PDB-8b7x: X-ray structure of the CeuE Homologue from Geobacillus stearother...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b7x

タイトル

X-ray structure of the CeuE Homologue from Geobacillus stearothermophilus - apo form.

要素

Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

キーワード

METAL TRANSPORT / Periplasmic / Siderophore binding / Bacterial / apo protein.

機能・相同性

FatB domain / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / iron ion transport / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Chem-JEF / Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Wilson, K.S. / Duhme-Klair, A.K. / Blagova, E.V. / Bennett, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Thermostable homologues of the periplasmic siderophore-binding protein CeuE from Geobacillus stearothermophilus and Parageobacillus thermoglucosidasius.
著者: Blagova, E.V. / Miller, A.H. / Bennett, M. / Booth, R.L. / Dodson, E.J. / Duhme-Klair, A.K. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2022年10月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_validate_planes Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b7x.cif.gz	299.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b7x.ent.gz	185.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b7x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b7x_validation.pdf.gz	665.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b7x_full_validation.pdf.gz	666.4 KB	表示
XML形式データ	8b7x_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	8b7x_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b7x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bawC 8baxC 8bf6C 8bj9C 8bnwC 3zkwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Siderophore ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.519, 35.725, 52.290
Angle α, β, γ (deg.)	81.566, 83.242, 65.060
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Siderophore ABC transporter substrate-binding protein 分子量: 33385.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: EPB69_07310 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A857MR34
#2: 化合物	ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE 分子量: 597.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₆₃NO₁₀
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 26.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Index D3: 0.1M HEPES, pH 7.0, 30% Jeffamine ED 2001, pH 7.0. No cryo.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97622 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.42→32.225 Å / Num. obs: 37722 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 5.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.78-32.2	2.1	0.025	389	0.996	0.025	0.035
1.42-1.44	1.7	0.323	3172	0.862	0.323	0.457

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3zkw

3zkw

解像度: 1.42→32.225 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.249 / WR_factor R_work: 0.179 / SU B: 6.73 / SU ML: 0.105 / Average fsc free: 0.9556 / Average fsc work: 0.9828 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2281	1940	5.152 %
R_work	0.1655	35717	-
all	0.169	-	-
obs	-	37657	94.67 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.729 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0.076 Å²	1.675 Å²
2-	-	-0.664 Å²	-1.253 Å²
3-	-	-	0.549 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→32.225 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2174	0	24	56	2254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.651	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.48	1.571	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.4	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.768	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.887	10	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.737	10	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.415	2.667	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.417	2.67	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.43	4.005	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.428	4.009	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.227	3.199	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.813	3.173	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.871	4.581	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.469	5.448	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.152	49.744	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.156	49.902	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.212	3	4390

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.42-1.457	0.361	125	0.281	2442	0.285	2897	0.909	0.966	88.6089	0.296
1.457-1.497	0.345	146	0.262	2503	0.266	2894	0.93	0.969	91.5342	0.275
1.497-1.54	0.288	117	0.235	2486	0.238	2789	0.957	0.979	93.3309	0.245
1.54-1.587	0.289	148	0.203	2361	0.208	2690	0.961	0.984	93.2714	0.212
1.587-1.639	0.272	133	0.208	2340	0.211	2635	0.964	0.984	93.852	0.212
1.639-1.696	0.285	114	0.19	2266	0.195	2549	0.953	0.986	93.3699	0.192
1.696-1.76	0.286	107	0.209	2204	0.213	2417	0.94	0.98	95.6144	0.212
1.76-1.832	0.287	122	0.19	2101	0.195	2368	0.953	0.985	93.8767	0.188
1.832-1.913	0.287	139	0.172	2030	0.179	2274	0.952	0.986	95.3826	0.171
1.913-2.006	0.242	100	0.158	1949	0.162	2153	0.958	0.989	95.1695	0.158
2.006-2.114	0.202	82	0.147	1871	0.149	2038	0.98	0.989	95.8292	0.147
2.114-2.242	0.241	120	0.164	1760	0.169	1965	0.96	0.987	95.6743	0.167
2.242-2.396	0.237	97	0.158	1681	0.162	1823	0.963	0.988	97.5315	0.162
2.396-2.587	0.246	70	0.158	1573	0.162	1691	0.969	0.986	97.1614	0.166
2.587-2.832	0.232	76	0.175	1470	0.178	1571	0.967	0.983	98.4087	0.187
2.832-3.163	0.205	72	0.159	1305	0.162	1402	0.971	0.986	98.2168	0.174
3.163-3.646	0.209	55	0.154	1186	0.157	1274	0.975	0.987	97.4097	0.171
3.646-4.452	0.152	51	0.129	978	0.13	1047	0.987	0.991	98.2808	0.151
4.452-6.236	0.199	43	0.15	764	0.153	816	0.98	0.989	98.8971	0.18
6.236-32.225	0.181	23	0.146	447	0.148	472	0.975	0.985	99.5763	0.175

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関連情報:EMDBヘッダ

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