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- PDB-8b4k: Rfa1-N-terminal domain in complex with phosphorylated Ddc2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b4k
タイトルRfa1-N-terminal domain in complex with phosphorylated Ddc2
要素Replication factor A protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Complex / OB-fold / Replication Protein A / DNA damage response / Replication
機能・相同性
機能・相同性情報


heteroduplex formation / sporulation / : / DNA replication factor A complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / telomere maintenance via telomere lengthening / Removal of the Flap Intermediate / Translesion Synthesis by POLH / Activation of the pre-replicative complex / telomere maintenance via recombination ...heteroduplex formation / sporulation / : / DNA replication factor A complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / telomere maintenance via telomere lengthening / Removal of the Flap Intermediate / Translesion Synthesis by POLH / Activation of the pre-replicative complex / telomere maintenance via recombination / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / mitotic recombination / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / reciprocal meiotic recombination / DNA unwinding involved in DNA replication / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA topological change / telomere maintenance via telomerase / Dual incision in TC-NER / telomere maintenance / condensed nuclear chromosome / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / establishment of protein localization / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA replication / sequence-specific DNA binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / mRNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain / Replication protein A OB domain / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication factor A protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Yates, L.A. / Zhang, X.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210658/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: A DNA damage-induced phosphorylation circuit enhances Mec1 ATR Ddc2 ATRIP recruitment to Replication Protein A.
著者: Yates, L.A. / Tannous, E.A. / Morgan, R.M. / Burgers, P.M. / Zhang, X.
履歴
登録2022年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication factor A protein 1
B: Replication factor A protein 1
C: Replication factor A protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7533
ポリマ－45,7533
非ポリマー00
水3,855214
1
A: Replication factor A protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2511
ポリマ－15,2511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Replication factor A protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2511
ポリマ－15,2511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Replication factor A protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2511
ポリマ－15,2511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.506, 34.600, 99.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.054, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 0 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 0 and (name N or name...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 0 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYARGA1 - 36
d_12ens_1LYSPHEA38 - 62
d_13ens_1SERLEUA64 - 125
d_21ens_1GLYPHEB1 - 61
d_22ens_1SERLEUB63 - 124
d_31ens_1GLYARGC1 - 36
d_32ens_1LYSPHEC38 - 62
d_33ens_1SERLEUC64 - 125

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.49831358466, 0.86658477864, -0.0267281269921), (-0.866944583056, -0.497708127753, 0.0263383651262), (0.00952162026902, 0.0362965700512, 0.999295700856)32.4060809742, -8.62543176669, 33.6762983923
2given(0.447873514849, 0.893964144049, -0.0154085642467), (0.893492064683, -0.448137860713, -0.02905835755), (-0.0328822907528, -0.000752961150969, -0.999458947633)-6.62056702122, -18.1149287133, -65.7620070063

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要素

#1: タンパク質 Replication factor A protein 1 / RF-A protein 1 / DNA-binding protein BUF2 / Replication protein A 69 kDa DNA-binding subunit / ...RF-A protein 1 / DNA-binding protein BUF2 / Replication protein A 69 kDa DNA-binding subunit / Single-stranded DNA-binding protein


分子量: 15251.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RFA1, BUF2, RPA1, YAR007C, FUN3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P22336
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M Lithium chloride, 0.1M Sodium acetate, pH 5.0, 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→54.51 Å / Num. obs: 54483 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.292 / Num. unique obs: 5391 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5omb

5omb


解像度: 1.55→54.51 Å / SU ML: 0.1395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.5162
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1903 2688 4.95 %
Rwork0.1681 51584 -
obs0.1692 54272 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→54.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2922 0 0 214 3136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01132973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36074028
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0677458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2929408
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.544343638505
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.746661022474
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.580.24111590.20112703X-RAY DIFFRACTION98.79
1.58-1.610.23291650.19442588X-RAY DIFFRACTION98.96
1.61-1.640.19211400.1872704X-RAY DIFFRACTION99.09
1.64-1.680.22651360.1832651X-RAY DIFFRACTION99.54
1.68-1.720.23651500.1812690X-RAY DIFFRACTION99.61
1.72-1.760.22631560.17382662X-RAY DIFFRACTION99.16
1.76-1.810.20661260.17022730X-RAY DIFFRACTION99.44
1.81-1.860.21131480.16512644X-RAY DIFFRACTION99.43
1.86-1.920.19021070.16712775X-RAY DIFFRACTION99.72
1.92-1.990.17971560.16092660X-RAY DIFFRACTION99.75
1.99-2.070.20451270.16882717X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.160.19581070.16072780X-RAY DIFFRACTION99.9
2.16-2.280.18681620.16532677X-RAY DIFFRACTION99.89
2.28-2.420.17941440.16492712X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.610.22161210.16752769X-RAY DIFFRACTION99.97
2.61-2.870.18481580.17082732X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.280.20261580.16732726X-RAY DIFFRACTION99.97
3.28-4.130.18171490.15962755X-RAY DIFFRACTION100
4.14-54.510.16551190.1732909X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.27882949619-5.3027035085.816806368246.27826873088-5.12157616754.921301543140.0558242887789-0.253129890228-0.05132591035970.1819329868680.08644111985970.104788360503-0.125836858312-0.202618273051-0.2727799585160.229941076247-0.007367328218210.01936225262610.177718441683-0.008036661434290.1686515236264.94782662988-5.41057714991-44.0328913269
25.23259321437-1.462916750223.558487663117.15095319890.03039543370438.80284490470.55553124618-0.322026752402-0.4428212261440.0841110113043-0.2149302573250.1467086203720.7810141019340.00312733366103-0.2412524030780.341189838778-0.0480666231822-0.0493024591320.2400305566810.02582660714810.28153417660510.3546814407-17.5665599497-37.6136975106
33.762217996530.4034264473580.7097117481525.14290253326-0.4964251114294.234020198840.004631147292570.1175245452930.225999045953-0.1009041384550.0301776164835-0.336372209474-0.2218569524380.4126879738050.03362377746160.192803511635-0.01112369455770.01720818850010.174794683368-0.009085585294210.17745061658412.6202212349-3.93937832797-49.2585139671
48.62753876709-6.04130707177-5.17643413994.52214909882.323790732789.074283404370.09287765135990.009635371623650.0945916703031-0.0175079125071-0.145793520937-0.2454439040.1827355882310.378320882674-0.1661903187220.164128811167-0.00426388087508-0.0008866537847270.1735975512250.03032702942880.1885102444917.9065644306-7.24903252646-48.7201703423
56.86708731517-3.140895315770.3709877126942.126909941081.070889251719.013088129670.117562258930.2200285637390.118765976472-0.1030004921920.105093646672-0.2489715022820.05576615513970.631375932699-0.2232517570210.2783777759060.04120198704970.02430709764280.303370918956-0.02545962729070.25265339358616.4185801222-12.2352647736-60.8863218398
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78.742961309834.857038004656.575289953355.880553952363.784325473058.24980202230.220968538282-0.181488855897-0.204202034337-0.0878214786988-0.21303561719-0.660071350913-0.01368870718920.420789718843-0.05919149224220.266002404278-0.00074179162895-0.03430302438180.2904381774020.04280212986480.30073433983121.035911269-12.106463427-40.5492526049
84.18796975482-1.362416555422.255723262963.951964043630.2627081853156.852577124560.2430612895660.179306457958-0.0595230498026-0.061581049869-0.071916758682-0.1433320781120.2489321206390.424959716332-0.1874713551980.153378899749-0.01867340496760.04516484664950.1545894653840.03703529769760.16608777507412.9969324357-10.3099491999-50.8738193488
93.51802890198-0.3635833137873.534222708683.189309549120.400958334657.36398077980.08327812340590.001480321080140.444705241433-0.145986977414-0.196004426957-0.136483154557-0.329449927767-0.2050771105810.2514683682830.228295822952-0.006483831036090.04435092784010.1373418039350.01084634867440.252637366797.822767626613.98844188772-48.8864257891
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 16 )AA0 - 161 - 17
22chain 'A' and (resid 17 through 23 )AA17 - 2318 - 24
33chain 'A' and (resid 24 through 55 )AA24 - 5525 - 48
44chain 'A' and (resid 56 through 62 )AA56 - 6249 - 55
55chain 'A' and (resid 63 through 71 )AA63 - 7156 - 64
66chain 'A' and (resid 72 through 83 )AA72 - 8365 - 76
77chain 'A' and (resid 84 through 94 )AA84 - 9477 - 87
88chain 'A' and (resid 95 through 107 )AA95 - 10788 - 100
99chain 'A' and (resid 108 through 119 )AA108 - 119101 - 112
1010chain 'A' and (resid 120 through 126 )AA120 - 126113 - 119
1111chain 'A' and (resid 127 through 132 )AA127 - 132120 - 125
1212chain 'B' and (resid 0 through 107 )BB0 - 1071 - 99
1313chain 'B' and (resid 108 through 119 )BB108 - 119100 - 111
1414chain 'B' and (resid 120 through 132 )BB120 - 132112 - 124
1515chain 'C' and (resid 0 through 23 )CC0 - 231 - 24
1616chain 'C' and (resid 24 through 33 )CC24 - 3325 - 34
1717chain 'C' and (resid 34 through 62 )CC34 - 6235 - 55
1818chain 'C' and (resid 63 through 71 )CC63 - 7156 - 64
1919chain 'C' and (resid 72 through 83 )CC72 - 8365 - 76
2020chain 'C' and (resid 84 through 94 )CC84 - 9477 - 87
2121chain 'C' and (resid 95 through 107 )CC95 - 10788 - 100
2222chain 'C' and (resid 108 through 119 )CC108 - 119101 - 112
2323chain 'C' and (resid 120 through 132 )CC120 - 132113 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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