in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r0l

タイトル

Structure of the FK1 domain of the FKBP51 G64S variant in complex with SAFit1

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) / Isomerase Inhibitor Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels /

heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling /

プロリルイソメラーゼ /

peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium /

フォールディング ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Meyners, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Binding pocket stabilization by high-throughput screening of yeast display libraries.
著者: Lerma Romero, J.A. / Meyners, C. / Christmann, A. / Reinbold, L.M. / Charalampidou, A. / Hausch, F. / Kolmar, H.

履歴

登録	2022年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r0l.cif.gz	118.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r0l.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/7r0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/7r0l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ba6C 8bajC 4tw6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.106, 48.592, 57.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / 51 kDa FKBP / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor- ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / 51 kDa FKBP / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14034.053 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T G64S C103A C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, プロリルイソメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-GY1 / 2-[3-[(1~{R})-1-[(2~{S})-1-[(2~{S})-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidin-2-yl]carbonyloxy-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl]phenoxy]ethanoic acid 分子量: 747.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₅₃NO₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12% PEG3350, 0.2 M NH4-acetate and HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→45.11 Å / Num. obs: 51727 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.02-45.11	5.9	0.023	385	0.999	0.014	0.027
1.1-1.12	6.1	1.316	2513	0.683	0.869	1.584

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TW6

4tw6

解像度: 1.1→37.003 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / WR_factor R_free: 0.16 / WR_factor R_work: 0.136 / SU B: 1.297 / SU ML: 0.026 / Average fsc free: 0.9188 / Average fsc work: 0.9263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1706	2517	4.872 %
R_work	0.1431	49145	-
all	0.144	-	-
obs	-	51662	99.861 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.762 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.76 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.874 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.114 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→37.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	961	0	81	145	1187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.149	1.715	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.792	1.672	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.423	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.009	23.659	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.055	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.503	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.381	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	990
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.123	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.266	1.389	533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.268	1.389	532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.401	2.092	668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.4	2.091	669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.673	1.632	566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.667	1.632	567
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.643	2.346	816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.64	2.346	817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.438	18.887	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.091	18.283	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	10.512	3	2137

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.1-1.129	0.294	190	0.279	3592	0.28	3803	0.78	0.778	99.4478	0.276
1.129-1.159	0.246	195	0.25	3461	0.25	3663	0.815	0.829	99.8089	0.239
1.159-1.193	0.29	164	0.23	3402	0.232	3568	0.805	0.847	99.9439	0.215
1.193-1.23	0.22	152	0.208	3307	0.209	3464	0.884	0.889	99.8557	0.188
1.23-1.27	0.209	161	0.184	3217	0.185	3379	0.914	0.918	99.9704	0.165
1.27-1.315	0.207	168	0.173	3098	0.175	3272	0.921	0.925	99.8166	0.151
1.315-1.364	0.181	149	0.158	3026	0.159	3178	0.942	0.943	99.9056	0.137
1.364-1.42	0.189	140	0.142	2864	0.144	3005	0.95	0.953	99.9667	0.12
1.42-1.483	0.177	131	0.126	2817	0.128	2949	0.954	0.96	99.9661	0.106
1.483-1.555	0.14	143	0.107	2660	0.109	2806	0.972	0.974	99.8931	0.091
1.555-1.639	0.15	132	0.093	2511	0.096	2645	0.972	0.981	99.9244	0.08
1.639-1.738	0.159	116	0.098	2439	0.1	2558	0.971	0.98	99.8827	0.085
1.738-1.858	0.137	142	0.091	2222	0.093	2364	0.978	0.985	100	0.082
1.858-2.006	0.136	128	0.098	2101	0.1	2230	0.977	0.984	99.9552	0.091
2.006-2.197	0.139	88	0.107	1974	0.108	2066	0.98	0.984	99.8064	0.103
2.197-2.455	0.137	99	0.114	1767	0.116	1872	0.976	0.981	99.6795	0.112
2.455-2.833	0.165	78	0.136	1595	0.137	1674	0.969	0.973	99.9403	0.138
2.833-3.465	0.183	61	0.146	1373	0.148	1434	0.97	0.973	100	0.154
3.465-4.879	0.164	49	0.143	1077	0.144	1129	0.972	0.978	99.7343	0.165
4.879-37.003	0.174	31	0.229	642	0.226	674	0.961	0.957	99.8516	0.265

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)