PDB-8b6d: Crystal structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Thermocri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b6d

タイトル

Crystal structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Thermocrispum agreste DSM 44070 in complex with UDP

要素

UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / sugar metabolism / Mg2+ / GalU / UTP / glucose 1-phosphate / pyrimidine nucleosides.

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-glucose metabolic process / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermocrispum agreste DSM 44070 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Laustsen, J. / Kumpf, A. / Bento, I.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure determination of a highly active UDP-glucose pyrophosphorylase from Thermocrispum agreste DSM 44070
著者: Kumpf, A. / Maier, A. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Bento, I. / Tischler, D.

履歴

登録	2022年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b6d.cif.gz	587.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b6d.ent.gz	372.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b6d_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b6d_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8b6d_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	8b6d_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b31C 8b68C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.752, 65.752, 329.552
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase 分子量: 32113.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermocrispum agreste DSM 44070 (バクテリア) 遺伝子: DIU77_00305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2W4LV58, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 272分子

#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: sodium citrate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→82.53 Å / Num. obs: 43788 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 29.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 26.9 % / R_merge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.86 / Num. unique obs: 4253 / CC_1/2: 1 / CC star: 0.98 / R_pim(I) all: 0.24 / R_rim(I) all: 1.28

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo-TaGalU

解像度: 2.1→82.524 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 9.394 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	2094	4.795 %
R_work	0.1748	41581	-
all	0.177	-	-
obs	-	43675	99.918 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.301 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.638 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.638 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.277 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→82.524 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4404	0	77	264	4745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	4644
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.655	6345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.576	1.563	10146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.951	5	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.227	5	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.255	10	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.89	10	201
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	930
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.11	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.963	2.714	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.954	2.714	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.127	4.055	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.127	4.056	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.133	3.195	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.132	3.196	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.157	4.619	3385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.156	4.62	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.532	55.25	19235
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.508	54.581	19067

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.258	147	0.231	2987	0.232	3146	0.949	0.961	99.6186	0.206
2.154-2.213	0.291	147	0.228	2939	0.231	3091	0.941	0.963	99.8382	0.201
2.213-2.278	0.286	145	0.216	2844	0.219	2994	0.946	0.968	99.833	0.19
2.278-2.348	0.214	144	0.185	2786	0.187	2933	0.97	0.978	99.8977	0.158
2.348-2.425	0.229	131	0.191	2680	0.193	2813	0.968	0.977	99.9289	0.166
2.425-2.51	0.246	120	0.197	2623	0.199	2744	0.964	0.976	99.9636	0.176
2.51-2.604	0.241	143	0.185	2501	0.188	2645	0.964	0.98	99.9622	0.163
2.604-2.71	0.238	107	0.194	2447	0.196	2554	0.963	0.978	100	0.167
2.71-2.831	0.263	119	0.2	2350	0.203	2469	0.955	0.976	100	0.173
2.831-2.969	0.265	138	0.19	2222	0.194	2360	0.954	0.979	100	0.166
2.969-3.129	0.246	101	0.198	2172	0.2	2273	0.961	0.975	100	0.177
3.129-3.319	0.253	94	0.185	2037	0.188	2133	0.963	0.98	99.9062	0.17
3.319-3.547	0.204	96	0.172	1903	0.174	1999	0.975	0.985	100	0.163
3.547-3.831	0.25	79	0.184	1826	0.186	1905	0.962	0.982	100	0.175
3.831-4.196	0.174	90	0.16	1664	0.161	1754	0.981	0.985	100	0.155
4.196-4.69	0.145	84	0.127	1539	0.128	1623	0.99	0.991	100	0.126
4.69-5.412	0.139	60	0.132	1359	0.132	1419	0.987	0.991	100	0.131
5.412-6.621	0.254	70	0.177	1176	0.181	1247	0.97	0.985	99.9198	0.174
6.621-9.334	0.189	48	0.145	949	0.147	997	0.978	0.988	100	0.154
9.334-82.524	0.327	31	0.183	577	0.189	609	0.939	0.974	99.8358	0.195

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8962	0.2061	0.7143	0.7058	-0.0312	2.928	-0.0143	-0.0868	-0.043	-0.0599	-0.0306	-0.0344	0.0268	0.0139	0.0449	0.0464	0.0314	-0.0109	0.0827	-0.0101	0.1329	21.5583	0.2302	-12.5082
2	0.9659	0.2868	0.9049	0.9994	0.3683	3.4306	0.0625	-0.102	-0.0678	0.0502	-0.0659	0.0966	0.1994	-0.1697	0.0034	0.0169	0.0128	0.0118	0.1489	0.0456	0.166	36.7043	-2.3719	19.8091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ALL	A	9 - 299
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ALL	B	9 - 299

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