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- PDB-8b97: N-terminal beta-trefoil lectin domain of the Laccaria bicolor lec... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8b97 | ||||||
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Title | N-terminal beta-trefoil lectin domain of the Laccaria bicolor lectin in complex with N-acetyl-lactosamine | ||||||
![]() | Beta-trefoil domain of the LBL lectin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / atomic resolution / beta-trefoil / fruiting-body lectin / sugar-specificity | ||||||
Function / homology | Ricin B-like lectins / N-acetyl-alpha-lactosamine / Predicted protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Acebron, I. / Campanero-Rhodes, M.A. / Solis, D. / Menendez, M. / Garcia, C. / Lillo, M.P. / Mancheno, J.M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Atomic crystal structure and sugar specificity of a beta-trefoil lectin domain from the ectomycorrhizal basidiomycete Laccaria bicolor. Authors: Acebron, I. / Campanero-Rhodes, M.A. / Solis, D. / Menendez, M. / Garcia, C. / Lillo, M.P. / Mancheno, J.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 146.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 95.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8b8fC ![]() 2y9fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 16865.848 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Polysaccharide | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20% (w/v) PEG 6000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, and 0.2 M ammonium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 10, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.939 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 0.97→44.55 Å / Num. obs: 82583 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 4.94 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 31.4 |
Reflection shell | Resolution: 0.97→1.02 Å / Redundancy: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / Num. unique obs: 9744 / CC1/2: 0.962 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.071 / % possible all: 80.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2y9f Resolution: 0.97→44.55 Å / SU ML: 0.0558 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 12.0035 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 7.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 0.97→44.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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