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- PDB-8b68: Crystal structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Thermocri... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8b68 | ||||||
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Title | Crystal structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Thermocrispum agreste DSM 44070 in complex with UDP-glucose | ||||||
![]() | UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glycosyl transferase / UDP-glucose pyrophosphorylase / sugar metabolism | ||||||
Function / homology | ![]() UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-glucose metabolic process / biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Laustsen, J.U. / Bento, I. | ||||||
Funding support | European Union, 1items
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![]() | ![]() Title: Crystal structure determination of a highly active UDP-glucose pyrophosphorylase from Thermocrispum agreste DSM 44070 Authors: Kumpf, A. / Maier, A. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Bento, I. / Tischler, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 608.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 387.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8b31C ![]() 8b6dC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 32129.451 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: DIU77_00305 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A2W4LV58, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase |
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-Non-polymers , 6 types, 506 molecules ![](data/chem/img/UPG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-UPG / | ||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | ChemComp-SCN / | #6: Chemical | ChemComp-MG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Bis-Tris-Propan, polyethylene glycol 3350, potassium thiocyanate (KSCN) and ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 23, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→90.08 Å / Num. obs: 87903 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 12.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 8740 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.51 / % possible all: 99.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: TgalU-nat Resolution: 1.6→90.079 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 4.347 / SU ML: 0.072 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.082 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.66 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→90.079 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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