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- EMDB-15862: Cryo-EM structure of RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15862
タイトルCryo-EM structure of RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus
マップデータpostprocessed map, unmasked
試料
  • 複合体: RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 6種
キーワードPufX / core complex / RC-LH1 / Rba capsulatus / photosynthetic core / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily ...Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Light-harvesting protein B-870 alpha chain / Light-harvesting protein B-870 beta chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Intrinsic membrane protein PufX
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.589 Å
データ登録者Bracun L / Yamagata A / Shirouzu M / Liu LN
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of a monomeric RC-LH1-PufX supercomplex with high-carotenoid content from Rhodobacter capsulatus.
著者: Laura Bracun / Atsushi Yamagata / Bern M Christianson / Mikako Shirouzu / Lu-Ning Liu /
要旨: In purple photosynthetic bacteria, the photochemical reaction center (RC) and light-harvesting complex 1 (LH1) assemble to form monomeric or dimeric RC-LH1 membrane complexes, essential for bacterial ...In purple photosynthetic bacteria, the photochemical reaction center (RC) and light-harvesting complex 1 (LH1) assemble to form monomeric or dimeric RC-LH1 membrane complexes, essential for bacterial photosynthesis. Here, we report a 2.59-Å resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the RC-LH1 supercomplex from Rhodobacter capsulatus. We show that Rba. capsulatus RC-LH1 complexes are exclusively monomers in which the RC is surrounded by a 15-subunit LH1 ring. Incorporation of a transmembrane polypeptide PufX leads to a large opening within the LH1 ring. Each LH1 subunit associates two carotenoids and two bacteriochlorophylls, which is similar to Rba. sphaeroides RC-LH1 but more than one carotenoid per LH1 in Rba. veldkampii RC-LH1 monomer. Collectively, the unique Rba. capsulatus RC-LH1-PufX represents an intermediate structure between Rba. sphaeroides and Rba. veldkampii RC-LH1-PufX. Comparison of PufX from the three Rhodobacter species indicates the important residues involved in dimerization of RC-LH1.
履歴
登録2022年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15862.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15862.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocessed map, unmasked
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.55 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.55 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.55 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8285 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.11807664 - 0.1971669
平均 (標準偏差)0.000040097206 (±0.008048151)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 248.54999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15862_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: refined map, unsharpened

ファイルemd_15862_additional_1.map
注釈refined map, unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: postprocessed map, masked

ファイルemd_15862_additional_2.map
注釈postprocessed map, masked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15862_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15862_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus

全体名称: RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus
要素
  • 複合体: RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: LH1 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Intrinsic membrane protein PufX
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein H chain
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPHEROIDENE
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: FE (III) ION

+
超分子 #1: RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus

超分子名称: RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株: SB1003

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分子 #1: Light-harvesting protein B-870 alpha chain

分子名称: Light-harvesting protein B-870 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
分子量理論値: 6.60092 KDa
配列文字列:
MSKFYKIWLV FDPRRVFVAQ GVFLFLLAVL IHLILLSTPA FNWLTVATAK HGYVAAAQ

UniProtKB: Light-harvesting protein B-870 alpha chain

+
分子 #2: LH1 beta chain

分子名称: LH1 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
分子量理論値: 5.470303 KDa
配列文字列:
MADKNDLSFT GLTDEQAQEL HAVYMSGLSA FIAVAVLAHL AVMIWRPWF

UniProtKB: Light-harvesting protein B-870 beta chain

+
分子 #3: Intrinsic membrane protein PufX

分子名称: Intrinsic membrane protein PufX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
分子量理論値: 8.574901 KDa
配列文字列:
MSMFDKPFDY ENGSKFEMGI WIGRQMAYGA FLGSIPFLLG LGLVLGSYGL GLMLPERAHQ APSPYTTEVV VQHATEVV

UniProtKB: Intrinsic membrane protein PufX

+
分子 #4: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
分子量理論値: 31.586795 KDa
配列文字列: MALLSFERKY RVPGGTLIGG SLFDFWVGPF YVGFFGVTTI FFATLGFLLI LWGAAMQGTW NPQLISIFPP PVENGLNVAA LDKGGLWQV ITVCATGAFC SWALREVEIC RKLGIGFHIP VAFSMAIFAY LTLVVIRPMM MGSWGYAFPY GIWTHLDWVS N TGYTYGNF ...文字列:
MALLSFERKY RVPGGTLIGG SLFDFWVGPF YVGFFGVTTI FFATLGFLLI LWGAAMQGTW NPQLISIFPP PVENGLNVAA LDKGGLWQV ITVCATGAFC SWALREVEIC RKLGIGFHIP VAFSMAIFAY LTLVVIRPMM MGSWGYAFPY GIWTHLDWVS N TGYTYGNF HYNPFHMLGI SLFFTTAWAL AMHGALVLSA ANPVKGKTMR TPDHEDTYFR DLMGYSVGTL GIHRLGLLLA LN AVFWSAC CMLVSGTIYF DLWSDWWYWW VNMPFWADMA GGING

UniProtKB: Reaction center protein L chain

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分子 #5: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
分子量理論値: 34.462629 KDa
配列文字列: MAEYQNFFNQ VQVAGAPEMG LKEDVDTFER TPAGMFNILG WMGNAQIGPI YLGIAGTVSL AFGAAWFFTI GVWYWYQAGF DPFIFMRDL FFFSLEPPPA EYGLAIAPLK QGGVWQIASL FMAISVIAWW VRVYTRADQL GMGKHMAWAF LSAIWLWSVL G FWRPILMG ...文字列:
MAEYQNFFNQ VQVAGAPEMG LKEDVDTFER TPAGMFNILG WMGNAQIGPI YLGIAGTVSL AFGAAWFFTI GVWYWYQAGF DPFIFMRDL FFFSLEPPPA EYGLAIAPLK QGGVWQIASL FMAISVIAWW VRVYTRADQL GMGKHMAWAF LSAIWLWSVL G FWRPILMG SWSVAPPYGI FSHLDWTNQF SLDHGNLFYN PFHGLSIAAL YGSALLFAMH GATILAVTRF GGERELEQIV DR GTASERA ALFWRWTMGF NATMEGIHRW AIWMAVMVTL TGGIGILLSG TVVDNWYVWA QVHGYAPVTP

UniProtKB: Reaction center protein M chain

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分子 #6: Reaction center protein H chain

分子名称: Reaction center protein H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
分子量理論値: 28.56958 KDa
配列文字列: MVGVNFFGDF DLASLAIWSF WAFLAYLIYY LQTENMREGY PLENDDGKLS PNQGPFPVPS PKTFDLADGR KIVVPSVENE EAHRRTDLA LERTSVNEGY PFRPTGNPML DGVGPASWVP RRDEPEVDAH GHNKIQPMRK TEMKVSAGRD PRGMPVQAGD T EVVGKIVD ...文字列:
MVGVNFFGDF DLASLAIWSF WAFLAYLIYY LQTENMREGY PLENDDGKLS PNQGPFPVPS PKTFDLADGR KIVVPSVENE EAHRRTDLA LERTSVNEGY PFRPTGNPML DGVGPASWVP RRDEPEVDAH GHNKIQPMRK TEMKVSAGRD PRGMPVQAGD T EVVGKIVD MWVDIPEQLV RYLEVELNSG KKKLLPMTML KIWSDRVRVN AITSDLFDTI PDIKSPDVVT KLEEDKISAY VA GGYMYAK GVKPYAL

UniProtKB: Reaction center protein H chain

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分子 #7: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 34 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #8: SPHEROIDENE

分子名称: SPHEROIDENE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 27 / 式: SPO
分子量理論値: 568.914 Da
Chemical component information

ChemComp-7OT:
SPHEROIDENE / all-trans-スフェロイデン

+
分子 #9: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #10: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

+
分子 #11: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 7 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #12: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.32 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.589 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 181054
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Relion
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Relion
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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