PDB-8b97: N-terminal beta-trefoil lectin domain of the Laccaria bicolor lec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b97

タイトル

N-terminal beta-trefoil lectin domain of the Laccaria bicolor lectin in complex with N-acetyl-lactosamine

要素

Beta-trefoil domain of the LBL lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / atomic resolution / beta-trefoil / fruiting-body lectin / sugar-specificity

機能・相同性

Ricin B-like lectins / N-acetyl-alpha-lactosamine / Predicted protein

機能・相同性情報

生物種

Laccaria bicolor S238N-H53 (オオキツネタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.97 Å

データ登録者

Acebron, I. / Campanero-Rhodes, M.A. / Solis, D. / Menendez, M. / Garcia, C. / Lillo, M.P. / Mancheno, J.M.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Atomic crystal structure and sugar specificity of a beta-trefoil lectin domain from the ectomycorrhizal basidiomycete Laccaria bicolor.
著者: Acebron, I. / Campanero-Rhodes, M.A. / Solis, D. / Menendez, M. / Garcia, C. / Lillo, M.P. / Mancheno, J.M.

履歴

登録	2022年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b97.cif.gz	146.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b97.ent.gz	95.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8b97_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b97_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8b97_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	8b97_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/8b97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/8b97	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8b8fC 2y9fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-trefoil domain of the LBL lectin

ヘテロ分子

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.472, 61.026, 44.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-325- HOH
2	1	A-357- HOH

#1: タンパク質

Beta-trefoil domain of the LBL lectin

分子量: 16865.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Laccaria bicolor S238N-H53 (オオキツネタケ)
株: S238N-H82 / ATCC MYA-4686 / 遺伝子: LACBIDRAFT_318163 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0D650

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: N-acetyl-alpha-lactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, and 0.2 M ammonium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.97→44.55 Å / Num. obs: 82583 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 4.94 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 31.4
反射シェル	解像度: 0.97→1.02 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / Num. unique obs: 9744 / CC_1/2: 0.962 / CC star: 0.99 / R_pim(I) all: 0.071 / % possible all: 80.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2y9f

2y9f

解像度: 0.97→44.55 Å / SU ML: 0.0558 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.0035
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1524	4125	5 %
R_work	0.1405	78404	-
obs	0.1411	82529	96.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.97→44.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1183	0	130	235	1548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	1408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	1938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0801	228
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0143	240
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.047	179

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.97-0.98	0.2006	92	0.1729	1833	X-RAY DIFFRACTION	66.79
0.98-0.99	0.1664	120	0.1599	2062	X-RAY DIFFRACTION	74.8
0.99-1.01	0.1681	127	0.1583	2260	X-RAY DIFFRACTION	83.14
1.01-1.02	0.1538	157	0.1448	2455	X-RAY DIFFRACTION	89.39
1.02-1.03	0.151	147	0.1439	2576	X-RAY DIFFRACTION	93.64
1.03-1.05	0.1574	138	0.135	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
1.05-1.06	0.1324	164	0.13	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.06-1.08	0.1244	141	0.1299	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.08-1.1	0.1278	121	0.1248	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1-1.12	0.1275	149	0.1281	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
1.12-1.14	0.135	136	0.1228	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.14-1.16	0.1249	140	0.117	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.16-1.18	0.1489	139	0.1221	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.18-1.21	0.1115	154	0.1193	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.21-1.24	0.1187	146	0.1197	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.27	0.1187	150	0.1222	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.3	0.1364	152	0.1275	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.34	0.146	161	0.1256	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.38	0.153	128	0.129	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.43	0.1523	143	0.1348	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.49	0.1167	141	0.127	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.56	0.1253	156	0.1298	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.64	0.1479	138	0.1305	2818	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.64-1.74	0.1405	126	0.1352	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.88	0.1628	153	0.1362	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-2.07	0.1603	147	0.134	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.37	0.1765	156	0.1411	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.98	0.1826	137	0.1651	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-44.55	0.1796	166	0.1763	3011	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.02097423965	-2.78575017639	2.50764836106	6.99583517564	-0.0575601873797	7.33243285119	0.00244280630599	0.35494298759	-0.237354424834	-0.0899597129294	0.00708533569822	-0.357908094862	0.423168425777	0.473844044105	-0.0399622175993	0.0943718088369	-0.0131871350384	0.00949634461925	0.0553063645352	-0.0250421306537	0.089467422491	65.4146553284	-3.18363414677	49.455172229
2	4.26724310678	-3.13424356775	-0.17356737643	4.04068213113	1.68655517326	1.4991670661	0.110371325969	0.13340144211	-0.0930817347953	-0.240875674422	-0.0289317904082	-0.0235438453117	-0.0357133781637	0.045171066951	-0.0832875724487	0.049785826678	-0.00104745178579	0.00710961756466	0.0249785611461	-0.00101561512998	0.0374364074574	54.6019002937	4.23506970079	44.4946113505
3	2.21189546305	-0.493282298852	0.513792527534	1.47524446353	0.357828152455	2.5013624164	0.0215409997246	-0.162450465887	-0.102657391735	0.110555316776	0.0535331437933	0.0934054940977	0.0711543780882	-0.152212403709	-0.0642948949221	0.0249999572909	-0.0047180644411	0.00824728405152	0.0252390681853	0.00495539474426	0.0302358711564	55.1680763333	7.65486562379	59.9645938418
4	1.13618714509	-0.116599840318	-0.130933733406	1.37430178574	-0.475992591303	0.445189706406	9.11696591092E-5	-0.0501841219643	0.0701756499912	0.0647613619763	0.00779995457	0.00906253940255	-0.0624856705571	-0.0125283203262	0.0037301866005	0.021428062019	0.000526940320061	0.000812669527373	0.0165232867942	-0.00794717150262	0.0252115502304	55.1693338254	16.7898292341	56.012035732
5	1.86236788769	-0.671173160097	0.517602885001	2.36895133669	0.421297548552	0.483737672039	0.0039442314746	0.0491182790553	0.335447829764	-0.134964093305	-0.0449625064257	-0.102521601356	-0.146886100159	0.0252276551309	0.0114849790129	0.0540965081353	-0.00592609881032	0.00230797404441	0.0236564260022	-0.00199173143477	0.0665738233348	56.9837925863	24.1965122485	54.6923096042
6	0.809447319954	-0.0674127265108	0.375203850388	0.0767165837831	0.17125740951	1.77063158159	-0.0177958782213	-0.0439752711659	-0.0384342410625	0.0307143099522	-0.00172135330104	0.0526625380027	-0.0282883087307	-0.11936130437	-0.00274090431081	0.0192284529734	0.00266571134442	0.00991997107841	0.022497075214	-0.00624598404166	0.0322134335418	49.1727930035	15.2139396217	56.6094598675
7	0.168755830795	-0.0621771943043	0.13009074667	0.512136396414	-0.157563559414	0.424842588513	0.0231571903854	0.121741658188	-0.0589350119069	-0.103915310059	-0.0486702651446	-0.0434216032127	-0.0195971240789	0.0162027667394	-0.0308266143888	0.0304042632748	-0.0041632919319	0.0122477869152	0.0351105258469	-0.0103581234115	0.0393124334014	61.9984351028	7.70117542653	42.4597108503
8	4.10820165103	-1.86760767268	-1.30435757265	2.4789826063	1.00787992264	1.33319515569	-0.0868708986556	0.0237936998452	-0.0759202907203	-0.0574181194267	0.0706688099373	-0.187007855062	0.0962717703513	0.073930655624	0.0253460395617	0.0401307905318	-0.00362784060847	0.0123886123191	0.0375394052186	-0.00781584002292	0.052612053995	65.5020624392	6.59668822883	43.6824617904
9	2.16564112714	-0.662780998096	0.126665152145	1.23081982328	-0.675218199247	1.73627453522	0.0354000467824	0.131599370136	0.0365309869284	-0.0232783993664	-0.000326239487542	0.0858742740676	-0.040868127653	-0.0500094137924	-0.0236229846029	0.0184171400164	0.000767327661733	0.00275125427448	0.0141548177252	0.00320082612125	0.0327190424897	57.0653796529	17.7610583974	45.2786222622
10	0.0736138729618	-0.277525281365	-0.176284419013	1.29148703098	0.583995534674	1.42796685548	0.0807013854322	-0.0718272554872	0.0757389030753	0.317232985105	-0.128022630378	-0.433631792047	-0.283999161819	0.25958348727	-0.00923220484602	0.0924431309052	-0.0363901862941	-0.0293250566333	0.0522326356905	0.00728255971694	0.0748406800099	71.9551015808	19.0157863757	54.474289015
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18	1.53135013107	0.484993264742	-1.13813927734	0.968309310038	0.338442540146	2.2917997872	-0.0100178073638	-0.0749862508848	-0.195656676335	0.11793280991	0.00672504433776	-0.183114139238	0.168526770914	0.281873663983	0.00357828848002	0.0424355016646	0.00914618303904	-0.0217408205043	0.0678419527314	-0.00146031018372	0.060682200588	73.9155647664	7.97271651692	61.1698805931
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20	3.43324778817	0.361502542513	2.14319763519	1.30617467621	0.500410152565	3.13601573341	0.015066669174	-0.201622444825	0.160509878465	0.0437493483825	0.0359394127216	0.40249978495	0.166545680311	-0.33532786701	-0.0473843903538	0.0381443625981	-0.029847924273	-0.0321724508092	0.0475655730053	0.00691877390249	0.128334306	50.8987780776	3.95163754039	53.0261298927

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain A and resid 2:6)	2 - 6	1 - 5
2	2	(chain A and resid 7:13)	7 - 13	6 - 12
3	3	(chain A and resid 14:21)	14 - 21	13 - 20
4	4	(chain A and resid 22:27)	22 - 27	21 - 26
5	5	(chain A and resid 28:35)	28 - 35	27 - 34
6	6	(chain A and resid 36:46)	36 - 46	35 - 45
7	7	(chain A and resid 47:56)	47 - 56	46 - 55
8	8	(chain A and resid 57:64)	57 - 64	56 - 63
9	9	(chain A and resid 65:72)	65 - 72	64 - 71
10	10	(chain A and resid 73:82)	73 - 82	72 - 81
11	11	(chain A and resid 83:89)	83 - 89	82 - 88
12	12	(chain A and resid 90:94)	90 - 94	89 - 93
13	13	(chain A and resid 95:102)	95 - 102	94 - 101
14	14	(chain A and resid 103:108)	103 - 108	102 - 107
15	15	(chain A and resid 109:114)	109 - 114	108 - 113
16	16	(chain A and resid 115:123)	115 - 123	114 - 122
17	17	(chain A and resid 124:133)	124 - 133	123 - 132
18	18	(chain A and resid 134:140)	134 - 140	133 - 139
19	19	(chain A and resid 141:147)	141 - 147	140 - 146
20	20	(chain A and resid 148:152)	148 - 152	147 - 151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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