PDB-8b31: Crystal structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Thermocri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b31

タイトル

Crystal structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Thermocrispum agreste DSM 44070

要素

UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyl transferase / UDP-glucose pyrophosphorylase / sugar metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermocrispum agreste DSM 44070 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Laustsen, J.U. / Kumpf, A. / Bento, I.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure determination of a highly active UDP-glucose pyrophosphorylase from Thermocrispum agreste DSM 44070
著者: Kumpf, A. / Maier, A. / Laustsen, J.U. / Jeffries, C.M. / Bento, I. / Tischler, D.

履歴

登録	2022年9月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b31.cif.gz	588.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b31.ent.gz	377.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b31_validation.pdf.gz	476.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b31_full_validation.pdf.gz	482.7 KB	表示
XML形式データ	8b31_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	8b31_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b68C 8b6dC 3jujS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDQK4associated SAS data, UDP-glucose pyrophosphorylase (TaGalU) in the presence of 100 mM NaCl SASBDB: SASDQL4associated SAS data, UDP-glucose pyrophosphorylase (TaGalU) without NaCl

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

65.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.086, 78.593, 89.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.885, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase 分子量: 32129.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermocrispum agreste DSM 44070 (バクテリア) 遺伝子: DIU77_00305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2W4LV58, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 441分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris-Propane, PEG3350, KSCN, Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→89.58 Å / Num. obs: 67139 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3700 / CC_1/2: 0.651 / R_pim(I) all: 0.541 / R_rim(I) all: 1.025 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JUJ

3juj

解像度: 1.75→48.022 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 6.599 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2262	3270	4.873 %
R_work	0.196	63838	-
all	0.198	-	-
obs	-	67108	99.761 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.816 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.122 Å²	-0 Å²	-1.419 Å²
2-	-	-0.948 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.972 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.022 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4384	0	92	417	4893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	4597
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	4398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.649	1.663	6220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.639	1.562	10234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.756	5	587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.216	5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.084	10	731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	18.407	10	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.866	10	199
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.049	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	906
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	2450
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.304	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.11	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.113	2.298	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.113	2.297	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.06	3.429	2899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.06	3.429	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.919	2.652	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.919	2.652	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.341	3.832	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.34	3.833	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.073	46.429	19323
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.959	45.768	18956

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.334	235	0.342	4696	0.342	4950	0.912	0.906	99.6162	0.328
1.795-1.845	0.3	224	0.296	4623	0.296	4855	0.93	0.931	99.8352	0.274
1.845-1.898	0.33	218	0.264	4421	0.267	4648	0.92	0.949	99.8064	0.241
1.898-1.956	0.26	191	0.253	4364	0.253	4566	0.948	0.955	99.7591	0.229
1.956-2.02	0.217	222	0.223	4200	0.223	4425	0.964	0.966	99.9322	0.201
2.02-2.091	0.27	214	0.212	4069	0.214	4303	0.959	0.969	99.5352	0.192
2.091-2.17	0.218	215	0.197	3850	0.198	4077	0.97	0.974	99.7057	0.179
2.17-2.258	0.24	216	0.197	3797	0.199	4016	0.96	0.975	99.9253	0.181
2.258-2.358	0.248	191	0.2	3575	0.202	3779	0.957	0.975	99.656	0.183
2.358-2.473	0.218	170	0.186	3484	0.188	3662	0.968	0.978	99.7815	0.174
2.473-2.607	0.236	162	0.193	3293	0.195	3460	0.967	0.977	99.8555	0.183
2.607-2.764	0.226	168	0.188	3134	0.19	3304	0.967	0.977	99.9395	0.181
2.764-2.954	0.243	167	0.199	2905	0.201	3073	0.963	0.975	99.9675	0.197
2.954-3.19	0.218	134	0.199	2777	0.2	2913	0.969	0.977	99.9313	0.203
3.19-3.493	0.203	139	0.188	2500	0.189	2648	0.977	0.982	99.6601	0.194
3.493-3.903	0.224	104	0.179	2286	0.181	2401	0.972	0.982	99.5419	0.19
3.903-4.502	0.173	91	0.163	2026	0.163	2126	0.984	0.985	99.5767	0.183
4.502-5.501	0.201	104	0.161	1717	0.163	1825	0.978	0.986	99.7808	0.181
5.501-7.729	0.253	69	0.211	1333	0.213	1408	0.962	0.977	99.5739	0.241
7.729-48.022	0.214	36	0.183	788	0.184	828	0.964	0.975	99.5169	0.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4066	-0.0943	0.0281	1.9557	1.0794	1.8116	0.0106	-0.0496	0.0579	0.061	0.0101	-0.1648	0.0485	0.135	-0.0207	0.0025	0.0004	-0.0028	0.0379	0.0059	0.0253	-17.6589	-1.3912	33.094
2	0.38	0.1882	-0.0009	1.0214	1.2182	2.1394	0.0146	0.1369	-0.0432	-0.0449	0.1307	-0.1723	0.1306	0.2127	-0.1453	0.1326	0.0478	0.0018	0.0863	-0.0121	0.0439	-16.0276	-30.2363	12.8602

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ALL	A	9 - 299
2	X-RAY DIFFRACTION	1		ALL	B	9 - 299

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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