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- PDB-8b4b: ToxR bacterial transcriptional regulator bound to 19 bp ompU prom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b4b
タイトルToxR bacterial transcriptional regulator bound to 19 bp ompU promoter DNA
要素
  • (DNA (19-MER)) x 2
  • Cholera toxin transcriptional activator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / bacterial transcription / activation complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / AMMONIUM ION / DNA / DNA (> 10) / Cholera toxin transcriptional activator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Canals, A. / Pieretti, S. / Muriel, M. / El Yaman, N. / Fabrega-Ferrer, M. / Perez-Luque, R. / Krukonis, E.S. / Coll, M.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2014-53550-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-83720-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-120141GB- I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesMDM-2014-0435 スペイン
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: ToxR activates the Vibrio cholerae virulence genes by tethering DNA to the membrane through versatile binding to multiple sites.
著者: Canals, A. / Pieretti, S. / Muriel-Masanes, M. / El Yaman, N. / Plecha, S.C. / Thomson, J.J. / Fabrega-Ferrer, M. / Perez-Luque, R. / Krukonis, E.S. / Coll, M.
履歴
登録2022年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: DNA (19-MER)
M: DNA (19-MER)
W: Cholera toxin transcriptional activator
X: Cholera toxin transcriptional activator
Y: Cholera toxin transcriptional activator
Z: Cholera toxin transcriptional activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,71032
ポリマ－62,9766
非ポリマー2,73426
水9,512528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11380 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area25590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.343, 60.975, 61.329
Angle α, β, γ (deg.)87.52, 89.99, 62.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 LM

#1: DNA鎖 DNA (19-MER)


分子量: 5753.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#2: DNA鎖 DNA (19-MER)


分子量: 5891.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)

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タンパク質 , 1種, 4分子 WXYZ

#3: タンパク質
Cholera toxin transcriptional activator


分子量: 12832.575 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: toxR, VC_0984 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15795

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非ポリマー , 3種, 554分子

#4: 化合物...
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M PIPES pH 6.5, 10% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→41.66 Å / Num. obs: 68439 / % possible obs: 94.94 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 12.68
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.713 / Num. unique obs: 6933

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc4_4425精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB in deposition

解像度: 1.75→41.63 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2346 3313 4.84 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
obs0.2005 68439 95.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→41.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3519 773 26 528 4846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1196153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.98835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.770.38211320.42372697X-RAY DIFFRACTION95
1.77-1.80.45311430.38272722X-RAY DIFFRACTION94
1.8-1.830.3781570.35322629X-RAY DIFFRACTION94
1.83-1.860.4121480.32392706X-RAY DIFFRACTION95
1.86-1.890.33261610.30262684X-RAY DIFFRACTION95
1.89-1.930.33561700.28362749X-RAY DIFFRACTION95
1.93-1.960.27961320.27342735X-RAY DIFFRACTION95
1.96-20.37621270.27292661X-RAY DIFFRACTION95
2-2.050.2751690.26722718X-RAY DIFFRACTION96
2.05-2.090.29641220.25852725X-RAY DIFFRACTION95
2.09-2.150.30681280.26172691X-RAY DIFFRACTION95
2.15-2.20.35521170.25672775X-RAY DIFFRACTION95
2.2-2.270.29931280.24742716X-RAY DIFFRACTION95
2.27-2.340.27851380.23092745X-RAY DIFFRACTION95
2.34-2.430.24551330.21112710X-RAY DIFFRACTION95
2.43-2.520.23951190.19722738X-RAY DIFFRACTION95
2.52-2.640.25291550.20372680X-RAY DIFFRACTION95
2.64-2.780.22981190.19712719X-RAY DIFFRACTION95
2.78-2.950.24841140.18822706X-RAY DIFFRACTION94
2.95-3.180.25381550.19272697X-RAY DIFFRACTION95
3.18-3.50.25471290.18992702X-RAY DIFFRACTION95
3.5-40.18531350.15772757X-RAY DIFFRACTION96
4.01-5.040.17491400.14932718X-RAY DIFFRACTION95
5.04-41.630.16741420.16982746X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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