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万見
- PDB-8b8d: multimerization domain of Gaboon Viper Virus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b8d
タイトルmultimerization domain of Gaboon Viper Virus 1
要素Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / phosphoprotein / RNA polymerase cofactor
機能・相同性Borna disease virus P24 / Borna disease virus P24 protein / Phosphoprotein
機能・相同性情報
生物種Gaboon viper virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tarbouriech, N. / Legrand, P. / Bouhris, J.M. / Horie, M. / Tomonaga, K. / Crepin, T.
資金援助 フランス, 日本, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE15-0026 フランス
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H01199 日本
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Borna Disease Virus 1 Phosphoprotein Forms a Tetramer and Interacts with Host Factors Involved in DNA Double-Strand Break Repair and mRNA Processing.
著者: Tarbouriech, N. / Chenavier, F. / Kawasaki, J. / Bachiri, K. / Bourhis, J.M. / Legrand, P. / Freslon, L.L. / Laurent, E.M.N. / Suberbielle, E. / Ruigrok, R.W.H. / Tomonaga, K. / Gonzalez- ...著者: Tarbouriech, N. / Chenavier, F. / Kawasaki, J. / Bachiri, K. / Bourhis, J.M. / Legrand, P. / Freslon, L.L. / Laurent, E.M.N. / Suberbielle, E. / Ruigrok, R.W.H. / Tomonaga, K. / Gonzalez-Dunia, D. / Horie, M. / Coyaud, E. / Crepin, T.
履歴
登録2022年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoprotein
B: Phosphoprotein
C: Phosphoprotein
D: Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6834
ポリマ－51,6834
非ポリマー00
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, assayed by SEC-SAXS, MALLS and gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18350 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area22060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.824, 82.499, 89.057
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Phosphoprotein


分子量: 12920.860 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gaboon viper virus 1 (ウイルス) / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIL / 参照: UniProt: L0N429
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 18-22 % PEG 3350, 200 mM NaSCN

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 110.978565
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 220.98919
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2021年10月9日
DECTRIS EIGER X 9M2PIXEL2021年12月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9785651
20.989191
反射

Entry-ID: 8B8D / CC1/2: 0.999

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsRpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.4-492410899.613.50.1140.046111.4
2.79-481517099.210.2210.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.4613.917420.62199.4
2.79-2.87109880.657289.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 10.234 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.505 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3106 1020 5.3 %RANDOM
Rwork0.2283 ---
obs0.2329 18296 79.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.63 Å2 / Biso mean: 52.184 Å2 / Biso min: 10.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å2-0 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 0 151 3375
Biso mean---47.38 -
残基数----403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133236
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.6324341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2381.5797621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1665399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72725152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.75115730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8141516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02515
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.463 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.513 15 -
Rwork0.286 449 -
all-464 -
obs--26.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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