PDB-8b3b: Structure of metacyclic VSG (mVSG) 531 from Trypanosoma brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b3b

タイトル

Structure of metacyclic VSG (mVSG) 531 from Trypanosoma brucei

要素

(Variant surface glycoprotein ...) x 3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / VSG / trypanosome / trypanosoma / metacyclic

機能・相同性

Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / evasion of host immune response / plasma membrane / beta-D-mannopyranose / alpha-D-mannopyranose / Variant surface glycoprotein 531

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.949 Å

データ登録者

Chandra, M. / Stebbins, C.E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2023
タイトル: Structural similarities between the metacyclic and bloodstream form variant surface glycoproteins of the African trypanosome.
著者: Chandra, M. / Dakovic, S. / Foti, K. / Zeelen, J.P. / van Straaten, M. / Aresta-Branco, F. / Tihon, E. / Lubbehusen, N. / Ruppert, T. / Glover, L. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2022年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8b3b_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b3b_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
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CIF形式データ	8b3b_validation.cif.gz	153.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8b3eC 8b3wC 5ly9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Variant surface glycoprotein 531

C: Variant surface glycoprotein 531

D: Variant surface glycoprotein 531

B: Variant surface glycoprotein 531

G: Variant surface glycoprotein 531

E: Variant surface glycoprotein 531

F: Variant surface glycoprotein 531

H: Variant surface glycoprotein 531

ヘテロ分子

319 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Variant surface glycoprotein 531

B: Variant surface glycoprotein 531

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Variant surface glycoprotein 531

D: Variant surface glycoprotein 531

ヘテロ分子

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80.2 kDa, 2 ポリマー
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3

G: Variant surface glycoprotein 531

H: Variant surface glycoprotein 531

ヘテロ分子

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80 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Variant surface glycoprotein 531

F: Variant surface glycoprotein 531

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.107, 170.885, 163.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Variant surface glycoprotein ... , 3種, 8分子 ACDGHBEF

#1: タンパク質	Variant surface glycoprotein 531 分子量: 38775.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: M4SYA9
#2: タンパク質	Variant surface glycoprotein 531 分子量: 38874.844 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: M4SYA9
#3: タンパク質	Variant surface glycoprotein 531 分子量: 38704.637 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: M4SYA9

-
糖 , 4種, 38分子

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#6: 糖

ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

#7: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 1種, 1339分子

#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 1500, 0.1M MMT buffer pH 6.5, 3% glucose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.949→59.09 Å / Num. obs: 195472 / % possible obs: 97.68 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 4.24
反射シェル	解像度: 1.949→2.019 Å / Num. unique obs: 18665 / CC_1/2: 0.629

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19-4092-0000 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LY9

5ly9

解像度: 1.949→59.09 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2382	9604	4.92 %
R_work	0.2001	-	-
obs	0.202	195255	97.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.949→59.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21127	0	227	1339	22693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	21659
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.733	29294
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.725	13129
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	3503
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3737

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9491-1.9712	0.3882	290	0.3389	5407	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9712-1.9944	0.3611	261	0.3303	6200	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9944-2.0188	0.3627	296	0.3167	6170	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0188-2.0443	0.3443	297	0.3014	6110	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0443-2.0712	0.3334	303	0.2887	6207	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0712-2.0996	0.325	309	0.2821	6200	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0996-2.1296	0.317	318	0.2734	6063	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1296-2.1614	0.3189	327	0.2606	6196	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1614-2.1951	0.3277	289	0.2579	6228	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1951-2.2311	0.3096	314	0.2578	6064	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2311-2.2696	0.2945	278	0.2423	6222	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2696-2.3109	0.2665	326	0.2274	6144	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3109-2.3553	0.2554	365	0.2272	6141	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3553-2.4034	0.2636	346	0.2287	6219	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4034-2.4557	0.296	334	0.2223	6111	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4557-2.5128	0.2529	315	0.2036	6352	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5128-2.5756	0.2532	344	0.2168	6095	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5756-2.6453	0.2486	329	0.2184	6253	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6453-2.7231	0.3015	336	0.2214	6134	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7231-2.811	0.2527	323	0.2096	6252	X-RAY DIFFRACTION	99
2.811-2.9115	0.2799	329	0.2031	6243	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9115-3.028	0.2431	296	0.2064	6265	X-RAY DIFFRACTION	99
3.028-3.1658	0.2503	332	0.2099	6237	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1658-3.3327	0.2604	349	0.2069	6284	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3327-3.5415	0.2173	267	0.1836	6314	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5415-3.8149	0.2078	355	0.171	6262	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8149-4.1987	0.195	345	0.1529	6297	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1987-4.8061	0.1799	351	0.1395	6258	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8061-6.0542	0.1848	352	0.1603	6333	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0542-59.09	0.2184	328	0.2054	6390	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2546	-0.0683	-0.1429	-0.0436	0.1397	0.5953	-0.0305	0.0227	-0.006	0.0805	0.0496	0.0415	-0.0982	-0.1203	-0.0001	0.2969	0.0134	0.0008	0.3275	-0.009	0.3192	-25.2782	-35.8162	-71.5311
2	0.3137	0.3153	-0.3624	0.2152	0.1596	0.7321	-0.2231	0.0643	-0.0471	-0.109	0.1439	-0.0433	0.2318	-0.1131	-0.0001	0.2773	0.0225	0.005	0.2615	0.0266	0.3061	-19.1398	-39.6765	-73.9788
3	0.656	-0.127	0.0754	0.432	0.1563	0.9399	-0.1244	0.221	0.0137	-0.0603	0.0197	-0.0278	-0.0477	-0.0925	0	0.2861	-0.0329	-0.0181	0.3288	0.0137	0.3074	-11.6021	-25.1089	-99.56
4	0.0653	0.0147	-0.0538	0.0785	-0.1423	0.0236	0.0241	-0.4605	0.1247	0.012	-0.0482	0.1623	0.3086	0.199	0.0001	0.4297	-0.0625	0.0254	0.4863	-0.0465	0.3713	-27.2682	-45.9104	-76.7271
5	0.3106	-0.1874	0.1283	0.37	0.3355	0.3218	-0.1007	-0.1051	0.0157	-0.0288	-0.0536	0.2317	0.1318	-0.036	-0	0.399	-0.0097	0.041	0.3476	-0.0194	0.3355	-38.9854	-47.3344	-51.1967
6	0.1008	-0.0347	0.1581	0.1194	-0.069	0.2207	0.0069	0.0383	-0.1031	0.3709	-0.1769	-0.4349	-0.1873	0.3845	-0.0001	0.4882	0.071	0.0293	0.3649	0.0186	0.3247	-30.2749	-51.0275	-34.924
7	0.2514	-0.0414	0.0647	0.2629	-0.006	0.0139	-0.0537	0.0411	0.0132	-0.0212	0.0778	-0.0832	-0.3138	0.3369	-0	0.2531	-0.0381	0.0093	0.292	-0.0179	0.3194	-26.5752	-16.8096	10.3055
8	0.1861	-0.1099	0.1657	0.013	0.265	0.7009	0.0481	-0.1159	0.061	0.0695	-0.146	0.0194	-0.108	-0.1042	0	0.2907	-0.0296	-0.0194	0.2756	-0.001	0.3122	-32.5617	-12.7679	7.7402
9	0.735	0.1169	0.146	0.5791	0.1353	1.3064	-0.0273	0.0958	-0.027	-0.0222	0.0039	-0.0264	0.0702	0.0586	0	0.2032	0.0419	0.0082	0.2703	-0.0074	0.3011	-39.6886	-27.5775	-17.9686
10	0.1344	0.0081	-0.2907	0.4212	0.121	0.4528	-0.1917	-0.3028	0.0367	-0.092	0.0211	0.116	-0.5261	-0.0928	-0.0001	0.3263	-0.054	0.0051	0.292	0.0041	0.2883	-24.9952	-7.0301	4.7323
11	0.4609	0.1573	0.8405	0.3297	0.0774	1.1125	-0.0628	-0.0063	0.0167	0.0475	0.0078	-0.2617	-0.0641	0.3527	0.001	0.3555	-0.103	-0.0064	0.4193	-0.0121	0.3561	-13.0457	-5.782	31.0636
12	0.1159	0.1492	-0.0785	0.0693	-0.0738	0.1641	-0.0939	-0.2852	0.0605	-0.1459	-0.0035	0.3581	-0.2928	-0.0758	-0.0009	0.4224	-0.0638	-0.0089	0.5955	-0.0601	0.3723	-22.6793	-1.7048	46.9568
13	0.2132	0.0921	0.076	0.2062	0.1167	0.0038	-0.0755	-0.2522	0.1883	0.0609	-0.1229	0.2036	-0.0625	-0.2936	-0.0001	0.2761	0.0166	0.0071	0.3543	-0.0582	0.3023	-45.1285	-11.0874	16.6415
14	0.4985	0.3076	0.5327	0.0396	0.1125	0.4252	0.0174	-0.2411	0.045	0.0571	-0.1446	0.0883	0.0028	-0.3333	-0.0001	0.2353	0.0015	-0.0016	0.3247	-0.0344	0.2622	-41.4298	-17.4698	14.7993
15	0.4012	0.6582	-0.0002	0.2474	-0.0448	-0.058	0.0295	0.1948	-0.0098	0.0829	0.0251	-0.0037	0.087	-0.0402	0	0.2325	0.0587	-0.0029	0.3432	-0.0241	0.3816	-60.3968	-17.917	-10.2222
16	0.6829	0.0055	0.0031	0.6345	0.0353	0.4415	-0.0363	-0.0874	-0.188	0.0758	-0.0051	0.0751	0.2525	-0.1644	-0	0.2319	-0.0156	0.0228	0.2632	-0.0047	0.3465	-57.8757	-34.4884	-5.8339
17	0.3003	0.4035	-0.0281	0.2614	0.2013	0.1573	0.1792	-0.3049	0.0518	-0.059	-0.0313	-0.0241	-0.278	0.1106	-0.0017	0.3627	-0.0299	0.0449	0.4611	-0.0362	0.3614	-46.3122	-20.3253	22.7255
18	1.2125	0.177	-0.0917	0.6001	0.2363	0.0615	-0.0347	-0.6904	0.3381	0.5311	-0.1605	0.2109	-0.3658	-0.0638	-0.0002	0.5578	-0.0035	-0.0187	0.6824	-0.1586	0.464	-36.2704	1.6735	38.882
19	0.0748	0.0606	0.211	0.6741	-0.0125	0.0923	0.0299	0.0878	0.1582	0.1335	-0.1694	0.0196	0.0788	0.1271	0.0001	0.544	-0.0509	-0.0257	0.4932	-0.0713	0.4319	-17.7749	6.5323	40.6624
20	0.7893	0.3371	-0.4073	-0.0133	-0.1916	0.254	-0.1518	-0.1962	0.0411	-0.0259	0.0697	-0.021	0.2256	0.2396	0.0021	0.4441	0.0724	0.0306	0.4398	0.0377	0.3809	-6.8268	-41.3705	-64.8957
21	0.3844	0.2806	-0.4962	0.1118	-0.2435	0.2876	-0.0504	-0.1862	0.073	0.0531	-0.0291	-0.0642	-0.0433	0.4457	0.0002	0.3127	0.0504	0.0075	0.3844	0.0166	0.2874	-10.5484	-34.884	-66.6789
22	1.2165	0.2434	-0.1509	0.6989	-0.3332	1.3906	-0.0693	0.0692	0.0504	0.0471	-0.0723	-0.2557	-0.137	0.3239	0	0.283	-0.0399	-0.0493	0.3762	0.0056	0.3836	7.2989	-23.1795	-88.8055
23	-0.1575	0.2258	-0.1064	0.0509	-0.1383	0.1505	-0.0127	-0.1756	0.017	0.0266	0.0643	-0.0542	-0.1145	0.1196	0	0.4139	0.0397	-0.0595	0.5391	-0.0164	0.3968	-5.6918	-31.9825	-58.1488
24	1.1463	0.6265	-0.1608	0.1573	-0.0769	0.6951	-0.2707	-0.3508	-0.2005	0.0176	0.1788	-0.1234	0.103	0.4893	0.0006	0.5776	0.1655	-0.043	0.578	0.0568	0.4213	-15.9696	-53.0777	-42.1537
25	0.3361	0.305	0.0522	0.1887	-0.0163	0.0922	-0.0327	0.2284	-0.1528	-0.1841	-0.0037	0.0955	0.7573	-0.4176	0.0001	0.5663	0.0708	0.0736	0.4886	0.0283	0.4036	-33.6124	-59.3533	-42.7477
26	0.1077	0.0671	0.3732	0.2982	-0.1255	0.3421	0.1741	-0.1576	-0.0524	0.3625	-0.2045	0.0544	0.5082	-0.5155	-0.0007	0.5591	-0.1365	-0.0038	0.4866	-0.0036	0.3807	-40.7007	25.1878	-54.5062
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29	0.0805	0.1776	-0.0462	0.1752	-0.2777	0.2916	0.0454	-0.031	-0.047	0.0726	0.0729	-0.0826	0.1711	-0.0911	-0.0001	0.4178	0.0255	-0.0208	0.5164	0.0093	0.4011	-44.8426	35.2855	-59.0405
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38	0.8971	-0.1001	0.1904	0.1928	-0.3589	0.5574	-0.0061	-0.0087	0.1544	-0.1304	-0.0033	-0.2383	-0.3921	0.2136	-0.0077	0.4067	-0.0926	-0.0505	0.3134	-0.0066	0.351	-31.6625	8.9924	-24.8374
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40	0.441	0.2499	-0.1464	1.0444	0.5746	0.1876	-0.3837	-0.0552	-0.1893	0.2833	0.1123	0.0174	0.1864	0.1487	-0.0017	0.9009	0.1374	0.0041	0.4472	-0.019	0.4633	-43.8724	16.4006	1.9738
41	-0.1509	-0.0482	-0.2811	1.1751	0.8781	1.4166	0.0635	-0.0301	-0.0882	0.0574	0.2089	-0.3749	0.0781	0.1512	0.0001	0.3605	-0.0017	-0.0315	0.3462	-0.0217	0.4782	-20.8459	31.6854	-56.9132
42	0.2153	-0.0681	-0.1753	0.2483	0.0596	0.1203	-0.4627	-0.288	0.1812	0.2003	0.374	-0.5572	-0.007	0.2068	0	0.6315	0.0852	-0.1154	0.5324	-0.1973	0.6834	-7.9198	30.9231	-48.4435
43	0.1299	-0.2145	-0.4191	0.1747	0.2198	0.6738	0.0706	-0.1133	0.0113	0.4052	0.3083	-0.3656	0.2604	0.3405	0.0001	0.626	0.1304	-0.1814	0.447	-0.063	0.5843	-13.6824	27.7358	-42.4594
44	0.485	-0.0215	0.5307	0.0616	0.0382	0.4122	0.2029	0.307	0.1164	-0.7942	-0.1798	-0.1461	-0.0123	0.012	-0.002	0.6273	-0.1052	0.0772	0.4584	-0.0324	0.4205	-32.1401	16.2294	-88.6002
45	0.1055	0.0864	-0.1023	0.1174	0.1929	0.1491	0.1312	-0.4415	-0.0283	-0.0191	-0.2437	0.0391	-0.1238	-0.5466	0.0003	0.5705	-0.0943	-0.0639	0.4251	0.0144	0.3908	-49.671	13.9475	-90.9349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 89 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 141 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 272 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 273 through 303 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 304 through 371 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 372 through 399 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 29 through 89 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 90 through 141 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 142 through 272 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 273 through 303 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 304 through 371 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 372 through 399 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 29 through 89 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 90 through 141 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 142 through 181 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 182 through 272 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 273 through 303 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 304 through 371 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 372 through 400 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 29 through 89 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 90 through 141 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 142 through 272 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 273 through 303 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 304 through 371 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 372 through 398 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 29 through 89 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 90 through 141 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 142 through 272 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 273 through 303 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 304 through 333 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 334 through 371 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 372 through 400 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 29 through 181 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 182 through 272 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 273 through 303 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 304 through 398 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 29 through 89 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 90 through 141 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 142 through 283 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 284 through 398 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 29 through 181 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 182 through 201 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 202 through 313 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 314 through 371 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 372 through 400 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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