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万見
- PDB-8ba1: CTD12-CTD12 heterodimer from CPSF73 and CPSF100 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ba1
タイトルCTD12-CTD12 heterodimer from CPSF73 and CPSF100
要素
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Cleavage and polyadenylation specificity factor
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / 5'-3' RNA exonuclease activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / RNA endonuclease activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain ...Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 / Endoribonuclease YSH1
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Thore, S. / Mackereth, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Open Biology / 年: 2023
タイトル: Molecular details of the CPSF73-CPSF100 C-terminal heterodimer and interaction with Symplekin.
著者: Thore, S. / Raoelijaona, F. / Talenton, V. / Fribourg, S. / Mackereth, C.D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Molecular details of the CPSF73-CPSF100 C-terminal heterodimer and interaction with Symplekin
著者: Thore, S. / Raoelijaona, F. / Talenton, V. / Fribourg, S. / Mackereth, C.
履歴
登録2022年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
B: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3502
ポリマ－26,3502
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, heterodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4130 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12920 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3


分子量: 13521.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 遺伝子: ECU10_0900 / プラスミド: pET-MCN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): lysY / 参照: UniProt: Q8SUE4
#2: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 100 kDa subunit


分子量: 12828.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
遺伝子: ECU05_0390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): lysY / 参照: UniProt: M1JIZ1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-1H NOESY
122isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
133isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
144isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
155isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1458 uM CPSF73, 458 uM CPSF100, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 100% D2Ounlabelled D2O100% D2O
solution2625 uM [13C-Ile; U-15N] CPSF73, 625 uM [13C-Ile; U-15N] CPSF100, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O13C-Ile90% H2O/10% D2O
solution3694 uM [13C-Val/Leu, U-15N] CPSF73, 694 uM [13C-Val/Leu, U-15N] CPSF100, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O13C-Val/Leu90% H2O/10% D2O
solution4230 uM [U-13C; U-15N] CPSF73, 230 uM [U-13C; U-15N] CPSF100, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O13C,15N90% H2O/10% D2O
solution5880 uM [U-13C; U-15N] CPSF73, 880 uM [U-13C; U-15N] CPSF100, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
458 uMCPSF73natural abundance1
458 uMCPSF100natural abundance1
20 mMTRISnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
625 uMCPSF73[13C-Ile; U-15N]2
625 uMCPSF100[13C-Ile; U-15N]2
20 mMTRISnatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMDTTnatural abundance2
694 uMCPSF73[13C-Val/Leu, U-15N]3
694 uMCPSF100[13C-Val/Leu, U-15N]3
20 mMTRISnatural abundance3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
2 mMDTTnatural abundance3
230 uMCPSF73[U-13C; U-15N]4
230 uMCPSF100[U-13C; U-15N]4
20 mMTRISnatural abundance4
150 mMsodium chloridenatural abundance4
2 mMDTTnatural abundance4
880 uMCPSF73[U-13C; U-15N]5
880 uMCPSF100[U-13C; U-15N]5
20 mMTRISnatural abundance5
150 mMsodium chloridenatural abundance5
2 mMDTTnatural abundance5
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 pH* / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin4Bruker Biospincollection
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
simulated annealing2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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