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万見
- PDB-8b6o: X-ray structure of the haloalkane dehalogenase HaloTag7 circular ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b6o
タイトルX-ray structure of the haloalkane dehalogenase HaloTag7 circular permutated at positions 141-156 (cpHaloTagDelta) fused to M13
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / haloalkane dehalogenase / HaloTag / HaloTag7 / Self-Labeling Protein / M13
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tarnawski, M. / Johnsson, K. / Hiblot, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of the haloalkane dehalogenase HaloTag7 circular permutated at positions 141-156 (cpHaloTagDelta) fused to M13
著者: Tarnawski, M. / Johnsson, K. / Hiblot, J.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7562
ポリマ－35,7211
非ポリマー351
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.600, 81.320, 153.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 35720.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3G3, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.65 M sodium dihydrogen phosphate, 1.00 M dipotassium hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99995 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 19257 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 41.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 3.81 / Num. unique obs: 2577 / CC1/2: 0.897 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292125777

解像度: 2→40.66 Å / SU ML: 0.2622 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.4036
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 963 5 %
Rwork0.2214 18292 -
obs0.2228 19255 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2314 0 1 47 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00272388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61553260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2673312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.110.34631360.30672592X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.240.34041350.28662560X-RAY DIFFRACTION99.96
2.24-2.410.33961350.28852568X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.650.28151360.26472584X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.040.31291370.25232611X-RAY DIFFRACTION99.85
3.04-3.820.25431390.21582637X-RAY DIFFRACTION99.82
3.83-40.660.19181450.1812740X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.18678557721-2.891115113072.626149187386.763516534192.853796348485.74950803868-0.1197336782690.393745348980.8252193786830.179396880349-0.1224466328260.957329839135-0.527111629737-0.401143130740.1864952872420.412245887986-0.06439074836710.009002903777350.5299387798460.04945754387480.577070132573-25.1402789351-8.69954194918-32.9641250558
22.50013965745-0.3113995849612.048766081221.877119604230.9287117610616.80119566643-0.1596862149210.243011155560.02781046743520.0546746077936-0.1523705231220.05593783075360.03545141614930.3049454453260.2286771460410.275176260484-0.05581507967120.02865964203930.2409799686220.1385006861110.322243511616-14.1677243068-10.020808854-24.2628391153
30.990276265348-1.22359403769-0.7168014129851.82491979859-0.1048837834633.69933695536-0.08122146839840.1360072816940.4390066441690.002774937978150.29475204953-0.0769797758223-0.8480257173670.541362854240.1005406197130.805206102568-0.394890321939-0.1545620384750.6450184848840.3067166565840.723639007597-3.008158948246.10960837612-20.5584059018
42.94884063824-0.3797492147952.254797048292.370137498120.2605095995995.90431478370.03000467851590.561860407842-0.1992218647270.366255186930.126042445176-0.3650489023050.7694609377441.26069561036-0.04356540542910.4165670048260.0945918810668-0.002333441922620.5111720813950.06734551564440.387438612987-3.33433163724-16.5996629295-17.6732630838
54.596905178880.4746764242572.424613060642.250230864142.446648894636.61414645718-0.163359008612-0.1060022795790.1022862917790.316718582947-0.05737790732620.08704017770170.04190858599220.3167382619990.161696070050.31265371014-0.05192400344260.03420640229970.2755548871930.1124627633060.324529640335-11.0659508125-7.86499170856-12.0293797195
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 9 through 38 )9 - 381 - 30
22chain 'A' and (resid 39 through 123 )39 - 12331 - 115
33chain 'A' and (resid 124 through 141 )124 - 141116 - 133
44chain 'A' and (resid 142 through 262 )142 - 262134 - 232
55chain 'A' and (resid 263 through 321 )263 - 321233 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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