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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b6m | ||||||
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タイトル | Tankyrase 2 in complex with an inhibitor | ||||||
要素 | (Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity ...XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Bosetti, C. / Sowa, S.T. / Lehtio, L. | ||||||
資金援助 | フィンランド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Tankyrase 2 in complex with an inhibitor 著者: Bosetti, C. / Sowa, S.T. / Lehtio, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b6m.cif.gz | 111 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b6m.ent.gz | 80.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b6m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b6m_validation.pdf.gz | 994.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b6m_full_validation.pdf.gz | 1008.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8b6m_validation.xml.gz | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b6m_validation.cif.gz | 29.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b6m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7om1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 19482.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5364.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの |
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-非ポリマー , 5種, 209分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, 22% w/v PEG3350, 200 mM Li2SO4, 250 mM NaCl, 20% v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96546 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 69406 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.99 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / Num. unique obs: 5106 / CC1/2: 0.648 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7OM1 解像度: 1.6→48.685 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.222 / WRfactor Rwork: 0.19 / SU B: 1.725 / SU ML: 0.059 / Average fsc free: 0.9645 / Average fsc work: 0.9736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.685 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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