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万見
- PDB-8b4j: Rfa1-N-terminal domain in complex with phosphorylated Ddc2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b4j
タイトルRfa1-N-terminal domain in complex with phosphorylated Ddc2
要素
  • DNA damage checkpoint protein LCD1
  • Replication factor A protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Complex / OB-fold / Replication Protein A / DNA damage response / Replication
機能・相同性
機能・相同性情報


heteroduplex formation / ATR-ATRIP complex / sporulation / DNA replication factor A complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Removal of the Flap Intermediate / telomere maintenance via telomere lengthening / mitotic recombination / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK ...heteroduplex formation / ATR-ATRIP complex / sporulation / DNA replication factor A complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Removal of the Flap Intermediate / telomere maintenance via telomere lengthening / mitotic recombination / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / Activation of the pre-replicative complex / Termination of translesion DNA synthesis / Activation of ATR in response to replication stress / single-stranded telomeric DNA binding / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA topological change / Dual incision in TC-NER / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / nucleotide-excision repair / establishment of protein localization / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / chromatin organization / double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein ubiquitination / DNA repair / mRNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA damage checkpoint protein, Lcd1 / DNA damage checkpoint protein / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain / Replication protein A OB domain / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type ...DNA damage checkpoint protein, Lcd1 / DNA damage checkpoint protein / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain / Replication protein A OB domain / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication factor A protein 1 / DNA damage checkpoint protein LCD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Yates, L.A. / Zhang, X.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210658/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: A DNA damage-induced phosphorylation circuit enhances Mec1 ATR Ddc2 ATRIP recruitment to Replication Protein A.
著者: Yates, L.A. / Tannous, E.A. / Morgan, R.M. / Burgers, P.M. / Zhang, X.
履歴
登録2022年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Replication factor A protein 1
P: DNA damage checkpoint protein LCD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0486
ポリマ－17,7902
非ポリマー2584
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area7220 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.996, 39.996, 282.062
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11O-332-

HOH

21O-349-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Replication factor A protein 1 / RF-A protein 1 / DNA-binding protein BUF2 / Replication protein A 69 kDa DNA-binding subunit / ...RF-A protein 1 / DNA-binding protein BUF2 / Replication protein A 69 kDa DNA-binding subunit / Single-stranded DNA-binding protein


分子量: 15382.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RFA1, BUF2, RPA1, YAR007C, FUN3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22336
#2: タンパク質・ペプチド DNA damage checkpoint protein LCD1 / DNA damage checkpoint protein 2 / Lethal / checkpoint-defective / DNA damage-sensitive protein 1


分子量: 2407.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LCD1, DDC2, PIE1, YDR499W
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q04377
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10 mM Zinc Chloride, 0.1M MES, pH 6.0, 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→56.4 Å / Num. obs: 19852 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 23.22 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.492 / Num. unique obs: 1878 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OMB

5omb


解像度: 1.58→47.01 Å / SU ML: 0.1652 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.815
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 1001 5.09 %
Rwork0.1912 18672 -
obs0.1933 19673 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→47.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1109 0 7 72 1188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01421127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6241521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0676173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0158198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3335158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.660.28211220.22552607X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.770.25971360.2162548X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.90.22411540.20122617X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.10.23011250.19012636X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.40.21281390.18142650X-RAY DIFFRACTION100
2.4-3.020.24861480.19972714X-RAY DIFFRACTION100
3.02-47.010.22231770.18462900X-RAY DIFFRACTION98.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.08738139067-0.717127998813-0.3268173218952.83929216953-3.169331413626.167720674210.078098329312-0.2361901920170.174159445266-0.06825449830940.0819829319828-1.40435570301-0.396584723081.630054331540.06783619837220.162803637495-0.138000823160.001715336188480.38477553832-0.2038183856590.6926265576534.4453548201423.911482289111.3406514273
24.03695322898-0.859822348368-0.2686696963693.191720754760.4149217799715.10103776257-0.181042808354-0.3545757804570.207018754825-0.05675192216660.1194239466920.0168917716116-0.314531479732-0.02807831281060.06829042222920.08871548438790.0159170778602-0.01223708014330.149886149462-0.01945256605880.172038189184-7.9453322195222.011828588910.1335501436
30.347680526708-0.7977147860980.9396101886345.135305791111.245311721986.4440676898-0.0375120632015-0.788809784482-1.158338288840.356759033168-0.1100434102890.1795752084671.17658359433-0.161915760803-0.0486148528330.344023862130.05511772431780.08619333907490.2625814945460.1225193695780.590189149371-5.750724553084.6945125059612.5861592325
43.57451879946-0.798667828164-0.6748230673922.716943987110.7879439929323.36592594766-0.152118366622-0.151302215162-0.402699592554-0.08272675691210.01467462956890.002241067870720.4416019775240.2381855341340.09725892518570.1681999751460.04222754814940.02365175612680.1690621209280.04443282876030.246144067642-2.1614045558711.14043067937.89118152866
57.106570941022.78151741446-5.203871742675.24024393217-2.567892013774.49070313681-0.148515195223-0.851351890253-0.1767858930920.3440922596690.06939528437960.4279627337670.305494592032-0.05842230806840.1049537727610.1711175645220.03165460452370.03624641262960.4276552203750.07243387352690.309600970368-17.893359600114.873644391213.5447007368
64.69546868252-0.134827900063-0.5967736389312.336796464241.121122211656.10226376365-0.07267905974610.163492952013-0.407633671936-0.1314389175120.0353756382863-0.06157870797480.126309041235-0.1697675624180.1051246578330.1141016420230.0223302926970.001409082379180.06834201628080.02884317264410.187734350907-5.4670352618613.84319610196.59533691703
76.80279082785-2.43296698434-6.816144182331.487429280351.917468633617.3061016867-0.242487060575-1.18375420350.2430156560120.1851877553160.200852360315-0.8022947630780.3061449843531.585644009630.04278381643280.3201392772540.115672444765-0.02408217723150.6122414707640.02686020765620.3879131112674.3034612372415.895401302218.0348313656
87.08376423707-0.411038397439-1.306401847316.89851985128-1.279983236840.5173194623540.15609679399-0.3498550503010.3138686532990.100792787517-0.1785484731170.432910844339-0.236389595042-0.607289385005-0.05739209421690.1719385376050.09234460320940.00432936785060.484229426711-0.05126013585950.21527935983-13.987124962723.09040381122.4442174794
91.27547209085-0.448300028829-2.340102796853.80864888026-2.124361315396.65351789476-0.5381016618440.4412529275970.0133401696932-0.4638484299110.2240708135970.6023188652870.7644342978461.0422576965-0.00634072417820.419052031473-0.127908641235-0.100100199480.5781566230450.1234269112130.524966945363-15.82638220054.3867172023514.0723495064
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'O' and (resid 3 through 9 )OA3 - 91 - 7
22chain 'O' and (resid 10 through 33 )OA10 - 338 - 31
33chain 'O' and (resid 34 through 51 )OA34 - 5132 - 44
44chain 'O' and (resid 52 through 83 )OA52 - 8345 - 76
55chain 'O' and (resid 84 through 94 )OA84 - 9477 - 87
66chain 'O' and (resid 95 through 107 )OA95 - 10788 - 100
77chain 'O' and (resid 108 through 119 )OA108 - 119101 - 112
88chain 'O' and (resid 120 through 132 )OA120 - 132113 - 125
99chain 'P' and (resid 10 through 24 )PC10 - 241 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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