PDB-8b8f: Atomic structure of the beta-trefoil domain of the Laccaria bicol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b8f

タイトル

Atomic structure of the beta-trefoil domain of the Laccaria bicolor lectin LBL in complex with lactose

要素

N-terminal beta-trefoil domain of the lectin LBL from Laccaria bicolor

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-trefoil / Laccaria bicolor / lectin / polysaccharide / sugar-specificity at atomic resolution

機能・相同性

Ricin B-like lectins / beta-lactose / alpha-lactose / Predicted protein

機能・相同性情報

生物種

Laccaria bicolor S238N-H53 (オオキツネタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Acebron, I. / Campanero-Rhodes, M.A. / Solis, D. / Menendez, M. / Garcia, C. / Lillo, M.P. / Mancheno, J.M.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Atomic crystal structure and sugar specificity of a beta-trefoil lectin domain from the ectomycorrhizal basidiomycete Laccaria bicolor.
著者: Acebron, I. / Campanero-Rhodes, M.A. / Solis, D. / Menendez, M. / Garcia, C. / Lillo, M.P. / Mancheno, J.M.

履歴

登録	2022年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b8f.cif.gz	154.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b8f.ent.gz	101 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8b8f_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b8f_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8b8f_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	8b8f_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/8b8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/8b8f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8b97C 2y9fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (2) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (2) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-terminal beta-trefoil domain of the lectin LBL from Laccaria bicolor

ヘテロ分子

18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.530, 61.270, 44.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-334- HOH
2	1	A-378- HOH

#1: タンパク質

N-terminal beta-trefoil domain of the lectin LBL from Laccaria bicolor

分子量: 16865.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Laccaria bicolor S238N-H53 (オオキツネタケ)
株: S238N-H82 / ATCC MYA-4686 / 遺伝子: LACBIDRAFT_318163 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0D650

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, and 0.2 M ammonium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→15.2 Å / Num. obs: 79659 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 5.67 Å² / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R_pim(I) all: 0.044 / R_sym value: 0.123 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1→1.05 Å / Num. unique obs: 11493 / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R_pim(I) all: 0.044 / R_sym value: 0.123

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2y9f

2y9f

解像度: 1→15.2 Å / SU ML: 0.0801 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.3186
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1523	3995	5.02 %
R_work	0.1402	75605	-
obs	0.1408	79600	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→15.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1184	0	138	258	1580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	1473
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2686	2038
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0857	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0143	250
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.1446	193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1-1.01	0.2137	133	0.2126	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.01-1.02	0.195	125	0.1866	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.02-1.03	0.1965	150	0.1763	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.03-1.05	0.1762	147	0.1618	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.05-1.06	0.1519	126	0.1539	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.06-1.08	0.1732	136	0.1428	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.08-1.09	0.1451	137	0.1423	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.09-1.11	0.1533	144	0.1295	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.11-1.13	0.16	136	0.1397	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.13-1.15	0.1562	134	0.1302	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.15-1.17	0.1341	142	0.1358	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.17-1.19	0.1414	132	0.1348	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.19-1.21	0.1254	121	0.1282	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.21-1.24	0.1358	137	0.1276	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.27	0.1549	119	0.1324	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.3	0.1389	131	0.1335	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.34	0.1463	143	0.1323	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.38	0.141	144	0.1298	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.42	0.1617	146	0.1295	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.42-1.47	0.136	138	0.1318	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.53	0.136	122	0.1368	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.6	0.1382	178	0.13	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.68	0.1708	146	0.1277	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.79	0.15	146	0.1343	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.93	0.1488	122	0.1309	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.12	0.1618	133	0.1311	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.43	0.1415	134	0.1409	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-3.05	0.1809	161	0.1529	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-15.2	0.1354	132	0.1482	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.56

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.28260835712	-5.65539432938	2.25456375739	8.7083386019	-2.27643394386	4.9961412411	0.128309413184	0.26245446899	0.0374778609751	-0.0858940746231	-0.158449551652	-0.198642293436	0.273666468691	0.270195915045	0.00907741048895	0.0722950324655	-0.00976245801669	0.00965584347239	0.05155343431	-0.0143105368567	0.0765538049916	-16.0005055384	-1.68016715564	-18.6576888237
2	1.62272034831	-0.268322954956	0.231373614222	1.54801377295	0.216107837118	0.213540838494	0.0197815591813	-0.00118307230974	-0.0362445920479	-0.0360801914978	-0.00740999064102	0.0182391472709	0.0168094491863	-0.0198475031265	-0.0198413816334	0.0170643614383	-0.00214631868362	0.00552340002282	0.0141258904687	0.00472808331474	0.0274149137365	-24.5023429234	6.95971510335	-13.8261335934
3	0.949779218539	-1.01908451214	0.682105853081	2.46888862962	-0.274374928295	0.913982896732	-0.017946251871	-0.0256405569906	0.0936696780372	0.0158236688722	0.0186869445682	-0.0196100811128	-0.0926566098896	0.0148648149034	0.00453735463986	0.0277575707817	-0.00117890289575	0.00402528435747	0.0232556548651	-0.00442409581045	0.0314309868939	-23.1567544964	20.2981387928	-11.5374678634
4	1.72298159198	-0.378037453905	0.684095385523	2.16527811363	0.480789375935	3.2729210003	-0.0241078083872	-0.0837940271261	-0.136571457185	0.110300689332	-0.00111884359443	0.0195420164726	-0.015015485175	-0.0150072451132	0.0119559127329	0.0273328075381	0.00365800350987	0.00439778940228	0.0167853468551	-0.000566748954195	0.0204833781713	-25.3989299902	15.2461692616	-6.38635680849
5	0.626375362923	0.22750332493	0.407850731716	0.908383012082	-0.140904049188	0.808918969415	0.0249538441997	0.000225950919422	-0.00427888610586	0.0117207927379	-0.0103038219375	0.0713155288756	-0.0605534536975	-0.0913724407361	0.00341595560569	0.018293657716	-0.000583542724628	0.00213174413491	0.0216981582925	-0.000754667076888	0.022535924493	-28.740156458	14.0525183405	-15.2197369882
6	3.07368016731	-0.993495186856	0.755626150412	0.868773770899	-0.499367086679	1.02030186962	0.0133566308905	0.142777571008	0.0464595647179	-0.134776504077	-0.0572473773395	-0.151524919972	-0.0450820655041	0.0248886873219	-0.223008562193	0.0437291863311	-0.00303108642367	0.0219831069594	0.0381843319852	-0.0127934869028	0.0500881935128	-10.8139478819	5.69017474258	-27.1702357679
7	2.3542416208	-2.04039310983	-0.776630355966	2.89465882183	0.569631459591	0.619427310737	-0.00983772457787	0.0641370645932	-0.0382327298625	-0.072414149213	0.0235367234758	-0.0105175601547	0.0274870671398	0.00055942692183	0.00849290668889	0.0276889100263	-0.00445054946296	-0.000122947500999	0.0340855500908	0.00170177137527	0.0272149249582	-18.9291835404	12.7221338099	-22.5499473845
8	3.44739350506	0.0112880282315	2.59034738813	2.60768531617	-0.664819856877	3.1545603414	0.0347792059485	0.00601955126878	0.0070553269711	0.117446305639	-0.0254938181111	-0.0401117848753	-0.117852811603	0.0646671517427	-0.0099030131898	0.0371421526799	-0.00845334318088	0.00729991359716	0.0352844705462	4.28285497093E-5	0.0180036827516	-10.9083476648	16.6593949798	-16.7709502155
9	1.04036906388	-0.105483837173	0.0219392698297	0.0802661072862	0.225639616909	0.746566578954	-0.0195371011836	-0.0271483378774	0.138148059072	0.029827014285	0.100204843262	-0.272721453238	-0.136363030081	0.123016985812	0.350302409475	0.116546387524	-0.0408960257757	-0.0288791877506	0.0644757971331	-0.0124017371981	0.08930253423	-5.56876297892	20.0062718944	-10.6071881223
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20	5.47225663893	0.641018362192	2.57333747154	0.900970020939	0.412510254672	2.57958999507	0.0515185077655	-0.0836976772129	-0.0627633502189	-0.00535377144507	0.0185198348647	0.170046022332	0.128407539129	-0.12015524004	-0.0571413833769	0.0427466073387	-0.00897887375736	-0.0159512045067	0.0300249450286	0.00502786343742	0.0586252963626	-22.500244972	4.25943799041	-10.9476578572

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain A and resid 3:8)	3 - 8	2 - 7
2	2	(chain A and resid 9:20)	9 - 20	8 - 19
3	3	(chain A and resid 21:34)	21 - 34	20 - 33
4	4	(chain A and resid 35:39)	35 - 39	34 - 38
5	5	(chain A and resid 40:50)	40 - 50	39 - 49
6	6	(chain A and resid 51:57)	51 - 57	50 - 56
7	7	(chain A and resid 58:70)	58 - 70	57 - 69
8	8	(chain A and resid 71:75)	71 - 75	70 - 74
9	9	(chain A and resid 76:81)	76 - 81	75 - 80
10	10	(chain A and resid 82:88)	82 - 88	81 - 87
11	11	(chain A and resid 89:95)	89 - 95	88 - 94
12	12	(chain A and resid 96:99)	96 - 99	95 - 98
13	13	(chain A and resid 100:105)	100 - 105	99 - 104
14	14	(chain A and resid 106:111)	106 - 111	105 - 110
15	15	(chain A and resid 112:117)	112 - 117	111 - 116
16	16	(chain A and resid 118:127)	118 - 127	117 - 126
17	17	(chain A and resid 128:133)	128 - 133	127 - 132
18	18	(chain A and resid 134:139)	134 - 139	133 - 138
19	19	(chain A and resid 140:144)	140 - 144	139 - 143
20	20	(chain A and resid 145:152)	145 - 152	144 - 151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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