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- PDB-8b8f: Atomic structure of the beta-trefoil domain of the Laccaria bicol... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8b8f | |||||||||
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Title | Atomic structure of the beta-trefoil domain of the Laccaria bicolor lectin LBL in complex with lactose | |||||||||
![]() | N-terminal beta-trefoil domain of the lectin LBL from Laccaria bicolor | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / beta-trefoil / Laccaria bicolor / lectin / polysaccharide / sugar-specificity at atomic resolution | |||||||||
Function / homology | Ricin B-like lectins / beta-lactose / alpha-lactose / Predicted protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Acebron, I. / Campanero-Rhodes, M.A. / Solis, D. / Menendez, M. / Garcia, C. / Lillo, M.P. / Mancheno, J.M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Atomic crystal structure and sugar specificity of a beta-trefoil lectin domain from the ectomycorrhizal basidiomycete Laccaria bicolor. Authors: Acebron, I. / Campanero-Rhodes, M.A. / Solis, D. / Menendez, M. / Garcia, C. / Lillo, M.P. / Mancheno, J.M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 154.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 101 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8b97C ![]() 2y9fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 16865.848 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Polysaccharide | #3: Polysaccharide | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% (w/v) PEG 6000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, and 0.2 M ammonium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 10, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1→15.2 Å / Num. obs: 79659 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 5.67 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.044 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 1→1.05 Å / Num. unique obs: 11493 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.044 / Rsym value: 0.123 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2y9f Resolution: 1→15.2 Å / SU ML: 0.0801 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 12.3186 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.5 Å / VDW probe radii: 0.8 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1→15.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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