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万見
- PDB-8b5d: Exploring the ligand binding and conformational dynamics of recep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b5d
タイトルExploring the ligand binding and conformational dynamics of receptor domain 1 of the ABC transporter GlnPQ
要素ABC transporter permease subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport
類似検索 - 分子機能
Amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM domain / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF ...Amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM domain / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins.
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glutamine transport system permease protein GlnP
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Whittaker, J. / Guskov, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2024
タイトル: Exploring the Ligand Binding and Conformational Dynamics of the Substrate-Binding Domain 1 of the ABC Transporter GlnPQ.
著者: Nemchinova, M. / Schuurman-Wolters, G.K. / Whittaker, J.J. / Arkhipova, V. / Marrink, S.J. / Poolman, B. / Guskov, A.
履歴
登録2022年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter permease subunit
B: ABC transporter permease subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,98814
ポリマ－49,0112
非ポリマー97712
水3,873215
1
A: ABC transporter permease subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0007
ポリマ－24,5061
非ポリマー4946
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ABC transporter permease subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9887
ポリマ－24,5061
非ポリマー4826
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.610, 91.500, 57.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 30 through 80 or resid 82 through 250 or resid 301 or resid 502))
21(chain B and (resid 30 through 80 or resid 82 through 301 or resid 404))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALLEULEU(chain A and (resid 30 through 80 or resid 82 through 250 or resid 301 or resid 502))AA30 - 804 - 54
12ASNASNTHRTHR(chain A and (resid 30 through 80 or resid 82 through 250 or resid 301 or resid 502))AA82 - 25056 - 224
13MPDMPDMPDMPD(chain A and (resid 30 through 80 or resid 82 through 250 or resid 301 or resid 502))AC401
14GOLGOLGOLGOL(chain A and (resid 30 through 80 or resid 82 through 250 or resid 301 or resid 502))AD402
21VALVALLEULEU(chain B and (resid 30 through 80 or resid 82 through 301 or resid 404))BB30 - 804 - 54
22ASNASNGOLGOL(chain B and (resid 30 through 80 or resid 82 through 301 or resid 404))BB - I82 - 40156
23GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 30 through 80 or resid 82 through 301 or resid 404))BL404

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ABC transporter permease subunit / Glutamine transport system permease protein GlnP


分子量: 24505.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: glnP, AMHIJAGA_02474, GII02_01815 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2X0R690

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非ポリマー , 6種, 227分子

#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM NaCl 50 mM TRIS 15 % MPD 20 % PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月22日
放射モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→55.14 Å / Num. obs: 28607 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 36.05 Å2 / CC1/2: 0.95 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2→4.5 Å / Num. unique obs: 27551 / CC1/2: 0.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H30

6h30


解像度: 2→47.22 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 1376 5 %
Rwork0.1965 --
obs0.1998 27541 96.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.72 Å2 / Biso mean: 40.2771 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3411 0 83 215 3709
Biso mean--38.81 42.22 -
残基数----446
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1316X-RAY DIFFRACTION4.864TORSIONAL
12B1316X-RAY DIFFRACTION4.864TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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