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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b3m | ||||||
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タイトル | Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, CTXM-14 Avibactam complex, SSX, 1 sec | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / beta-lactamase / CTX-M-14 / time-resolved crystallography | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Doepke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. ...Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Doepke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / Tellkamp, F. / Schulz, E.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger simplifies time-resolved crystallography. 著者: Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / ...著者: Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / Tellkamp, F. / Schulz, E.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 836.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 838.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8aw8C ![]() 8aw9C ![]() 8awbC ![]() 8awcC ![]() 8awdC ![]() 8aweC ![]() 8awfC ![]() 8awsC ![]() 8awuC ![]() 8awvC ![]() 8awxC ![]() 8awyC ![]() 8b03C ![]() 8b05C ![]() 8b06C ![]() 8b08C ![]() 8b2oC ![]() 8b2vC ![]() 8b2wC ![]() 6gthS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27658.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NXL / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4.5 / 詳細: 40% PEG8000, 200 mM LiSO4, 100 mM NaOAc, pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→77.62 Å / Num. obs: 18275 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 532.7 % / Biso Wilson estimate: 21.53 Å2 / CC1/2: 0.9637 / CC star: 0.9907 / Net I/σ(I): 6.37 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 369 % / Num. unique obs: 1175284 / CC1/2: 0.73 / CC star: 0.9186 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6gth 解像度: 1.97→77.62 Å / SU ML: 0.2825 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.669 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→77.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.00138942196 Å / Origin y: 3.81404587362 Å / Origin z: -19.1152137962 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |