PDB-8ba6: Structure of the FK1 domain of the FKBP51 G64S variant in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ba6

タイトル

Structure of the FK1 domain of the FKBP51 G64S variant in complex with (2R,5S,12R)-12-cyclohexyl-2-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl]-15,15,16-trimethyl-3,19-dioxa-10,13,16-triazatricyclo[18.3.1.0^5,^10]tetracosa-1(24),20,22-triene-4,11,14,17-tetrone

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / Isomerase Inhibitor Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Meyners, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Binding pocket stabilization by high-throughput screening of yeast display libraries.
著者: Lerma Romero, J.A. / Meyners, C. / Christmann, A. / Reinbold, L.M. / Charalampidou, A. / Hausch, F. / Kolmar, H.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ba6.cif.gz	167.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ba6.ent.gz	100.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ba6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8ba6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8ba6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r0lC 8bajC 7awfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.575, 50.420, 59.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / 51 kDa FKBP / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor- ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / 51 kDa FKBP / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14034.053 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T C103A C107I G64S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-S8N / (2~{R},5~{S},12~{R})-12-cyclohexyl-2-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl]-15,15,16-trimethyl-3,19-dioxa-10,13,16-triazatricyclo[18.3.1.0^{5,10}]tetracosa-1(24),20,22-triene-4,11,14,17-tetrone 分子量: 677.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₅₁N₃O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG3350 0.2M ammonium acetate 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→38.35 Å / Num. obs: 50803 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.02-38.35	5.9	0.018	386	0.999	0.011	0.021
1.1-1.12	6.7	0.781	2340	0.745	0.483	0.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AWF

7awf

解像度: 1.1→29.554 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 1.376 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1604	2537	4.998 %
R_work	0.1397	48219	-
all	0.141	-	-
obs	-	50756	94.784 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.398 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.71 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.688 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→29.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	975	0	49	221	1245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.77	1.708	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.013	1.662	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.955	5	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.353	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.984	10	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.351	10	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.181	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.263	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.259	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.276	1.139	559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.276	1.139	559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.563	1.691	711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.561	1.691	712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.221	1.366	571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.217	1.365	572
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.248	1.932	827
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.245	1.932	828
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.503	28.438	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.561	23.779	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	14.333	3	2194

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.1-1.129	0.235	173	0.209	3339	0.21	3910	0.959	0.976	89.821	0.199
1.129-1.159	0.201	155	0.186	3345	0.187	3806	0.97	0.981	91.9601	0.172
1.159-1.193	0.17	169	0.164	3252	0.164	3697	0.985	0.986	92.5345	0.148
1.193-1.23	0.185	164	0.178	3161	0.178	3613	0.977	0.98	92.0288	0.16
1.23-1.27	0.174	161	0.156	3123	0.157	3494	0.985	0.987	93.9897	0.138
1.27-1.314	0.159	157	0.143	3027	0.144	3379	0.98	0.989	94.2291	0.125
1.314-1.364	0.176	135	0.14	2972	0.141	3273	0.977	0.989	94.9282	0.121
1.364-1.419	0.164	161	0.131	2834	0.133	3127	0.983	0.99	95.7787	0.115
1.419-1.482	0.167	130	0.129	2744	0.131	3035	0.982	0.989	94.6952	0.112
1.482-1.555	0.139	132	0.103	2644	0.105	2901	0.987	0.994	95.6911	0.089
1.555-1.638	0.146	128	0.104	2545	0.106	2752	0.989	0.994	97.1294	0.091
1.638-1.737	0.153	146	0.114	2405	0.117	2635	0.986	0.992	96.8121	0.102
1.737-1.857	0.155	107	0.113	2298	0.115	2453	0.983	0.992	98.0432	0.103
1.857-2.005	0.151	115	0.12	2118	0.122	2304	0.987	0.992	96.9184	0.112
2.005-2.195	0.148	117	0.126	1915	0.127	2137	0.989	0.991	95.0866	0.12
2.195-2.453	0.169	132	0.126	1775	0.129	1941	0.983	0.99	98.2483	0.122
2.453-2.829	0.135	85	0.139	1612	0.139	1721	0.987	0.987	98.6055	0.137
2.829-3.457	0.168	79	0.152	1375	0.153	1482	0.981	0.986	98.1107	0.158
3.457-4.856	0.127	57	0.138	1071	0.138	1181	0.992	0.989	95.5123	0.151
4.856-29.554	0.241	34	0.21	664	0.211	705	0.961	0.975	99.0071	0.225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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