PDB-8b4g: Structure of a fungal LPMO bound to ligands

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b4g

タイトル

Structure of a fungal LPMO bound to ligands

要素

Gh61 isozyme a

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Monooxygenase / dihydroxyacetone / Lytic Polysaccharide Monooxygenase / Thermoascus aurantiacus

機能・相同性

機能・相同性情報

lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulase activity / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.496 Å

データ登録者

Banerjee, S. / Huang, Z. / Brander, S. / Johansen, K.S. / Lo Leggio, L.

資金援助

デンマーク,

スウェーデン, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a fungal LPMO bound to ligands
著者: Banerjee, S. / Huang, Z. / Brander, S. / Johansen, K.S. / Lo Leggio, L.

履歴

登録	2022年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b4g.cif.gz	71.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b4g.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b4g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zudS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Gh61 isozyme a

ヘテロ分子

25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.402, 87.312, 37.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.812, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Gh61 isozyme a 分子量: 24418.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: G3XAP7, cellulase

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 糖

ChemComp-2HA / Dihydroxyacetone / ジヒドロキシアセトン

タイプ: saccharide / 分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 280分子

#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物	ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸分子量: 72.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20m M MgCl2 and 22 %(w/v) polyacrylic acid 5100 sodium salt

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.496→87.31 Å / Num. obs: 34235 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.52 Å / Num. unique obs: 1426 / CC_1/2: 0.509

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZUD

3zud

解像度: 1.496→43.656 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / WR_factor R_free: 0.168 / WR_factor R_work: 0.138 / SU B: 1.575 / SU ML: 0.055 / Average fsc free: 0.9201 / Average fsc work: 0.927 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1809	1711	5.002 %
R_work	0.1486	32495	-
all	0.15	-	-
obs	-	34206	99.211 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.843 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.706 Å²	-0 Å²	0.398 Å²
2-	-	0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.432 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.496→43.656 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1724	0	33	277	2034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.848	1.656	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.438	1.573	3921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.416	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.374	24.944	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.743	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.843	15	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.768	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.063	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.119	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.246	1.406	979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.2	1.392	973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.854	2.099	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.838	2.095	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.09	1.579	968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.089	1.579	968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.103	2.301	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.102	2.302	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.87	18.075	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.869	18.07	2120

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.496-1.535	0.28	113	0.275	2162	0.275	2523	0.782	0.772	90.1704	0.271
1.535-1.577	0.284	126	0.259	2373	0.26	2501	0.822	0.829	99.92	0.25
1.577-1.623	0.269	120	0.232	2290	0.233	2410	0.844	0.871	100	0.22
1.623-1.672	0.204	114	0.211	2194	0.211	2308	0.898	0.9	100	0.198
1.672-1.727	0.21	121	0.2	2165	0.201	2286	0.922	0.915	100	0.184
1.727-1.788	0.204	101	0.179	2089	0.18	2190	0.927	0.93	100	0.16
1.788-1.855	0.249	104	0.171	2006	0.175	2111	0.907	0.93	99.9526	0.154
1.855-1.931	0.192	104	0.154	1927	0.156	2032	0.945	0.956	99.9508	0.136
1.931-2.016	0.157	98	0.146	1866	0.146	1965	0.964	0.966	99.9491	0.132
2.016-2.115	0.149	93	0.138	1781	0.139	1874	0.97	0.971	100	0.126
2.115-2.229	0.164	91	0.131	1677	0.132	1768	0.966	0.974	100	0.119
2.229-2.363	0.173	85	0.124	1599	0.126	1684	0.96	0.974	100	0.114
2.363-2.526	0.19	79	0.128	1506	0.131	1585	0.952	0.97	100	0.119
2.526-2.728	0.188	72	0.13	1414	0.132	1486	0.958	0.971	100	0.121
2.728-2.987	0.143	67	0.121	1280	0.122	1347	0.975	0.979	100	0.118
2.987-3.338	0.155	64	0.132	1178	0.133	1242	0.971	0.976	100	0.13
3.338-3.85	0.177	57	0.117	1041	0.12	1098	0.971	0.979	100	0.121
3.85-4.706	0.146	46	0.108	876	0.11	923	0.976	0.984	99.8917	0.117
4.706-6.617	0.142	36	0.139	682	0.139	718	0.983	0.983	100	0.148
6.617-43.656	0.176	20	0.181	389	0.181	417	0.972	0.964	98.0815	0.2

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