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万見
- PDB-8b7t: CPSF73 CTD3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b7t
タイトルCPSF73 CTD3
要素CPSF73
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Cleavage and polyadenylation specifity factor
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / 5'-3' RNA exonuclease activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / RNA endonuclease activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain ...Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Thore, S. / Mackereth, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Open Biology / 年: 2023
タイトル: Molecular details of the CPSF73-CPSF100 C-terminal heterodimer and interaction with Symplekin.
著者: Thore, S. / Raoelijaona, F. / Talenton, V. / Fribourg, S. / Mackereth, C.D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Molecular details of the CPSF73-CPSF100 C-terminal heterodimer and interaction with Symplekin
著者: Thore, S. / Raoelijaona, F. / Talenton, V. / Fribourg, S. / Mackereth, C.
履歴
登録2022年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CPSF73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4981
ポリマ－8,4981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Final C-terminal domain of E. cuniculi CPSF73, as defined by limited proteolysis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 CPSF73


分子量: 8497.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 遺伝子: ECU10_0900 / プラスミド: pET-MCN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): lysY / 参照: UniProt: Q8SUE4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic22D 1H-13C HSQC methyl
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic23D HNHA
1101isotropic23D HA(CACO)NH
1111isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic23D H(CCO)NH
1131isotropic23D H(CCO)NH
1141isotropic23D 1H-15N NOESY
1152isotropic23D 1H-13C NOESY
1163isotropic22D 1H-1H TOCSY
1173isotropic22D DQF-COSY
1183isotropic22D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1800 uM [U-13C; U-15N] CPSF73, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O13C15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution2800 uM [U-13C; U-15N] CPSF73, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 100% D2O13C15N_D2O100% D2O
solution3800 uM CPSF73, 20 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 100% D2Ounlabelled_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
800 uMCPSF73[U-13C; U-15N]1
20 mMTRISnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
800 uMCPSF73[U-13C; U-15N]2
20 mMTRISnatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMDTTnatural abundance2
800 uMCPSF73natural abundance3
20 mMTRISnatural abundance3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
2 mMDTTnatural abundance3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
simulated annealing2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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