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- PDB-8b64: Cryo-EM structure of RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b64
タイトルCryo-EM structure of RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus
要素
  • (Reaction center protein ...) x 3
  • Intrinsic membrane protein PufX
  • LH1 beta chain
  • Light-harvesting protein B-870 alpha chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PufX / core complex / RC-LH1 / Rba capsulatus / photosynthetic core
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 ...Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Light-harvesting protein B-870 alpha chain / Light-harvesting protein B-870 beta chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Light-harvesting protein B-870 alpha chain / Light-harvesting protein B-870 beta chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Intrinsic membrane protein PufX
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.589 Å
データ登録者Bracun, L. / Yamagata, A. / Shirouzu, M. / Liu, L.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of a monomeric RC-LH1-PufX supercomplex with high-carotenoid content from Rhodobacter capsulatus.
著者: Laura Bracun / Atsushi Yamagata / Bern M Christianson / Mikako Shirouzu / Lu-Ning Liu /
要旨: In purple photosynthetic bacteria, the photochemical reaction center (RC) and light-harvesting complex 1 (LH1) assemble to form monomeric or dimeric RC-LH1 membrane complexes, essential for bacterial ...In purple photosynthetic bacteria, the photochemical reaction center (RC) and light-harvesting complex 1 (LH1) assemble to form monomeric or dimeric RC-LH1 membrane complexes, essential for bacterial photosynthesis. Here, we report a 2.59-Å resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the RC-LH1 supercomplex from Rhodobacter capsulatus. We show that Rba. capsulatus RC-LH1 complexes are exclusively monomers in which the RC is surrounded by a 15-subunit LH1 ring. Incorporation of a transmembrane polypeptide PufX leads to a large opening within the LH1 ring. Each LH1 subunit associates two carotenoids and two bacteriochlorophylls, which is similar to Rba. sphaeroides RC-LH1 but more than one carotenoid per LH1 in Rba. veldkampii RC-LH1 monomer. Collectively, the unique Rba. capsulatus RC-LH1-PufX represents an intermediate structure between Rba. sphaeroides and Rba. veldkampii RC-LH1-PufX. Comparison of PufX from the three Rhodobacter species indicates the important residues involved in dimerization of RC-LH1.
履歴
登録2022年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
e: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
D: LH1 beta chain
b: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
A: LH1 beta chain
E: LH1 beta chain
X: Intrinsic membrane protein PufX
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
H: Reaction center protein H chain
d: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
B: LH1 beta chain
t: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
S: LH1 beta chain
T: LH1 beta chain
s: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
U: LH1 beta chain
u: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
r: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
O: LH1 beta chain
R: LH1 beta chain
o: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
n: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
K: LH1 beta chain
N: LH1 beta chain
k: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
j: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
I: LH1 beta chain
J: LH1 beta chain
i: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
g: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
F: LH1 beta chain
G: LH1 beta chain
f: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,138109
ポリマ－284,26234
非ポリマー56,87675
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 16分子 aebdtsuronkjigfX

#1: タンパク質
Light-harvesting protein B-870 alpha chain / Antenna pigment protein alpha chain / LH-1


分子量: 6600.920 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P02948
#3: タンパク質 Intrinsic membrane protein PufX / Protein C2397


分子量: 8574.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P26240

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 15分子 DAEBSTUORKNIJFG

#2: タンパク質・ペプチド
LH1 beta chain


分子量: 5470.303 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P02950

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

#4: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31586.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P19057
#5: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34462.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P11847
#6: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28569.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P19056

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非ポリマー , 6種, 75分子

#7: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物...
ChemComp-SPO / SPHEROIDENE


分子量: 568.914 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H60O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10


分子量: 863.343 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株: SB1003
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50.32 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.589 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181054 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 27.23 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002822512
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.542330996
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0353117
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00373847
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.58587577

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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