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- PDB-8b58: Crystal Structure of Cyclophilin TgCyp23 from Toxoplasma gondii i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b58
タイトルCrystal Structure of Cyclophilin TgCyp23 from Toxoplasma gondii in complex with Cyclosporin A
要素
  • Cyclosporin A
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / CYCLOPHILIN / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein peptidyl-prolyl isomerization / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclosporin A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Jimenez-Faraco, E. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)PID2020-115331GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2023
タイトル: Structural Basis for Cyclosporin Isoform-Specific Inhibition of Cyclophilins from Toxoplasma gondii .
著者: Favretto, F. / Jimenez-Faraco, E. / Conter, C. / Dominici, P. / Hermoso, J.A. / Astegno, A.
履歴
登録2022年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
C: Cyclosporin A
D: Cyclosporin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4384
ポリマ－48,4384
非ポリマー00
水8,431468
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
C: Cyclosporin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2192
ポリマ－24,2192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9180 Å2
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
D: Cyclosporin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2192
ポリマ－24,2192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.400, 119.424, 46.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 22998.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGRH88_026260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7J6KAD1, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド Cyclosporin A


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 免疫抑制剤 / 分子量: 1220.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Cyclosporin A
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M citric acid pH 3.5, and 25% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→45.09 Å / Num. obs: 154928 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7984 / CC1/2: 0.71 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→45.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.06 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15301 8309 5.1 %RANDOM
Rwork0.13257 ---
obs0.13359 154928 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å2-0 Å21 Å2
2---0.67 Å2-0 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→45.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3256 0 0 470 3726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0173446
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0193304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.8644686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.172.6467623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3375436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.29521.591176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.96415554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5891523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0731.6261735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0731.6261734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4832.452179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4832.452180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.31.8451711
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.31.8461712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6492.6852498
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.83820.9963835
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.31420.193716
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.77136750
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 640 -
Rwork0.228 11349 -
obs--98.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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