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- PDB-8b69: Heterotetramer of K-Ras4B(G12V) and Rgl2(RBD) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b69
タイトルHeterotetramer of K-Ras4B(G12V) and Rgl2(RBD)
要素
  • Isoform 2B of GTPase KRas
  • Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
キーワードONCOPROTEIN / KRas / RalGEF / Rgl2 / Ral pathway / Ras signalling / small G-protein / Ras binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Ral protein signal transduction / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / RAF/MAP kinase cascade / Ca2+ pathway / Ras protein signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor ...Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 / Isoform 2B of GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Tariq, M. / Fairall, L. / Romartinez-Alonso, B. / Dominguez, C. / Schwabe, J.W.R. / Tanaka, K.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust204801/Z/16/Z 英国
Other government
引用
ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the complex of oncogenic KRas4B G12V and Rgl2, a RalA/B activator.
著者: Tariq, M. / Ikeya, T. / Togashi, N. / Fairall, L. / Kamei, S. / Mayooramurugan, S. / Abbott, L.R. / Hasan, A. / Bueno-Alejo, C. / Sukegawa, S. / Romartinez-Alonso, B. / Muro Campillo, M.A. / ...著者: Tariq, M. / Ikeya, T. / Togashi, N. / Fairall, L. / Kamei, S. / Mayooramurugan, S. / Abbott, L.R. / Hasan, A. / Bueno-Alejo, C. / Sukegawa, S. / Romartinez-Alonso, B. / Muro Campillo, M.A. / Hudson, A.J. / Ito, Y. / Schwabe, J.W. / Dominguez, C. / Tanaka, K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the complex of oncogenic K-Ras4BG12V and Rgl2, a RalA/B activator
著者: Tariq, M. / Ikeya, T. / Togashi, N. / Fairall, L. / Bueno-Alejo, C. / Kamei, S. / Romartinez-Alonso, B. / Campillo, M.A.M. / Hudson, A.J. / Ito, Y. / Schwabe, J.W.R. / Dominguez, C. / Tanaka, K.
履歴
登録2022年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22026年3月4日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
B: Isoform 2B of GTPase KRas
C: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
D: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8408
ポリマ－60,7474
非ポリマー1,0934
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23570 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.843, 77.843, 163.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 647 through 734)
d_2ens_1(chain "C" and (resid 647 through 655 or resid 658 through 734))
d_1ens_2(chain "B" and (resid 0 through 102 or (resid 104...
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERSERARGARGAA647 - 7347 - 94
d_21ens_1SERSERGLNGLNCC647 - 6557 - 15
d_22ens_1LEULEUARGARGCC658 - 73418 - 94
d_11ens_2SERSERARGARGBB0 - 1021 - 103
d_12ens_2LYSLYSLYSLYSBB104 - 167105 - 168
d_13ens_2MGMGMGMGBE201
d_14ens_2GNPGNPGNPGNPBF202
d_21ens_2SERSERLYSLYSDD0 - 1671 - 168
d_22ens_2MGMGMGMGDG201
d_23ens_2GNPGNPGNPGNPDH202

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質 Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 / RalGDS-like 2 / RalGDS-like factor / Ras-associated protein RAB2L


分子量: 10972.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGL2, RAB2L / プラスミド: Novagen pET-49b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O15211
#2: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19400.916 Da / 分子数: 2 / Mutation: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / プラスミド: Novagen pET-43.1a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Sodium/potassium phosphate pH 7.5, 0.1M HEPES 7.5, 22.5% v/v PEG (16.67%w/v PEG 8000, 16.67%w/v PEG 10000, 16.67% w/v PEG 6000), 10% v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→29.472 Å / Num. obs: 11107 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 95.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02682 / Rpim(I) all: 0.02682 / Rrim(I) all: 0.03794 / Net I/σ(I): 10.15
反射 シェル解像度: 3.071→3.18 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1774 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 949 / CC1/2: 0.973 / CC star: 0.993 / Rrim(I) all: 0.2509 / % possible all: 86.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
REFMAC5. 8. 0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LFD

1lfd


解像度: 3.07→29.45 Å / SU ML: 0.4432 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.7498
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 581 5.25 %Random
Rwork0.2367 10484 --
obs0.2401 11107 98.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.07→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4050 0 66 0 4116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00744175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40215647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0982639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5344572
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.12338583251
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.17479722379
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.07-3.380.36851180.31222477X-RAY DIFFRACTION94.19
3.38-3.870.33911300.24372622X-RAY DIFFRACTION99.71
3.87-4.870.31131850.23852601X-RAY DIFFRACTION99.75
4.87-29.450.29881480.21832784X-RAY DIFFRACTION99.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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